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- PDB-5wrd: Crystal structure of LC3B in complex with FYCO1 LIR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wrd
タイトルCrystal structure of LC3B in complex with FYCO1 LIR
要素
  • Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B
  • Peptide from FYVE and coiled-coil domain-containing protein 1ペプチド
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / Autophagy (オートファジー)
機能・相同性
機能・相同性情報


Receptor Mediated Mitophagy / TBC/RABGAPs / オートファジー / Pexophagy / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / plus-end-directed vesicle transport along microtubule / ceramide binding / mucus secretion / KEAP1-NFE2L2 pathway / cellular response to nitrogen starvation ...Receptor Mediated Mitophagy / TBC/RABGAPs / オートファジー / Pexophagy / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / plus-end-directed vesicle transport along microtubule / ceramide binding / mucus secretion / KEAP1-NFE2L2 pathway / cellular response to nitrogen starvation / phosphatidylethanolamine binding / positive regulation of autophagosome maturation / microtubule associated complex / positive regulation of mucus secretion / オートファゴソーム / axoneme / autophagosome maturation / autophagosome membrane / マイトファジー / autophagosome assembly / オートファゴソーム / 細胞内膜系 / cellular response to starvation / tubulin binding / establishment of localization in cell / ミトコンドリア / オートファジー / オートファジー / late endosome / cytoplasmic vesicle / microtubule binding / 微小管 / リソソーム / 神経繊維 / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / neuronal cell body / 樹状突起 / ubiquitin protein ligase binding / ゴルジ体 / ミトコンドリア / 生体膜 / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
FYVE and coiled-coil domain-containing protein 1 / RUN domain / RUN domain superfamily / RUN domain / RUN domain profile. / GOLD domain superfamily / GOLD domain / GOLD domain profile. / FYVE zinc finger / FYVE zinc finger ...FYVE and coiled-coil domain-containing protein 1 / RUN domain / RUN domain superfamily / RUN domain / RUN domain profile. / GOLD domain superfamily / GOLD domain / GOLD domain profile. / FYVE zinc finger / FYVE zinc finger / Protein present in Fab1, YOTB, Vac1, and EEA1 / Zinc finger, FYVE-related / Zinc finger FYVE/FYVE-related type profile. / Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin-like domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FYVE and coiled-coil domain-containing protein 1 / Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Sakurai, S. / Ohto, U. / Shimizu, T.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2017
タイトル: The crystal structure of mouse LC3B in complex with the FYCO1 LIR reveals the importance of the flanking region of the LIR motif
著者: Sakurai, S. / Tomita, T. / Shimizu, T. / Ohto, U.
履歴
登録2016年12月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B
B: Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B
C: Peptide from FYVE and coiled-coil domain-containing protein 1
D: Peptide from FYVE and coiled-coil domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8276
ポリマ－33,6424
非ポリマー1842
水90150
1
A: Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7302
ポリマ－14,6381
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7302
ポリマ－14,6381
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Peptide from FYVE and coiled-coil domain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,1831
ポリマ－2,1831
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Peptide from FYVE and coiled-coil domain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,1831
ポリマ－2,1831
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B
C: Peptide from FYVE and coiled-coil domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9133
ポリマ－16,8212
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1740 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area7800 Å2
手法PISA
6
B: Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B
D: Peptide from FYVE and coiled-coil domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9133
ポリマ－16,8212
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1720 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area7840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.412, 44.613, 63.582
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.29, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B / Autophagy-related protein LC3 B / Autophagy-related ubiquitin-like modifier LC3 B / MAP1 light ...Autophagy-related protein LC3 B / Autophagy-related ubiquitin-like modifier LC3 B / MAP1 light chain 3-like protein 2 / MAP1A/MAP1B light chain 3 B / MAP1A/MAP1B LC3 B / Microtubule-associated protein 1 light chain 3 beta


分子量: 14637.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Map1lc3b, Map1alc3, Map1lc3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9CQV6
#2: タンパク質・ペプチド Peptide from FYVE and coiled-coil domain-containing protein 1 / ペプチド


分子量: 2183.303 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q8VDC1
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.6), 0.2M potassium sodium tartrate tetrahydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 21371 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.4 % / Net I/σ(I): 20.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 3.974 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.161 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24418 1087 5.1 %RANDOM
Rwork0.1881 ---
obs0.19088 20284 97.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 40.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.58 Å2-0 Å20.33 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0.7 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2254 0 12 50 2316
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0192300
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022228
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9951.9733094
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94335128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.995268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.60524.355124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.68515438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.6271520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.2346
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022562
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02526
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.8093.751084
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.8063.7481083
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.0165.5851348
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.0145.5881349
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.6534.311214
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.6364.3111214
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.0086.2581747
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.71129.422503
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.70929.432504
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.902→1.951 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 61 -
Rwork0.265 1379 -
obs--89.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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