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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5wz1 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Zika virus NS5 methyltransferase bound to S-adenosyl-L-methionine | ||||||
要素 | NS5 methyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / zika virus (ジカウイルス) / methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ) / MTase / SAM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / カプシド / double-stranded RNA binding / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont entry into host cell ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / カプシド / double-stranded RNA binding / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont entry into host cell / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / virion attachment to host cell / virion membrane / structural molecule activity / タンパク質分解 / extracellular region / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Zika virus (ジカ熱ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.507 Å | ||||||
データ登録者 | Duan, W. / Song, H. / Qi, J. / Shi, Y. / Gao, G.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J. / 年: 2017 タイトル: The crystal structure of Zika virus NS5 reveals conserved drug targets. 著者: Duan, W. / Song, H. / Wang, H. / Chai, Y. / Su, C. / Qi, J. / Shi, Y. / Gao, G.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5wz1.cif.gz | 799.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5wz1.ent.gz | 662 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5wz1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/5wz1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/5wz1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30691.004 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP RESIDUES 2525-2794 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Zika virus (strain Mr 766) (ジカ熱ウイルス) 株: Mr 766 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: A0A140E7U5, UniProt: A0A109PRQ3*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-SAM / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.37 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.0, 20 % w/v PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97853 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 66444 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.195 / Net I/σ(I): 8.075 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1L9K 解像度: 2.507→45.447 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 50.32
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.507→45.447 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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