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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5wnl | ||||||
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タイトル | Crystal structure of murine receptor-interacting protein 4 (Ripk4) D143N bound to staurosporine | ||||||
要素 | Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 4 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Kinase (キナーゼ) / Inhibitor / Complex / TRANSFERASE (転移酵素) / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 morphogenesis of an epithelium / non-specific serine/threonine protein kinase / リン酸化 / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / 生体膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Huang, C.S. / Hymowitz, S.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2018 タイトル: Crystal Structure of Ripk4 Reveals Dimerization-Dependent Kinase Activity. 著者: Huang, C.S. / Oberbeck, N. / Hsiao, Y.C. / Liu, P. / Johnson, A.R. / Dixit, V.M. / Hymowitz, S.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5wnl.cif.gz | 69 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5wnl.ent.gz | 49.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5wnl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/5wnl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/5wnl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38988.039 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-342 / 変異: D143N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ripk4, Ankrd3, Pkk 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9ERK0, non-specific serine/threonine protein kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-STU / |
#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.87 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: マイクロバッチ法 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 200 mM magnesium chloride, 10% isopropanol, 15% ethylene glycol, and 10% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 37451 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 27.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 7.835 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.258 / ESU R Free: 0.219 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 63.086 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.5→30 Å
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拘束条件 |
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