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万見
- PDB-5wy5: Crystal structure of MAGEG1 and NSE1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wy5
タイトルCrystal structure of MAGEG1 and NSE1 complex
要素
  • Melanoma-associated antigen G1
  • Non-structural maintenance of chromosomes element 1 homolog
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / E3 LIGASE (ユビキチンリガーゼ) / ZN
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to radiation / Smc5-Smc6 complex / cellular response to hydroxyurea / chromatin looping / regulation of telomere maintenance / protein sumoylation / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / positive regulation of protein ubiquitination / double-strand break repair via homologous recombination / RING-type E3 ubiquitin transferase ...cellular response to radiation / Smc5-Smc6 complex / cellular response to hydroxyurea / chromatin looping / regulation of telomere maintenance / protein sumoylation / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / positive regulation of protein ubiquitination / double-strand break repair via homologous recombination / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / cellular response to UV / ubiquitin protein ligase activity / chromosome, telomeric region / protein dimerization activity / intracellular membrane-bounded organelle / DNA修復 / DNA damage response / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Aspartate Aminotransferase, domain 1 - #220 / Non-structural maintenance of chromosomes element 1 / Zinc finger, RING-like / Nse1 non-SMC component of SMC5-6 complex / RING-like domain / MAGE conserved domain profile. / MAGE homology domain / Melanoma-associated antigen / MAGE homology domain, winged helix WH1 motif / MAGE homology domain, winged helix WH2 motif ...Aspartate Aminotransferase, domain 1 - #220 / Non-structural maintenance of chromosomes element 1 / Zinc finger, RING-like / Nse1 non-SMC component of SMC5-6 complex / RING-like domain / MAGE conserved domain profile. / MAGE homology domain / Melanoma-associated antigen / MAGE homology domain, winged helix WH1 motif / MAGE homology domain, winged helix WH2 motif / MAGE homology domain / Melanoma-associated antigen / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Arc Repressor Mutant, subunit A / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-structural maintenance of chromosomes element 1 homolog / Non-structural maintenance of chromosomes element 3 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Yang, M. / Gao, J.
資金援助 中国, 米国, 3件
組織認可番号国
Tsinghua University Startup FundsM.Y. 中国
National Natural Science Foundation of ChinaSpecial Fund 2060204 中国
Sara and Frank McKnight FellowshipP.R.P. 米国
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2010
タイトル: Mage-Ring Protein Complexes Comprise A Family Of E3 Ubiquitin Ligases.
著者: Doyle, J.M. / Gao, J. / Wang, J. / Yang, M. / Potts, P.R.
履歴
登録2017年1月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2017年5月3日ID: 3NW0
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Melanoma-associated antigen G1
A: Non-structural maintenance of chromosomes element 1 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2956
ポリマ－53,1152
非ポリマー1794
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2400 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area24120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.257, 154.327, 53.726
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-301-

MG

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要素

#1: タンパク質 Melanoma-associated antigen G1 / Non-SMC element 3 homolog / Hepatocellular carcinoma-associated protein 4 / MAGE-G1 antigen / Non- ...Non-SMC element 3 homolog / Hepatocellular carcinoma-associated protein 4 / MAGE-G1 antigen / Non-structural maintenance of chromosomes element 3 homolog


分子量: 25519.578 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 78-294 / 変異: I193L, T258L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NSMCE3, HCA4, MAGEG1, NDNL2 / プラスミド: PRSFDUET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96MG7
#2: タンパク質 Non-structural maintenance of chromosomes element 1 homolog / Non-SMC element 1 homolog


分子量: 27595.664 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 9-246 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NSMCE1, HSPC333, HSPC337 / プラスミド: PRSFDUET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8WV22, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.14 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.5
詳細: 22%(V/V) PEG 500, 0.1M SODIUM CITRATR PH5.5, 2%(V/V) 1,1,1,3,3,3-HEXAFLUORO-2-PROPANOL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンBSRF 1W2B10.979
シンクロトロンSPring-8 BL38B121
検出器
タイプID検出器日付
MAR CCD 165 mm1CCD2009年1月15日
RIGAKU RAXIS V2IMAGE PLATE2009年1月29日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
211
反射解像度: 2.75→40 Å / Num. obs: 17756 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): 27.95
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / % possible all: 66

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.92→32.36 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.04 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 707 4.97 %
Rwork0.216 --
obs0.219 14235 91.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 79.53 Å2 / ksol: 0.28 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.2572 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.4046 Å20 Å2
3----14.0767 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.92→32.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3462 0 4 17 3483
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083554
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3264787
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.7491335
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081536
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008609
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9226-3.14810.37391120.34222025X-RAY DIFFRACTION70
3.1481-3.46460.35111470.28042694X-RAY DIFFRACTION93
3.4646-3.96510.29261590.21592831X-RAY DIFFRACTION96
3.9651-4.99270.20811440.17042892X-RAY DIFFRACTION97
4.9927-32.36220.26091450.21183086X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.3464-1.0144-3.09240.24611.24873.34061.0559-0.5662.07330.3078-0.6483-0.3942-0.85570.1759-0.20510.5263-0.1529-0.15470.2915-0.00780.6502-0.3027-14.849122.5704
22.3783-1.6904-1.3851.46331.39132.8038-0.3952-0.1361-0.42150.42550.12160.06030.80680.44960.17790.4873-0.15190.02570.4092-0.01950.3712-3.5628-27.573120.2103
32.229-0.0972.7572.0575-1.8412.04530.1460.6925-1.03390.65410.84831.17660.11362.1827-0.17191.20470.1304-0.11530.77890.10450.9396-14.2395-31.375411.515
47.7867-1.76424.82973.3188-0.74189.5309-0.08040.52160.059-0.4488-0.3336-0.120.6352-0.10620.34360.2065-0.0957-0.00380.1596-0.04950.2652-5.4901-35.39661.8117
58.8961-4.77833.68893.0707-1.66052.93930.32150.5109-0.3236-0.7391-0.56760.0160.86550.74990.16580.71130.31690.01510.39210.06650.394814.5211-45.845915.5532
62.6742-0.6195-0.3654.1713-0.44854.0399-0.14610.14430.7893-0.11070.42760.6336-0.1327-0.9271-0.27980.3546-0.1318-0.04920.58030.12260.6825-23.7799-18.167315.7036
77.62890.8926-2.88045.75181.39182.4693-1.422.1166-0.3339-0.79530.986-0.63720.4494-0.58640.31360.5495-0.54480.10320.8312-0.19950.356312.9985-1.1102-3.1439
82.19260.1809-1.97780.57781.72093.2772-0.0223-1.2498-3.64712.5782-1.7239-1.16743.2939-0.78580.88731.8706-0.2436-0.53760.63780.34552.83278.0461-18.33650.7227
9-2.56571.8957-1.81172.6220.69422.817-0.56610.0589-2.07990.73221.45090.45881.02720.125-0.84731.2892-0.20970.66371.1110.31522.542117.7447-16.38994.9383
104.3127-0.50272.1362.4576-2.86820.96-1.5401-1.2868-0.15530.2496-1.74390.76010.7552-0.51051.86071.49130.19450.60832.0074-0.18792.008722.8119-11.241314.5888
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 9:59)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 60:89)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 90:97)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 98:200)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 201:246)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN B AND RESID 78:158)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN B AND RESID 159:272)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID 273:278)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN B AND RESID 279:288)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN B AND RESID 289:294)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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