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- PDB-5wi4: CRYSTAL STRUCTURE OF DYNLT1/TCTEX-1 IN COMPLEX WITH ARHGEF2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wi4
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF DYNLT1/TCTEX-1 IN COMPLEX WITH ARHGEF2
要素Dynein light chain Tctex-type 1,Rho guanine nucleotide exchange factor 2
キーワードMOTOR PROTEIN (モータータンパク質) / DYNEIN LIGHT CHAIN (ダイニン) / RHO GEF / CARGO TRANSPORT (貨物輸送)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of podosome assembly / guanyl-nucleotide exchange factor activity => GO:0005085 / guanyl-nucleotide exchange factor activity => GO:0005085 / : / small GTPase binding => GO:0031267 / small GTPase binding => GO:0031267 / 分泌 / NRAGE signals death through JNK / : / G alpha (12/13) signalling events ...negative regulation of podosome assembly / guanyl-nucleotide exchange factor activity => GO:0005085 / guanyl-nucleotide exchange factor activity => GO:0005085 / : / small GTPase binding => GO:0031267 / small GTPase binding => GO:0031267 / 分泌 / NRAGE signals death through JNK / : / G alpha (12/13) signalling events / asymmetric neuroblast division / cellular response to muramyl dipeptide / GTP-dependent protein binding / positive regulation of neuron migration / negative regulation of microtubule depolymerization / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of Rho protein signal transduction / cytoplasmic dynein complex / podosome / postsynaptic density, intracellular component / establishment of mitotic spindle orientation / cytoskeletal motor activity / bicellular tight junction / cytoplasmic microtubule / axonal growth cone / photoreceptor inner segment / positive regulation of neuron differentiation / Neutrophil degranulation / dendritic shaft / actin filament organization / cell morphogenesis / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / spindle / ruffle membrane / positive regulation of neuron projection development / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of interleukin-6 production / G-protein beta-subunit binding / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of tumor necrosis factor production / lamellipodium / cell body / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / 成長円錐 / cytoplasmic vesicle / microtubule binding / vesicle / 微小管 / postsynaptic density / 細胞骨格 / intracellular signal transduction / 細胞分裂 / 自然免疫系 / neuronal cell body / glutamatergic synapse / ゴルジ体 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / identical protein binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Dynein light chain Tctex-1 like / Tctex-1-like superfamily / Tctex-1 family / ARHGEF2, PH domain / ARHGEF1-like, PH domain / PH domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain ...Dynein light chain Tctex-1 like / Tctex-1-like superfamily / Tctex-1 family / ARHGEF2, PH domain / ARHGEF1-like, PH domain / PH domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Dynein light chain Tctex-type 1 / Rho guanine nucleotide exchange factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Balan, M. / Ishiyama, N. / Marshall, C.B. / Ikura, M.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Cancer Research Society (CRS)CRS 14014 カナダ
Canada Foundation for Innovation カナダ
引用ジャーナル: Sci Signal / 年: 2017
タイトル: MARK3-mediated phosphorylation of ARHGEF2 couples microtubules to the actin cytoskeleton to establish cell polarity.
著者: Sandi, M.J. / Marshall, C.B. / Balan, M. / Coyaud, E. / Zhou, M. / Monson, D.M. / Ishiyama, N. / Chandrakumar, A.A. / La Rose, J. / Couzens, A.L. / Gingras, A.C. / Raught, B. / Xu, W. / ...著者: Sandi, M.J. / Marshall, C.B. / Balan, M. / Coyaud, E. / Zhou, M. / Monson, D.M. / Ishiyama, N. / Chandrakumar, A.A. / La Rose, J. / Couzens, A.L. / Gingras, A.C. / Raught, B. / Xu, W. / Ikura, M. / Morrison, D.K. / Rottapel, R.
履歴
登録2017年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dynein light chain Tctex-type 1,Rho guanine nucleotide exchange factor 2
B: Dynein light chain Tctex-type 1,Rho guanine nucleotide exchange factor 2
C: Dynein light chain Tctex-type 1,Rho guanine nucleotide exchange factor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3937
ポリマ－47,0083
非ポリマー3844
水3,207178
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, DYNLT1-ARHGEF2 chimera runs as a dimer in gel filtration chromatography
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4480 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area18330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.967, 91.967, 83.079
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-228-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Dynein light chain Tctex-type 1,Rho guanine nucleotide exchange factor 2 / Activator of G-protein signaling 2 / AGS2 / T-complex testis-specific protein 1 / TCTEX-1 / Guanine ...Activator of G-protein signaling 2 / AGS2 / T-complex testis-specific protein 1 / TCTEX-1 / Guanine nucleotide exchange factor H1 / GEF-H1 / LBC'S first cousin / Lymphoid blast crisis-like 1 / Oncogene LFC / Rhobin


分子量: 15669.433 Da / 分子数: 3 / 断片: unp residue 1-113; unp residues 139-164 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
遺伝子: Dynlt1, Tctel1, Tctex-1, Tctex1, Arhgef2, Kiaa0651, Lbcl1, Lfc
プラスミド: PGEX4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P51807, UniProt: Q60875
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.99 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.33M AMMONIUM SULPHATE, 0.25MM SODIUM MALONATE, 7.2MM CALCIUM CHLORIDE
PH範囲: 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月15日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 27423 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 31.492
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.348 / Mean I/σ(I) obs: 6.578 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
Coot(0.7)位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YGT

1ygt


解像度: 2→36.83 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.13 / 位相誤差: 27.87
Rfactor反射数%反射
Rfree0.21 2010 7.33 %
Rwork0.174 --
obs0.176 27423 98.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→36.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2811 0 20 178 3009
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072874
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0433897
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.688983
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068473
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003474
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.04860.23341370.21571703X-RAY DIFFRACTION88
2.0486-2.1040.25761400.20661741X-RAY DIFFRACTION89
2.104-2.16590.21961430.20421766X-RAY DIFFRACTION89
2.1659-2.23580.20571390.19881785X-RAY DIFFRACTION90
2.2358-2.31570.23221360.20031780X-RAY DIFFRACTION91
2.3157-2.40840.25311410.20521795X-RAY DIFFRACTION91
2.4084-2.5180.23131450.20171787X-RAY DIFFRACTION91
2.518-2.65070.2371400.19381822X-RAY DIFFRACTION92
2.6507-2.81670.26281430.19791821X-RAY DIFFRACTION92
2.8167-3.03410.23361430.18681829X-RAY DIFFRACTION93
3.0341-3.33930.1851450.16471857X-RAY DIFFRACTION93
3.3393-3.8220.16321440.14471880X-RAY DIFFRACTION93
3.822-4.81370.17831430.12831879X-RAY DIFFRACTION93
4.8137-36.83730.20581520.16931962X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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