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- PDB-5z5b: Crystal structure of Tk-PTP in the G95A mutant form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z5b
タイトルCrystal structure of Tk-PTP in the G95A mutant form
要素Protein-tyrosine phosphatase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / tyrosine phosphatase (プロテインチロシンホスファターゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


protein tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / 脱リン酸化 / プロテインチロシンホスファターゼ / protein tyrosine phosphatase activity / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity protein phosphatase domain / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / PTP type protein phosphatase domain profile. / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic ...Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity protein phosphatase domain / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / PTP type protein phosphatase domain profile. / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ギ酸 / プロテインチロシンホスファターゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ku, B. / Yun, H.Y. / Kim, S.J.
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2018
タイトル: Structural study reveals the temperature-dependent conformational flexibility of Tk-PTP, a protein tyrosine phosphatase from Thermococcus kodakaraensis KOD1
著者: Yun, H.Y. / Lee, J. / Kim, H. / Ryu, H. / Shin, H.C. / Oh, B.H. / Ku, B. / Kim, S.J.
履歴
登録2018年1月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein-tyrosine phosphatase
B: Protein-tyrosine phosphatase
C: Protein-tyrosine phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7648
ポリマ－55,5553
非ポリマー2095
水0
1
A: Protein-tyrosine phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6003
ポリマ－18,5181
非ポリマー812
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area80 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area7720 Å2
手法PISA
2
B: Protein-tyrosine phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6003
ポリマ－18,5181
非ポリマー812
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area110 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area7850 Å2
手法PISA
3
C: Protein-tyrosine phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5642
ポリマ－18,5181
非ポリマー461
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.796, 154.796, 75.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Protein-tyrosine phosphatase


分子量: 18518.312 Da / 分子数: 3 / 変異: G95A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌)
株: KOD1 / 遺伝子: Tk-ptp, TK0241 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8X270
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸 / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M Bis-Tris (pH 6.25) and 0.8M magnesium formate dehydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年9月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.298→77.4 Å / Num. obs: 28515 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 4.3 % / Net I/σ(I): 27
反射 シェル解像度: 2.298→2.34 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5Z5A

5z5a


解像度: 2.3→77.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / SU B: 8.346 / SU ML: 0.193 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.31 / ESU R Free: 0.243 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26459 1374 5.1 %RANDOM
Rwork0.21923 ---
obs0.2216 25754 90.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 37.539 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å2-0.08 Å20 Å2
2---0.16 Å20 Å2
3---0.53 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→77.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3707 0 11 0 3718
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0193782
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023687
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8681.9795096
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.07738487
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3845458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.9922.67176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.44915702
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1651544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2559
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214144
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02800
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.853.5751842
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.853.5751843
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.4455.3542296
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.4445.3562297
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2673.9821940
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.2673.9881935
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.225.8172801
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.95240.7374078
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.95140.7534079
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.298→2.358 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.401 60 -
Rwork0.286 1363 -
obs--64.27 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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