[日本語] English
万見
- PDB-5wfg: Crystal structure of the TarA wall teichoic acid glycosyltransfer... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wfg
タイトルCrystal structure of the TarA wall teichoic acid glycosyltransferase bound to UDP
要素N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / glycosyltransferase (グリコシルトランスフェラーゼ) / wall teichoic acid enzyme / Beta-N-acetylmannosaminyltransferase
機能・相同性N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase / N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase activity / Glycosyl transferase WecG/TagA/CpsF / N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase / Glycosyl transferase WecG/TagA/CpsF family / teichoic acid biosynthetic process / cell wall organization / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase
機能・相同性情報
生物種Thermoanaerobacter italicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kattke, M.D. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Clubb, R.T.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2019
タイトル: Structure and mechanism of TagA, a novel membrane-associated glycosyltransferase that produces wall teichoic acids in pathogenic bacteria.
著者: Kattke, M.D. / Gosschalk, J.E. / Martinez, O.E. / Kumar, G. / Gale, R.T. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Philips, M. / Brown, E.D. / Clubb, R.T.
履歴
登録2017年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase
B: N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase
C: N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase
D: N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase
E: N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase
F: N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,54812
ポリマ－132,1236
非ポリマー2,4256
水43224
1
A: N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase
B: N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase
C: N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,2746
ポリマ－66,0623
非ポリマー1,2123
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4910 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area22020 Å2
手法PISA
2
D: N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase
E: N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase
F: N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,2746
ポリマ－66,0623
非ポリマー1,2123
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4890 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area22110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.930, 104.210, 90.130
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.270, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細trimer by gel filtration

-
要素

#1: タンパク質
N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase / / N-acetylmannosaminyltransferase / UDP-N-acetylmannosamine transferase / UDP-N-acetylmannosamine:N- ...N-acetylmannosaminyltransferase / UDP-N-acetylmannosamine transferase / UDP-N-acetylmannosamine:N-acetylglucosaminyl pyrophosphorylundecaprenol N-acetylmannosaminyltransferase


分子量: 22020.516 Da / 分子数: 6 / 断片: TarA / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacter italicus (バクテリア)
株: DSM 9252 / Ab9 / 遺伝子: Thit_1850 / プラスミド: pMAPLe4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: D3T4E0, N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP / ウリジン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.88 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 40% PEG-300, 200mM calcium acetate hydrate, 100mM sodium cacodylate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→33.03 Å / Num. obs: 44606 / % possible obs: 88.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.601 % / Biso Wilson estimate: 89.37 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rrim(I) all: 0.105 / Χ2: 2.012 / Net I/σ(I): 7.23
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.89-2.971.5670.6461.0429870.5940.91179.1
2.97-3.051.5850.5281.2533310.6520.74492.7
3.05-3.141.5960.4151.7632410.7440.58491.4
3.14-3.231.5710.3242.1830800.830.45790
3.23-3.341.5090.2362.8129740.9130.33288.6
3.34-3.461.6060.1873.5129040.9310.26391.6
3.46-3.591.630.1634.1528630.9590.2391.6
3.59-3.731.6210.1195.6726730.9760.16890.5
3.73-3.91.6030.0937.0525500.980.13189.5
3.9-4.091.5440.0748.4424090.9880.10486.9
4.09-4.311.5990.0599.9222640.9920.08488.7
4.31-4.571.6670.05611.4422040.9930.07989.3
4.57-4.891.640.04712.5320340.9950.06689
4.89-5.281.610.04712.419160.9940.06688.1
5.28-5.781.5890.0511.0317040.9950.07186.5
5.78-6.461.6890.04812.9716040.9930.06888.7
6.46-7.461.6390.03915.2213640.9960.05587.5
7.46-9.141.6080.02721.3311370.9970.03985
9.14-12.931.6850.02127.698900.9990.02985.9
12.93-33.031.6160.0226.64770.9980.02886.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.84 Å85.57 Å
Translation2.84 Å85.57 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.6.1位相決定
BUSTER精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→33.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.41
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 2413 10 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.204 24132 95.1 %-
原子変位パラメータBiso max: 171.19 Å2 / Biso mean: 81.01 Å2 / Biso min: 20.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.9658 Å20 Å2-0.0088 Å2
2---0.6486 Å20 Å2
3---5.6144 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.41 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→33.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8216 0 216 24 8456
Biso mean--102.94 43.35 -
残基数----1154
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2744SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes190HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1327HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8568HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1212SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10008SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d8568HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg11775HARMONIC21.14
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.36
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.04
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.03 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2879 295 9.99 %
Rwork0.2228 2658 -
all0.2295 2953 -
obs--95.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5612-1.1654-0.34554.17330.38363.8936-0.1954-0.06960.15340.68260.153-0.252-0.1664-0.01150.04250.52670.0102-0.0351-0.3785-0.0232-0.349482.6654-6.34498.0711
22.76411.4316-0.21083.2447-0.4333.2563-0.1188-0.20370.3178-0.1298-0.04380.5361-0.0655-0.29120.16250.48220.0555-0.0421-0.3655-0.0342-0.296757.2774-20.90580.0467
33.65950.37890.00263.0260.19845.1981-0.1985-0.4814-0.77430.09040.1453-0.17920.35740.17540.05320.45050.12680.0726-0.3940.141-0.270581.4761-36.56448.1573
41.41860.270.84984.27090.96493.21290.01640.0613-0.3029-0.1918-0.0422-0.58160.27310.06580.02590.45340.03050.0424-0.36230.0469-0.311397.2093-34.2501-29.1077
52.66260.361-0.20833.1499-1.01553.6470.05450.1898-0.359-0.2877-0.05250.4839-0.0301-0.486-0.0020.4621-0.0302-0.0114-0.3549-0.0504-0.340969.9339-25.4363-38.3443
64.1112-0.37670.39153.0298-0.31372.1034-0.1250.19540.448-0.17090.08610.0085-0.46690.07830.03890.5136-0.0633-0.0309-0.365-0.0034-0.350990.7003-4.7962-30.9212
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A3 - 195
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B2 - 195
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C3 - 195
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D3 - 195
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E2 - 195
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F3 - 195

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る