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- PDB-6ptt: Soluble model of Arabidopsis thaliana CuA (Tt3LAt) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ptt
タイトルSoluble model of Arabidopsis thaliana CuA (Tt3LAt)
要素Cytochrome c oxidase subunit 2
キーワードELECTRON TRANSPORT / OXIDOREDUCTASE / CuA site / electron transfer / cupredoxin fold
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome-c oxidase / cytochrome-c oxidase activity / copper ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome C oxidase subunit IIa, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane / Ba3-like heme-copper oxidase subunit II, C-terminal / : / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. ...Cytochrome C oxidase subunit IIa, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane / Ba3-like heme-copper oxidase subunit II, C-terminal / : / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DINUCLEAR COPPER ION / Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Lisa, M.N. / Giannini, E. / Llases, M.E. / Alzari, P.M. / Vila, A.J.
資金援助 アルゼンチン, 1件
組織認可番号国
National Research Council (NRC, Argentina)PICT-2012-1285 アルゼンチン
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2020
タイトル: Unexpected electron spin density on the axial methionine ligand in CuAsuggests its involvement in electron pathways.
著者: Morgada, M.N. / Llases, M.E. / Giannini, E. / Castro, M.A. / Alzari, P.M. / Murgida, D.H. / Lisa, M.N. / Vila, A.J.
履歴
登録2019年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年6月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c oxidase subunit 2
B: Cytochrome c oxidase subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3984
ポリマ－28,1442
非ポリマー2542
水4,504250
1
A: Cytochrome c oxidase subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1992
ポリマ－14,0721
非ポリマー1271
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cytochrome c oxidase subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1992
ポリマ－14,0721
非ポリマー1271
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.335, 73.734, 79.135
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUVALVAL(chain 'A' and (resid 50 through 58 or resid 60 through 168))AA50 - 588 - 16
12GLNGLNGLUGLU(chain 'A' and (resid 50 through 58 or resid 60 through 168))AA60 - 16818 - 126
21LEULEUVALVAL(chain 'B' and (resid 50 through 58 or resid 60 through 168))BB50 - 588 - 16
22GLNGLNGLUGLU(chain 'B' and (resid 50 through 58 or resid 60 through 168))BB60 - 16818 - 126

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c ba(3) subunit II / Cytochrome c oxidase polypeptide II / Cytochrome cba3 subunit 2


分子量: 14071.957 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
遺伝子: cbaB, ctaC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P98052, UniProt: Q5SJ80*PLUS, cytochrome-c oxidase
#2: 化合物 ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.07 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 100 mM Hepes, 1.5 M LiSO4, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.3679 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3679 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→43.07 Å / Num. obs: 26102 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 22.74 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 1.84→1.88 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.438 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 1572 / CC1/2: 0.896 / Rpim(I) all: 0.254 / Rrim(I) all: 0.508 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14rc3_3199精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2CUA

2cua


解像度: 1.84→43.07 Å / SU ML: 0.2306 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 21.4926
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2137 1372 5.26 %
Rwork0.1697 --
obs0.1719 26059 97.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 27.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→43.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1888 0 4 250 2142
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01971953
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1932673
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1085297
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0092350
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.02051143
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.84-1.910.37181660.37432390X-RAY DIFFRACTION98.69
1.91-1.980.30611650.25922424X-RAY DIFFRACTION98.55
1.98-2.070.22581150.17712469X-RAY DIFFRACTION98.55
2.07-2.180.20181140.15832517X-RAY DIFFRACTION99.47
2.18-2.320.19821450.14972482X-RAY DIFFRACTION99.06
2.32-2.50.20971570.16152448X-RAY DIFFRACTION97.79
2.5-2.750.22291280.16312475X-RAY DIFFRACTION98.34
2.75-3.150.24431330.16662492X-RAY DIFFRACTION97.8
3.15-3.960.18261300.15182478X-RAY DIFFRACTION95.6
3.96-43.070.17771190.16362512X-RAY DIFFRACTION92.61
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.8558967244 Å / Origin y: 6.40112084807 Å / Origin z: 23.4375790861 Å
111213212223313233
T0.110991217486 Å2-0.00628520611247 Å20.00151419051522 Å2-0.0884596699915 Å2-0.00464328397273 Å2--0.172657022942 Å2
L0.594252438358 °2-0.265776729162 °21.0804557742 °2-0.449810504337 °2-0.682073698288 °2--3.35288166363 °2
S-0.0210467495262 Å °-0.0268526097825 Å °0.0573330544481 Å °0.0390141478201 Å °0.0128822383417 Å °0.00688340100816 Å °-0.109931670359 Å °-0.0381137705237 Å °0.0133613047206 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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