PDB-5wyh: Crystal structure of RidL(1-200) complexed with VPS29

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wyh

タイトル

Crystal structure of RidL(1-200) complexed with VPS29

要素

Interaptin
Vacuolar protein sorting-associated protein 29液胞

キーワード

METAL BINDING PROTEIN/PROTEIN BINDING / Complex VPS29 RidL / METAL BINDING PROTEIN-PROTEIN BINDING complex

機能・相同性

機能・相同性情報

retromer, cargo-selective complex / WNT ligand biogenesis and trafficking /

retromer complex / endocytic recycling /

retrograde transport, endosome to Golgi /

intracellular protein transport / late endosome /

エンドソーム / endosome membrane /

エンドソーム ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Legionella pneumophila subsp. pneumophila ATCC 43290 (レジオネラ・ニューモフィラ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.46 Å

データ登録者

Yao, J. / Sun, Q. / Jia, D.

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Mechanism of inhibition of retromer transport by the bacterial effector RidL.
著者: Yao, J. / Yang, F. / Sun, X. / Wang, S. / Gan, N. / Liu, Q. / Liu, D. / Zhang, X. / Niu, D. / Wei, Y. / Ma, C. / Luo, Z.Q. / Sun, Q. / Jia, D.

履歴

登録	2017年1月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年1月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月23日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wyh.cif.gz	323.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wyh.ent.gz	263.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wyh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/5wyh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/5wyh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2fnj-d 1ve3-d 5hzo-d 3hhi-d 4w6r-2 7b7p-1 2o9f-d 4wb3-d 4w6r-5 1qvv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Vacuolar protein sorting-associated protein 29

B: Interaptin

C: Vacuolar protein sorting-associated protein 29

D: Interaptin

ヘテロ分子

87.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Vacuolar protein sorting-associated protein 29

B: Interaptin

登録者が定義した集合体
43.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Vacuolar protein sorting-associated protein 29

D: Interaptin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.312, 82.049, 87.332
Angle α, β, γ (deg.)	101.73, 104.26, 104.77
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
1	2	B
2	2	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	PRO	PRO	A	A	-2 - 182	1 - 185
2	1	ALA	ALA	PRO	PRO	C	C	-2 - 182	1 - 185
1	2	GLU	GLU	LEU	LEU	B	B	5 - 199	3 - 197
2	2	GLU	GLU	LEU	LEU	D	D	5 - 199	3 - 197

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Vacuolar protein sorting-associated protein 29 / 液胞 / hVPS29 / PEP11 homolog / Vesicle protein sorting 29 分子量: 20823.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VPS29, DC15, DC7, MDS007 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UBQ0
#2: タンパク質	Interaptin 分子量: 22886.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila ATCC 43290 (レジオネラ・ニューモフィラ) 遺伝子: lp12_2303 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G8UZ99
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.31 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M Tris pH8.0, 20% PEG 8000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: AichiSR

/ ビームライン: BL2S1 / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.816
1	1	H, -H-K, -H-L	2	0.184

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 37098 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.106 / R_pim(I) all: 0.063 / R_rim(I) all: 0.116 / Χ²: 1.333 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 138440

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	Χ²	% possible all	R_rim(I) all
2.5-2.54	3.7	0.891	1805	0.716	0.534	1.362	96.7
2.54-2.59	3.7	0.934	1904	0.744	0.559	1.266	97.2
2.59-2.64	3.7	0.754	1850	0.847	0.453	1.215	97.1	0.881
2.64-2.69	3.7	0.72	1845	0.827	0.43	1.326	96.6	0.839
2.69-2.75	3.7	0.581	1892	0.884	0.349	1.272	96.7	0.679
2.75-2.82	3.7	0.481	1839	0.912	0.288	1.274	97.1	0.561
2.82-2.89	3.7	0.4	1849	0.937	0.239	1.32	97	0.466
2.89-2.96	3.7	0.34	1895	0.947	0.205	1.304	96.6	0.398
2.96-3.05	3.7	0.261	1821	0.964	0.156	1.261	96.8	0.304
3.05-3.15	3.7	0.218	1884	0.972	0.131	1.32	96	0.254
3.15-3.26	3.7	0.183	1815	0.972	0.109	1.315	95.7	0.213
3.26-3.39	3.7	0.133	1860	0.983	0.08	1.318	95.6	0.155
3.39-3.55	3.8	0.112	1811	0.986	0.066	1.363	95.6	0.13
3.55-3.73	3.7	0.097	1847	0.986	0.058	1.378	96.2	0.113
3.73-3.97	3.7	0.088	1884	0.988	0.053	1.412	97.3	0.103
3.97-4.27	3.7	0.076	1841	0.991	0.046	1.384	97.3	0.089
4.27-4.7	3.7	0.067	1864	0.993	0.04	1.294	96.4	0.078
4.7-5.38	3.7	0.068	1853	0.992	0.041	1.345	97.1	0.079
5.38-6.78	3.9	0.07	1913	0.992	0.041	1.413	99.3	0.081
6.78-50	3.8	0.067	1826	0.993	0.04	1.5	94.8	0.078

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.46→31.86 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 14.37 / SU ML: 0.165 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.057 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22494	1665	5 %	RANDOM
R_work	0.18955	-	-	-
obs	0.19131	31351	81.81 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 1.1 Å / 減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.801 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-13.88 Å²	0.3 Å²	-0.19 Å²
2-	-	0.95 Å²	-2.29 Å²
3-	-	-	12.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.46→31.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6147	0	6	226	6379

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	6286
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	5843
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.392	1.961	8488
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.937	3	13622
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.774	5	760
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.43	25.016	309
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.612	15	1132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.56	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	932
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6912
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1224
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.985	2.812	3052
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.983	2.812	3051
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.117	4.215	3808
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.117	4.215	3809
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.38	3.094	3234
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.378	3.095	3234
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.771	4.537	4681
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.663	33.704	6969
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.644	33.597	6946
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数
1	1	A	11776
1	2	C	11776
2	1	B	12986
2	2	D	12986

LS精密化シェル

解像度: 2.455→2.519 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.308	24	-
R_work	0.243	400	-
obs	-	-	14.3 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9704	0.3382	-0.4798	4.401	-0.4684	2.7618	-0.0296	-0.3449	0.1618	0.2781	0.0795	-0.1259	-0.0585	0.0186	-0.0499	0.0286	0.0122	0.0044	0.0341	-0.0066	0.0996	22.6159	-22.2659	15.3991
2	1.4151	0.0667	0.1681	2.5288	-1.4741	3.8363	0.0886	-0.5208	-0.2857	0.4278	-0.0642	-0.0367	0.5574	-0.092	-0.0244	0.3462	-0.0587	0.0124	0.2026	0.0839	0.1188	1.7037	-59.3687	29.545
3	4.3276	-0.1977	0.2683	4.5061	-0.7991	2.4261	-0.0972	0.3339	-0.0946	-0.2525	0.078	-0.1597	0.0313	0.0126	0.0192	0.0475	-0.0126	0.0539	0.0279	-0.0091	0.0743	0.5185	0.4048	0.1521
4	1.678	-0.4682	-0.0266	3.2468	-1.4497	3.6617	0.0554	0.5801	0.3407	-0.5926	-0.0874	-0.0569	-0.4567	-0.1487	0.032	0.3446	0.0061	0.031	0.226	0.0888	0.111	-19.932	37.5791	-14.5043

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-2 - 182
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	5 - 200
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	-2 - 182
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 200

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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