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万見
- PDB-5wtr: Crystal structure of a prokaryotic TRIC channel in 0.5 M KCl -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wtr
タイトルCrystal structure of a prokaryotic TRIC channel in 0.5 M KCl
要素Uncharacterized protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Mambrane protein / ion channel (イオンチャネル)
機能・相同性Glycine transporter / Glycine transporter / 細胞膜 / : / ステアリン / Glycine transporter domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Ou, X.M. / Wang, L.F. / Yang, H.T. / Liu, X.Y. / Liu, Z.F.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesXDB08020302 中国
Ministry of Science and Technology2014CB910301 中国
Office of Global Experts RecruitmentNational Thousand Young Talents Program 中国
引用ジャーナル: BMC BIOL. / 年: 2017
タイトル: Ion and water binding sites inside an occluded hourglass pore of a TRIC channel
著者: Ou, X.M. / Guo, J.L. / Wang, L.F. / Yang, H.T. / Liu, X.Y. / Sun, J.Y. / Liu, Z.F.
履歴
登録2016年12月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
F: Uncharacterized protein
G: Uncharacterized protein
H: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,24553
ポリマ－140,4276
非ポリマー3,81847
水6,864381
1
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,10326
ポリマ－70,2143
非ポリマー1,88923
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13970 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area21630 Å2
手法PISA
2
F: Uncharacterized protein
G: Uncharacterized protein
H: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,14227
ポリマ－70,2143
非ポリマー1,92924
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14020 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area21400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.073, 87.730, 173.062
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.90, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11F-308-

K

21B-425-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein


分子量: 23404.502 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (古細菌)
株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 遺伝子: SSO0012 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: Q981D4
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-TGL / TRISTEAROYLGLYCEROL / TRIACYLGLYCEROL / トリステアリン / ステアリン


分子量: 891.480 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C57H110O6
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 381 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.37 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Well solution: 22-26% PEG 3000, 0.1 M Tris-HCl pH8.0, 0.2 M NaAc, 0.2 M KCl Before being frozen, the crystals were washed and soaked in 26% PEG3000, 50 mM Tris-HCl pH 8.0, 1.1% OG, 0.1% DM, ...詳細: Well solution: 22-26% PEG 3000, 0.1 M Tris-HCl pH8.0, 0.2 M NaAc, 0.2 M KCl Before being frozen, the crystals were washed and soaked in 26% PEG3000, 50 mM Tris-HCl pH 8.0, 1.1% OG, 0.1% DM, 3% ethylene glycol, 0.5 M KCl
PH範囲: 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1.00137 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00137 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 106700 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 28.4 Å2 / Rsym value: 0.149 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.604 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 94.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.3精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→50 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2285 2614 2.4 %Random selection
Rwork0.2108 ---
obs-106561 97.4 %-
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 38.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9054 0 207 381 9642
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.21 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.2862 45
Rwork0.2814 1966

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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