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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ws7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human MTH1(G2K/C87A/C104S mutant) in complex with 2-oxo-dATP | ||||||
要素 | 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / ALPHA-BETA-ALPHA SANDWICH / DNA DAMAGE (DNA修復) / DNA REPAIR (DNA修復) / DNA REPLICATION (DNA複製) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 2-hydroxy-ATP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP hydrolase activity / N6-methyl-(d)ATP hydrolase activity / O6-methyl-dGTP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / dATP diphosphatase activity / ATP diphosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides ...2-hydroxy-ATP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP hydrolase activity / N6-methyl-(d)ATP hydrolase activity / O6-methyl-dGTP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / dATP diphosphatase activity / ATP diphosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / DNA protection / Phosphate bond hydrolysis by NUDT proteins / purine nucleoside catabolic process / snoRNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / response to cadmium ion / acrosomal vesicle / male gonad development / 核膜 / response to oxidative stress / ミトコンドリアマトリックス / DNA修復 / ミトコンドリア / extracellular space / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1 Å | ||||||
データ登録者 | Nakamura, T. / Waz, S. / Hirata, K. / Nakabeppu, Y. / Yamagata, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017 タイトル: Structural and Kinetic Studies of the Human Nudix Hydrolase MTH1 Reveal the Mechanism for Its Broad Substrate Specificity 著者: Waz, S. / Nakamura, T. / Hirata, K. / Koga-Ogawa, Y. / Chirifu, M. / Arimori, T. / Tamada, T. / Ikemizu, S. / Nakabeppu, Y. / Yamagata, Y. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr. Sect. F Struct. Biol. Cryst. Commun. 年: 2013 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of human MTH1 with a homogeneous N-terminus. 著者: Koga, Y. / Inazato, M. / Nakamura, T. / Hashikawa, C. / Chirifu, M. / Michi, A. / Yamashita, T. / Toma, S. / Kuniyasu, A. / Ikemizu, S. / Nakabeppu, Y. / Yamagata, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ws7.cif.gz | 263.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ws7.ent.gz | 216.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ws7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/5ws7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/5ws7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17995.459 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 42-197 / 変異: G2K, C87A, C104S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT1, MTH1 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P36639, 8-oxo-dGTP diphosphatase, 2-hydroxy-dATP diphosphatase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NA / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.21 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: sodium citrate, tris, NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1→50 Å / Num. obs: 144098 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 9.6 % / Net I/σ(I): 68.3 |
反射 シェル | 解像度: 1→1.02 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 5GHJ 解像度: 1→37.608 Å / SU ML: 0.06 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 10.59
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1→37.608 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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