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- PDB-5wjo: Crystal structure of the unliganded PG90 TCR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wjo
タイトルCrystal structure of the unliganded PG90 TCR
要素
  • PG90 TCR alpha chain
  • PG90 TCR beta chain
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / T Cell Receptor (T細胞受容体) / heterodimer.
機能・相同性抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Shahine, A. / Gras, S. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2017
タイトル: A molecular basis of human T cell receptor autoreactivity toward self-phospholipids.
著者: Shahine, A. / Van Rhijn, I. / Cheng, T.Y. / Iwany, S. / Gras, S. / Moody, D.B. / Rossjohn, J.
履歴
登録2017年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年10月4日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PG90 TCR alpha chain
B: PG90 TCR beta chain
C: PG90 TCR alpha chain
D: PG90 TCR beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,89920
ポリマ－101,2624
非ポリマー63616
水6,503361
1
A: PG90 TCR alpha chain
B: PG90 TCR beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,94310
ポリマ－50,6312
非ポリマー3128
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5480 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area20580 Å2
手法PISA
2
C: PG90 TCR alpha chain
D: PG90 TCR beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,95610
ポリマ－50,6312
非ポリマー3248
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5240 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area20690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.150, 128.080, 169.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 PG90 TCR alpha chain


分子量: 22839.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
#2: タンパク質 PG90 TCR beta chain


分子量: 27791.799 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)

-
非ポリマー , 4種, 377分子

#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.29 % / 解説: Single rod shape
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 22% PEG 3350, 0.2M Magnesium Formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→39.18 Å / Num. obs: 32046 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 48.6 Å2 / CC1/2: 0.982 / Rpim(I) all: 0.0129 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 3558 / CC1/2: 0.607 / Rpim(I) all: 0.0567 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DXA, 1MI5

3dxa

1mi5


解像度: 2.5→39.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.27 / SU Rfree Blow DPI: 0.276 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.273
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 1625 5.07 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.209 32046 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 37.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.8034 Å20 Å20 Å2
2---3.1822 Å20 Å2
3----1.6212 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.36 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→39.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6791 0 28 365 7184
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0077052HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.039598HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3194SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes191HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1023HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7052HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.95
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.02
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion921SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7814SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.58 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 130 4.44 %
Rwork0.243 2797 -
all0.246 2927 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5399-0.29210.33790.21690.18240-0.00620.0331-0.04280.0131-0.0087-0.0131-0.0274-0.02890.0149-0.0295-0.03790.0131-0.0026-0.0226-0.015216.895926.9472-40.3168
20.7968-0.24940.220.24620.45580.073-0.02560.00190.0060.0252-0.0048-0.00380.0149-0.0250.0304-0.0025-0.00940.03-0.0197-0.0098-0.028431.17131.3299-27.6182
30.420.0850.03900.29290.59570.011-0.0080.0284-0.0096-0.0005-0.0221-0.01340.0171-0.0104-0.04110.00430.02830.0352-0.043-0.045227.6768-17.5088-6.894
40.19910.08290.12830.31980.20870.23620.02170.00670.0513-0.02310.0150.0113-0.0398-0.0037-0.0367-0.0178-0.01140.0611-0.0047-0.0605-0.001713.5024-4.1105-5.8046
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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