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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5zfk | ||||||
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タイトル | UDP Glucose alpha tetrahydrobiopterin glycosyltransferase from Synechococcus species PCC 7942 - UDP-BH2 complex | ||||||
要素 | (UDP-glucose:tetrahydrobiopterin glucosyltransferase) x 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Tetrahydrobiopterin (テトラヒドロビオプテリン) / UDPglucose / Pteridine glycosyltransferase / Pteridine glycosides / Synechococcus. | ||||||
機能・相同性 | Glycosyl transferase, family 1 / Glycosyl transferases group 1 / glycosyltransferase activity / 7,8-DIHYDROBIOPTERIN / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP-glucose:tetrahydrobiopterin glucosyltransferase / UDP-glucose:tetrahydrobiopterin glucosyltransferase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Synechococcus elongatus PCC 7942 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Killivalavan, A. / Lee, K.H. | ||||||
資金援助 | 韓国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: UDP Glucose alpha tetrahydrobiopterin glycosyltransferase from Synechococcus species PCC 7942 - apo form 著者: Killivalavan, A. / Lee, K.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5zfk.cif.gz | 160.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5zfk.ent.gz | 123.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5zfk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/5zfk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/5zfk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38406.992 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-355 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Synechococcus elongatus PCC 7942 (バクテリア) 株: PCC 7942 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q93EY3, UniProt: Q31LX1*PLUS | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 38249.797 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-354 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Synechococcus elongatus PCC 7942 (バクテリア) 株: PCC 7942 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q93EY3, UniProt: Q31LX1*PLUS | ||
#3: 化合物 | ChemComp-UDP / | ||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.96 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Bis-tris, PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.979,0.979,0.987 | |||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月20日 | |||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 71852 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 14.5 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.78 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5ZE7 解像度: 1.75→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 2.435 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.104 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.19 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.75→50 Å
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拘束条件 |
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