PDB-5yd0: Crystal structure of Schlafen 13 (SLFN13) N'-domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yd0

タイトル

Crystal structure of Schlafen 13 (SLFN13) N'-domain

要素

Schlafen 8

Ufo361 discography

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

Endonuclease (エンドヌクレアーゼ) /

tRNA (転移RNA) /

rRNA (リボソームRNA) / Anti-HIV

機能・相同性

機能・相同性情報

: / replication fork arrest / tRNA decay / rRNA catabolic process / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of DNA replication / site of DNA damage / RNA endonuclease activity / defense response to virus /

tRNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.182 Å

データ登録者

Yang, J.-Y. / Gao, S.

資金援助

中国, 3件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China	81772977, 31722016, 31470729	中国
Ministry of Science and Technology (China)	2013CB910500	中国
Natural Science Foundation of Guangdong Province	2014TQ01R584, 2014A030312015	中国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structure of Schlafen13 reveals a new class of tRNA/rRNA- targeting RNase engaged in translational control
著者: Yang, J.Y. / Deng, X.Y. / Li, Y.S. / Ma, X.C. / Feng, J.X. / Yu, B. / Chen, Y. / Luo, Y.L. / Wang, X. / Chen, M.L. / Fang, Z.X. / Zheng, F.X. / Li, Y.P. / Zhong, Q. / Kang, T.B. / Song, L.B. ...

履歴

登録	2017年9月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年3月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月11日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yd0.cif.gz	534 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yd0.ent.gz	446.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yd0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/5yd0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/5yd0	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	3ob4-1 4v3a-d 4g65-d 1gml-d 4bla-3 3vsg-d 952 6vj4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Schlafen 8

B: Schlafen 8

C: Schlafen 8

D: Schlafen 8

ヘテロ分子

165 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Schlafen 8

C: Schlafen 8

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering
82.4 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Schlafen 8

D: Schlafen 8

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
82.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	171.968, 134.065, 77.587
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.55, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Schlafen 8 / Ufo361 discography / Schlafen family member 13 分子量: 41134.000 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 14-353 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Slfn13, Slfn8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5U311
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.26 % 解説: large and fragile cuboid, sensitive to cryo-protectant
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM MES, 20% PEG6000, 850-950 mM lithium chloride PH範囲: 6.0-8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.18→50 Å / Num. obs: 28393 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.41 % / Net I/σ(I): 17.08
反射シェル	解像度: 3.18→3.38 Å / 冗長度: 3.36 % / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / Num. unique obs: 4511 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.182→35.236 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.95 / 位相誤差: 29.03 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2469	1427	5.06 %
R_work	0.2003	-	-
obs	0.2027	28212	99.09 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.182→35.236 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10295	0	4	2	10301

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	10482
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.635	14080
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.684	6419
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	1556
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1792

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1825-3.2962	0.4311	132	0.3378	2528	X-RAY DIFFRACTION	94
3.2962-3.428	0.3379	137	0.2685	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
3.428-3.5839	0.2976	139	0.2558	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5839-3.7726	0.3285	130	0.2389	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7726-4.0087	0.2575	138	0.2126	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0087-4.3177	0.2561	143	0.1892	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3177-4.7513	0.2334	148	0.1676	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7513-5.4366	0.2236	152	0.1787	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4366-6.8414	0.2913	140	0.226	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8414-35.2377	0.1944	168	0.1691	2662	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0203	5.8091	-0.4676	4.3382	1.7478	3.8015	0.3743	-0.497	0.3582	-0.0717	-0.4485	-1.3721	-0.7792	0.1231	-0.272	0.9919	0.0561	-0.0745	0.8077	0.1424	0.8683	98.4495	34.9627	42.6258
2	8.5063	-4.516	3.0183	2.8246	-1.8292	8.4279	0.3947	-0.6247	0.0781	-0.9554	0.5338	-0.1455	-0.7155	-0.6172	-0.9371	0.6617	0.0478	-0.018	0.5848	-0.087	1.0203	98.2455	53.6029	31.9558
3	6.4213	-1.6817	-2.8096	5.4813	-0.439	4.6422	0.2073	1.9936	-0.5959	-0.0505	0.3624	0.6965	0.0924	-0.9069	-0.5148	0.6443	0.0051	0.1053	1.3704	-0.1267	1.2205	96.2197	44.1724	33.7443
4	7.9544	1.1794	1.1032	7.7718	-1.1899	4.9941	0.3878	3.2289	-0.1689	-1.2925	0.4129	-0.7435	-0.4055	0.1067	-0.2742	1.0673	0.2233	0.1162	1.5181	-0.1994	1.1393	109.0565	46.5431	25.9387
5	2.3909	2.9606	-0.495	8.6791	-0.5631	4.5053	-0.0475	-0.2645	-2.2635	-0.6938	-0.1788	-0.8482	0.2684	-0.1067	-0.177	0.9988	-0.0042	-0.0369	0.9125	-0.2373	1.0947	107.2436	41.1773	33.7907
6	6.2271	-1.1224	-1.6676	2.2962	-0.4769	4.1668	-0.7255	0.4623	-1.8647	-0.8652	0.3691	-1.0292	0.8184	0.5241	0.3678	1.0469	0.1193	0.253	0.8987	-0.1394	1.3334	125.2937	58.4451	26.8814
7	4.7823	-4.0686	1.969	8.8264	-0.5584	3.6805	0.4713	0.7738	1.5326	-1.7983	-0.8866	-2.09	0.1201	0.4032	0.4128	0.9647	0.0433	0.3843	0.9076	0.2066	1.2852	126.7474	83.4486	21.5025
8	8.7179	-1.5246	1.2803	4.561	-1.9642	5.0554	-0.0589	0.1635	-0.3805	-1.3122	-0.0262	-1.1492	-0.289	0.354	0.1876	0.6731	-0.0106	0.1987	0.7967	-0.0547	0.8943	121.2504	78.0479	25.3097
9	1.6612	-0.1572	1.8797	3.4798	-0.8272	4.7045	0.0813	-0.0172	0.4364	0.3004	-0.2467	-1.083	-0.6964	0.2827	0.2238	0.62	0.0545	0.1365	0.8099	0.0276	1.0517	125.541	79.2787	33.6547
10	3.1662	3.3423	-3.9903	3.8915	-5.53	9.7406	0.9602	-0.846	0.2324	1.3118	0.108	0.2618	-0.4594	-0.0219	-1.2555	1.0194	-0.0229	-0.135	1.0354	0.0737	1.1772	119.8508	51.6428	42.8139
11	9.7213	-3.0783	1.6859	7.0898	-6.1436	8.916	-0.614	0.3293	0.0504	-0.6823	0.4828	-0.9797	0.8414	1.3267	0.233	0.6275	0.1142	-0.009	1.1202	-0.2697	0.7164	104.4321	87.0707	45.0759
12	5.1636	0.6768	-1.6246	9.519	-1.6215	4.5201	-0.3182	0.154	-0.8926	-0.5236	0.232	0.6491	1.1139	-0.4256	0.1439	0.6671	-0.0227	-0.0412	0.6853	-0.0542	0.6077	93.8782	83.7429	31.5564
13	3.486	-5.6438	4.1406	7.7851	-5.3486	7.9526	0.1354	0.8486	0.1963	-0.2883	-0.56	-0.4391	0.096	0.883	0.4746	0.5232	-0.0876	0.0805	0.8509	-0.0557	0.5829	97.8324	99.234	21.9474
14	9.3154	1.7123	0.2656	7.2295	1.348	7.2341	-0.0067	0.9493	0.3869	-0.6452	0.2696	0.2171	-0.0663	0.236	-0.2781	0.5288	0.0505	0.018	0.5594	0.0583	0.4823	71.825	105.9538	3.4239
15	4.0542	2.2187	4.1728	2.8855	2.4462	7.16	-0.1212	-0.7622	1.0645	0.0599	-0.2775	0.5588	-0.4565	-0.9496	0.4158	0.5994	0.0497	0.0461	0.7083	0.0307	0.7053	70.0539	110.426	12.5357
16	6.7506	-0.5582	2.1308	2.5345	1.126	1.8043	-0.032	-0.1606	0.3373	0.9588	-0.0294	-0.3105	-0.6536	-0.3151	-0.2177	0.8151	-0.0206	-0.0896	0.93	-0.0967	0.6567	92.1312	108.1837	32.1606
17	4.1315	-5.4883	-0.8178	8.3681	-1.2738	9.5736	0.2923	1.1985	-0.7438	-0.2464	-0.6955	-0.3433	0.1244	-0.8157	0.5026	0.8788	-0.1125	0.0739	0.9612	-0.1915	1.5857	49.2096	42.7702	23.727
18	7.0288	1.2555	-1.0876	6.6654	-0.4972	5.4587	0.2371	-0.0437	0.2313	0.5135	-0.3136	-0.1752	-0.3247	0.6417	0.0468	0.7102	-0.0341	0.0156	0.7172	-0.0907	0.9065	66.2188	44.1965	18.2353
19	8.5938	-5.9082	-3.661	7.3466	-1.7553	8.0967	-0.1815	0.9411	-0.3782	0.3087	0.5762	-0.0015	0.5651	0.5245	0.2787	0.688	-0.0627	-0.0308	0.8988	-0.295	1.0124	58.475	36.7566	14.834
20	6.5758	-2.2692	2.8493	7.2216	0.04	2.474	0.8514	1.1558	-0.6647	-1.1287	-0.4312	1.4708	0.7837	-0.7794	-0.2429	1.302	0.067	-0.1169	1.1338	-0.2094	0.9048	79.0915	22.5487	9.6652
21	1.5372	-0.5336	1.1944	0.8104	0.3658	5.2355	-0.134	1.2449	-1.4081	-0.9188	0.3051	-1.6508	0.5247	2.5495	0.0099	1.7482	-0.059	0.7307	1.8636	-0.413	2.2699	106.2975	16.8952	12.8125
22	6.5942	1.9397	6.1718	3.0741	0.8064	6.0853	-0.9389	1.292	0.3597	-0.7626	-0.0871	0.0441	-0.6857	0.9695	1.3063	1.075	-0.0154	0.2297	0.8411	-0.0154	1.2355	97.1837	27.0142	17.7545
23	4.1098	3.7575	0.3629	4.1486	-1.7275	3.2242	-0.1722	-0.0792	-1.3251	-0.1013	-0.1915	-0.715	-0.0559	0.59	0.2326	0.9571	0.0602	0.1517	0.8828	-0.2874	1.5245	95.1773	19.6984	21.653
24	6.8828	-2.356	-4.766	1.8999	0.8364	9.1586	0.5043	0.7665	1.8679	1.3899	-0.2941	-0.7999	-0.1888	-0.4069	-0.1687	0.9562	-0.1237	0.1789	0.8578	0.1767	1.6077	66.3878	22.0854	22.951
25	7.6678	2.7361	-4.58	3.3208	-0.8708	5.691	0.2281	0.0712	0.384	-1.1086	-0.0426	-0.4001	-0.9679	0.8798	-0.0496	0.83	0.0392	0.0365	0.8055	0.0224	0.6691	56.9405	95.337	27.3712
26	6.5237	-1.0176	-0.3428	7.8137	-0.8902	9.0242	-0.4744	0.1597	-0.2654	-0.4884	0.0833	-1.1152	0.4334	0.8844	0.3462	0.6665	-0.0373	0.0789	0.7175	0.0658	0.6525	61.4479	81.1499	16.0684
27	3.8322	4.401	1.4363	8.9523	7.6443	8.2409	-0.0612	0.1764	-0.357	-0.5824	0.2379	-0.0956	0.2996	-0.383	-0.1428	0.7602	-0.1473	-0.1437	0.8847	0.0975	0.5905	52.8227	80.6368	7.192
28	4.025	-3.7528	-0.2634	7.4075	1.3322	4.3768	-0.0431	0.5296	-0.6277	-1.3208	-0.0345	0.8886	0.0726	-0.0153	0.0543	1.1754	-0.4317	-0.153	0.9531	-0.1014	0.7242	44.9306	52.5346	-2.1903
29	5.947	1.6356	2.2314	9.4551	5.8018	3.7526	-0.2217	-0.5462	-0.1859	-0.8243	-0.5082	1.2727	-0.9312	-0.5062	0.5885	0.9956	-0.2034	-0.1992	0.813	-0.0586	0.7743	39.1264	78.6259	12.0466

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 19 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 20 through 53 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 54 through 75 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 76 through 94 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 95 through 125 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 126 through 158 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 159 through 218 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 219 through 254 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 255 through 327 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 328 through 351 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid -2 through 19 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 20 through 75 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 76 through 158 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 159 through 254 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 255 through 327 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 328 through 351 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid -1 through 19 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 20 through 94 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 95 through 124 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 125 through 158 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 159 through 200 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 201 through 236 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 237 through 327 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 328 through 350 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid -3 through 19 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 20 through 94 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 95 through 143 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 144 through 327 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 328 through 351 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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