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万見
- PDB-5xap: Crystal structure of SecDF in I form (C2 space group) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xap
タイトルCrystal structure of SecDF in I form (C2 space group)
要素Protein translocase subunit SecD
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / alfa helical / Sec translocon
機能・相同性
機能・相同性情報


protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / protein-transporting ATPase activity / protein targeting / protein transport / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #3220 / : / : / Protein translocase subunit SecDF, P1 domain, N-terminal / Protein-export membrane protein SecF, bacterial / Protein translocase subunit SecD / Protein-export membrane protein SecD/SecF, bacterial / Protein-export membrane protein SecD/SecF/SecDF, conserved site / Protein-export membrane protein SecD/SecF, archaeal and bacterial / Protein export membrane protein ...Alpha-Beta Plaits - #3220 / : / : / Protein translocase subunit SecDF, P1 domain, N-terminal / Protein-export membrane protein SecF, bacterial / Protein translocase subunit SecD / Protein-export membrane protein SecD/SecF, bacterial / Protein-export membrane protein SecD/SecF/SecDF, conserved site / Protein-export membrane protein SecD/SecF, archaeal and bacterial / Protein export membrane protein / SecD/SecF GG Motif / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Multifunctional fusion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans str. R1 (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.605 Å
データ登録者Tsukazaki, T. / Tanaka, Y. / Furukwa, A.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
JSPSJP26119006, JP26119007, JP26291023, JP16K14713, JP15H01537, 15H05594, JP15J08235, JP15K06972, and JP15K14490 日本
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2017
タイトル: Tunnel Formation Inferred from the I-Form Structures of the Proton-Driven Protein Secretion Motor SecDF
著者: Furukawa, A. / Yoshikaie, K. / Mori, T. / Mori, H. / Morimoto, Y.V. / Sugano, Y. / Iwaki, S. / Minamino, T. / Sugita, Y. / Tanaka, Y. / Tsukazaki, T.
履歴
登録2017年3月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.22019年5月22日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.32020年10月14日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.gene_src_details
改定 1.42020年11月11日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.details
改定 1.52022年2月9日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: database_2 / struct
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct.pdbx_model_details
改定 1.62023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein translocase subunit SecD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,2359
ポリマ－80,6331
非ポリマー2,6028
水93752
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area300 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area32500 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)208.265, 69.807, 66.169
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.860, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Protein translocase subunit SecD / Protein-export membrane protein SecF


分子量: 80633.000 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 28-768 / 変異: I117C/L242C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans str. R1 (放射線耐性)
株: R1 / 遺伝子: secD, secF, DR_1822 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: Q9RTE3
#2: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.69 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.9 / 詳細: 41% PEG 200, 100mM Na-citrate, 100mM NH4NO3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月20日
放射モノクロメーター: ?? / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 28645 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 42.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.223 / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.234 / Χ2: 0.861 / Net I/σ(I): 4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.6-2.646.50.8330.730.340.9040.51298.9
2.64-2.697.50.8630.6440.3320.9290.53799.9
2.69-2.747.90.7880.8410.2950.8440.508100
2.74-2.88.70.7220.8580.2580.7690.526100
2.8-2.869.30.6880.9080.2370.7290.557100
2.86-2.93100.6850.9130.2270.7230.559100
2.93-310.40.6610.9270.2160.6960.582100
3-3.08110.6120.9440.1940.6430.625100
3.08-3.1711.10.5260.9480.1660.5520.634100
3.17-3.2811.30.4790.9640.1490.5020.686100
3.28-3.3911.40.40.9750.1240.4190.769100
3.39-3.5311.40.340.980.1050.3560.865100
3.53-3.6911.40.2940.9840.0910.3080.934100
3.69-3.8811.40.2310.9890.0710.2421.037100
3.88-4.1311.40.1720.9930.0530.181.085100
4.13-4.459.60.1430.9910.0460.1511.25396.1
4.45-4.899.20.160.9780.0540.172.10485.8
4.89-5.611.30.1230.9950.0380.1291.192100
5.6-7.0511.30.120.9960.0370.1250.965100
7.05-5010.90.0560.9990.0180.0591.12399.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKLデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3AQP

3aqp


解像度: 2.605→49.135 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.33
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2577 2002 6.99 %
Rwork0.2031 --
obs0.2069 28635 98.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 130.24 Å2 / Biso mean: 49.3344 Å2 / Biso min: 15.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.605→49.135 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5534 0 132 52 5718
Biso mean--61.2 37.79 -
残基数----732
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015771
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0467806
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054927
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006983
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.0213445
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6045-2.66970.32091250.22371691181687
2.6697-2.74180.28041440.229718922036100
2.7418-2.82250.28191370.22919312068100
2.8225-2.91360.2981490.221919162065100
2.9136-3.01770.28561500.222919362086100
3.0177-3.13850.30491440.218919242068100
3.1385-3.28130.28921290.217619262055100
3.2813-3.45430.26991600.217219262086100
3.4543-3.67060.26621440.200719682112100
3.6706-3.95390.24141430.195619002043100
3.9539-4.35160.25751480.195119662114100
4.3516-4.98080.26431290.19271707183688
4.9808-6.27320.2481440.218519522096100
6.2732-49.14380.19461560.16871998215499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.33992.7692-3.07832.218-1.93992.56680.2408-0.09490.18730.1621-0.22310.1873-0.04480.3827-0.03350.31880.0473-0.05780.26260.01070.285-38.2035-23.436425.6404
27.5813-2.34340.96821.2695-0.3978-0.10250.0879-0.09440.0606-0.0791-0.04530.0768-0.01720.0717-0.04010.34920.0550.01330.4061-0.04030.21681.9275-19.810817.4617
31.8217-0.0971-0.38891.0176-0.21151.14470.031-0.135-0.0849-0.04160.00830.00990.04220.008-0.02610.22670.0088-0.00650.1883-0.04320.2262-54.0098-8.474118.649
45.93320.04732.72153.0832.69678.4220.2967-0.68641.2991-0.08960.1477-0.5737-0.8969-0.1412-0.24960.4268-0.06140.06140.4282-0.06920.8135-21.39688.901918.9005
53.5114-0.4634-0.46161.0963-0.04711.1493-0.01190.29520.404-0.06480.0248-0.0004-0.0322-0.07790.02070.2633-0.01370.05760.16190.03350.2892-50.6313-1.03747.4151
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 29 through 92 )A29 - 92
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 93 through 288 )A93 - 288
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 289 through 518 )A289 - 518
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 519 through 562 )A519 - 562
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 563 through 760 )A563 - 760

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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