English [日本語]
- PDB-5y3r: Cryo-EM structure of Human DNA-PK Holoenzyme -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

データがありません

-
基本情報

エントリ情報
データベース: PDB / ID: 5y3r
タイトルCryo-EM structure of Human DNA-PK Holoenzyme
記述子PRKDC-Helix
DNA-dependent protein kinase catalytic subunit/DNA Complex
(X-ray repair cross-complementing protein ...) x 2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Cryo-EM structure / DNA-PK / DNAPKcs / activation / NHEJ
試料の由来Homo sapiens / ヒト
手法電子顕微鏡 (6.6 Å 分解能 / Particle / 単粒子解析)
データ登録者Yin, X. / Liu, M. / Tian, Y. / Wang, J. / Xu, Y.
引用Cell Res., 2017

Cell Res., 2017 StrPapers
Cryo-EM structure of human DNA-PK holoenzyme.
Xiaotong Yin / Mengjie Liu / Yuan Tian / Jiawei Wang / Yanhui Xu

構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2017年7月29日 / 公開: 2017年9月6日

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6803
  • UCSF CHIMERAによる作画
  • ダウンロード
3D viewer


表示 / / 立体視:
中心
拡大
スケール
断面手前 <=> 奥

固定: /
方向
方向 Rotation
その他 /
表示/非表示

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: X-ray repair cross-complementing protein 6
B: X-ray repair cross-complementing protein 5
K: PRKDC-Helix
D: DNA (34-MER)
E: DNA (36-MER)
C: DNA-dependent protein kinase catalytic subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)610,1076
ポリマ-610,1076
非ポリマ-00
0
#1


タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area (Å2)27230
ΔGint (kcal/M)-158
Surface area (Å2)214470

-
構成要素

-
X-ray repair cross-complementing protein ... , 2種, 2分子 AB

#1: L型ポリペプチドX-ray repair cross-complementing protein 6 / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase Ku70 / 5'-dRP lyase Ku70 / 70 kDa subunit of Ku antigen / ATP-dependent DNA helicase 2 subunit 1 / ATP-dependent DNA helicase II 70 kDa subunit / CTC box-binding factor 75 kDa subunit / CTCBF / DNA repair protein XRCC6 / Lupus Ku autoantigen protein p70 / Ku70 / Thyroid-lupus autoantigen / TLAA / X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 6


分子量: 57619.352 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 34-534 / 由来: (組換発現) Homo sapiens / 参照: UniProt: P12956, EC: 3.6.4.-, EC: 4.2.99.-
#2: L型ポリペプチドX-ray repair cross-complementing protein 5 / 86 kDa subunit of Ku antigen / ATP-dependent DNA helicase 2 subunit 2 / ATP-dependent DNA helicase II 80 kDa subunit / CTC box-binding factor 85 kDa subunit / CTCBF / DNA repair protein XRCC5 / Ku80 / Ku86 / Lupus Ku autoantigen protein p86 / Nuclear factor IV / Thyroid-lupus autoantigen / TLAA / X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 5 (double-strand-break rejoining)


分子量: 60972.969 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 6-541 / 由来: (組換発現) Homo sapiens / 参照: UniProt: P13010, EC: 3.6.4.-

-
L型ポリペプチド , 2種, 2分子 KC

#3: L型ポリペプチドPRKDC-Helix


分子量: 1084.182 Da / 分子数: 1 / 由来: (組換発現) Homo sapiens
#6: L型ポリペプチドDNA-dependent protein kinase catalytic subunit / DNA-PKcs / DNPK1 / p460


分子量: 468885.344 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 10-4128 / 由来: (組換発現) Homo sapiens / 参照: UniProt: P78527, EC: 2.7.11.1

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 DE

#4: DNA鎖DNA (34-MER)


分子量: 10502.785 Da / 分子数: 1 / 由来: (組換発現) Homo sapiens
#5: DNA鎖DNA (36-MER)


分子量: 11042.164 Da / 分子数: 1 / 由来: (組換発現) Homo sapiens

-
実験情報

-
実験

実験手法: ELECTRON MICROSCOPY
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: SINGLE PARTICLE

-
試料調製

構成要素名称: PRKDC-Helix / タイプ: COMPLEX / Entity ID: 1, 2, 3, 4, 5, 6 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 0.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 kelvins

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 18000 / 最大 デフォーカス(公称値): 4700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1700 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダのモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均照射時間: 8 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 3496
画像スキャン動画フレーム数/画像: 32 / 利用したフレーム数/画像: 1-32

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.10.1_2155 / 分類: refinement
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリImage processing ID
1RELION1.4PARTICLE SELECTION1
2CTFFIND33CTF CORRECTION1
3RELION2.0FINAL EULER ASSIGNMENT1
4RELION2.0CLASSIFICATION1
5RELION2.0RECONSTRUCTION1
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成分解能: 6.6 Å / 分解能の評価方法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 53451 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
精密化中の拘束条件
Refine IDタイプDev ideal
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01139702
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.50053937
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.27424059
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0696075
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0096647

+
万見について

-
お知らせ

-
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

+
2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

+
2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi) / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

+
2016年4月13日: Omokage検索が速くなりました

Omokage検索が速くなりました

  • データアクセスプロセスを見直し、計算時間をこれまでの半分程度に短縮しました。
  • これまで以上に、生体分子の「カタチの類似性」をお楽しみください!

関連情報: Omokage検索

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • 旧バージョンのすべての機能をこちらに移植する予定です
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: 万見 (旧版) / EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る