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- PDB-5wai: Crystal Structure of a Suz12-Rbbp4-Jarid2-Aebp2 Heterotetrameric ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wai
タイトルCrystal Structure of a Suz12-Rbbp4-Jarid2-Aebp2 Heterotetrameric Complex
要素
  • Histone-binding protein RBBP4
  • Jumonji, AT-rich interactive domain 2
  • Polycomb protein SUZ12
  • Zinc finger protein AEBP2
キーワードTRANSCRIPTION / Methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to pericentric heterochromatin / sex chromatin / CAF-1 complex / random inactivation of X chromosome / ubiquitin-modified histone reader activity / facultative heterochromatin formation / histone H3K27 methyltransferase activity / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / NURF complex ...protein localization to pericentric heterochromatin / sex chromatin / CAF-1 complex / random inactivation of X chromosome / ubiquitin-modified histone reader activity / facultative heterochromatin formation / histone H3K27 methyltransferase activity / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / NURF complex / NuRD complex / regulation of cell fate specification / negative regulation of stem cell population maintenance / DNA replication-dependent chromatin assembly / ESC/E(Z) complex / chromatin silencing complex / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / regulation of stem cell differentiation / RSC-type complex / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / Polo-like kinase mediated events / G0 and Early G1 / lncRNA binding / cardiac muscle cell proliferation / Cyclin E associated events during G1/S transition / SUMOylation of chromatin organization proteins / histone methyltransferase complex / positive regulation of stem cell population maintenance / G1/S-Specific Transcription / ATPase complex / histone methyltransferase activity / Sin3-type complex / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / oligodendrocyte differentiation / Transcriptional Regulation by E2F6 / RNA Polymerase I Transcription Initiation / negative regulation of cell differentiation / histone deacetylase complex / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / transcription coregulator activity / spleen development / enzyme activator activity / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / Regulation of PTEN gene transcription / methylated histone binding / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / transcription corepressor binding / PRC2 methylates histones and DNA / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / thymus development / liver development / negative regulation of cell migration / Defective pyroptosis / ubiquitin binding / HDACs deacetylate histones / cellular response to leukemia inhibitory factor / central nervous system development / stem cell differentiation / promoter-specific chromatin binding / HCMV Early Events / PKMTs methylate histone lysines / brain development / chromatin DNA binding / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / histone deacetylase binding / nucleosome assembly / chromatin organization / regulation of gene expression / histone binding / chromosome, telomeric region / DNA replication / Potential therapeutics for SARS / Oxidative Stress Induced Senescence / cell population proliferation / chromatin remodeling / nuclear body / ribonucleoprotein complex / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of cell population proliferation / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Polycomb protein, VEFS-Box / VEFS-Box of polycomb protein / : / Histone-binding protein RBBP4, N-terminal / Histone-binding protein RBBP4 or subunit C of CAF1 complex / Zinc finger, C5HC2-type / C5HC2 zinc finger / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID DNA-binding domain ...: / Polycomb protein, VEFS-Box / VEFS-Box of polycomb protein / : / Histone-binding protein RBBP4, N-terminal / Histone-binding protein RBBP4 or subunit C of CAF1 complex / Zinc finger, C5HC2-type / C5HC2 zinc finger / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID DNA-binding domain / ARID DNA-binding domain superfamily / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID domain profile. / BRIGHT, ARID (A/T-rich interaction domain) domain / JmjN domain / jmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors / JmjC domain, hydroxylase / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / zinc finger / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Zinc finger C2H2 type domain profile. / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone-binding protein RBBP4 / Polycomb protein SUZ12 / Zinc finger protein AEBP2 / Protein Jumonji / Jumonji, AT-rich interactive domain 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Neovison vison (哺乳類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Chen, S. / Jiao, L. / Liu, X.
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2018
タイトル: Unique Structural Platforms of Suz12 Dictate Distinct Classes of PRC2 for Chromatin Binding.
著者: Chen, S. / Jiao, L. / Shubbar, M. / Yang, X. / Liu, X.
履歴
登録2017年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone-binding protein RBBP4
B: Polycomb protein SUZ12
C: Zinc finger protein AEBP2
D: Jumonji, AT-rich interactive domain 2
E: Histone-binding protein RBBP4
F: Polycomb protein SUZ12
G: Zinc finger protein AEBP2
H: Jumonji, AT-rich interactive domain 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,93910
ポリマ－237,8088
非ポリマー1312
水00
1
A: Histone-binding protein RBBP4
B: Polycomb protein SUZ12
C: Zinc finger protein AEBP2
D: Jumonji, AT-rich interactive domain 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,9695
ポリマ－118,9044
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15690 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area36170 Å2
手法PISA
2
E: Histone-binding protein RBBP4
F: Polycomb protein SUZ12
G: Zinc finger protein AEBP2
H: Jumonji, AT-rich interactive domain 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,9695
ポリマ－118,9044
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14140 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area34660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.300, 111.428, 253.254
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Histone-binding protein RBBP4 / Chromatin assembly factor 1 subunit C / CAF-1 subunit C / Chromatin assembly factor I p48 subunit / ...Chromatin assembly factor 1 subunit C / CAF-1 subunit C / Chromatin assembly factor I p48 subunit / CAF-I p48 / Nucleosome-remodeling factor subunit RBAP48 / Retinoblastoma-binding protein 4 / RBBP-4 / Retinoblastoma-binding protein p48


分子量: 49367.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBBP4, RBAP48
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q09028
#2: タンパク質 Polycomb protein SUZ12 / Chromatin precipitated E2F target 9 protein / ChET 9 protein / Joined to JAZF1 protein / Suppressor ...Chromatin precipitated E2F target 9 protein / ChET 9 protein / Joined to JAZF1 protein / Suppressor of zeste 12 protein homolog


分子量: 55686.227 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 76-545 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUZ12, CHET9, JJAZ1, KIAA0160
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q15022
#3: タンパク質 Zinc finger protein AEBP2 / Adipocyte enhancer-binding protein 2 / AE-binding protein 2


分子量: 11592.598 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 191-287 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AEBP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6ZN18
#4: タンパク質・ペプチド Jumonji, AT-rich interactive domain 2


分子量: 2257.717 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 39-57 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Neovison vison (哺乳類) / 参照: UniProt: U6DXQ8, UniProt: Q92833*PLUS
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 10% PEG6000, 5%v/v(+/-)-2-Methyl-2,4-pentaneediol (MPD) and 100mM HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→48.1 Å / Num. obs: 67533 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 68.82 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rpim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 22.4
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 2.851 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2989 / CC1/2: 0.472 / Rpim(I) all: 0.828 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GFC

3gfc


解像度: 2.9→48.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9356 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8975 / SU R Cruickshank DPI: 0.777 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.685 / SU Rfree Blow DPI: 0.295 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.303
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2161 2867 5.02 %RANDOM
Rwork0.1711 ---
obs0.1734 57060 94.14 %-
原子変位パラメータBiso mean: 66.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.4092 Å20 Å20 Å2
2---3.8092 Å20 Å2
3---5.2184 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.9→48.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12899 0 2 0 12901
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0113211HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.217875HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4627SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes337HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1864HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it13211HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd3SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.07
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.74
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1700SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14054SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2437 122 4.58 %
Rwork0.231 2541 -
all0.2316 2663 -
obs--60.23 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.514-0.379-0.50711.63620.00432.4532-0.27710.0123-0.37590.1330.13020.27910.245-0.29070.147-0.2591-0.00210.0906-0.11730.0708-0.06281.29649.18031.8843
21.2768-0.3007-0.35060.578-0.14911.19070.03330.5658-0.0064-0.2596-0.05850.0170.0343-0.14970.0251-0.2590.0257-0.04510.01820.0259-0.235713.219714.5303-23.5116
32.2552-1.06540.71061.73690.02552.37810.03531.0885-0.0669-0.4620.14120.34430.0017-0.2581-0.1765-0.2152-0.091-0.07670.31480.0533-0.278811.474313.7092-33.5017
44.4201-4.60824.46080.4053.22176.14680.00120.0275-0.2807-0.2458-0.04180.0840.0130.24790.0407-0.04040.01070.14920.12280.0704-0.107739.514316.5347-26.2502
52.2703-1.4185-0.62373.76970.44482.86370.26510.19090.28970.066-0.1157-0.0832-0.3492-0.6122-0.1494-0.06980.11530.0791-0.30020.0685-0.1995-9.836-16.48448.3078
60.9595-0.9282-0.39062.13030.11240.91370.27160.2240.0959-0.1652-0.2188-0.58740.1050.0386-0.0528-0.13810.04180.0721-0.32320.0383-0.14517.7949-37.198835.7463
73.22290.1977-0.64262.8623-0.34183.30940.01670.2081-0.1494-0.5297-0.2736-1.08360.49930.19070.2568-0.06360.27680.1792-0.25710.20630.010614.3004-37.5129.4719
84.15415.5001-3.03972.79981.01022.658-0.06390.353-0.10090.07790.12120.05690.16340.2087-0.05730.1569-0.0065-0.0002-0.1745-0.19620.00342.7452-62.671440.3104
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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