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- PDB-5vwn: Triosephosphate isomerases deletion loop 3 from Trichomonas vaginalis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vwn
タイトルTriosephosphate isomerases deletion loop 3 from Trichomonas vaginalis
要素Triosephosphate isomeraseトリオースリン酸イソメラーゼ
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / loop deletion
機能・相同性
機能・相同性情報


glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / トリオースリン酸イソメラーゼ / triose-phosphate isomerase activity / 糖新生 / glycolytic process / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / トリオースリン酸イソメラーゼ / Triosephosphate isomerase superfamily / トリオースリン酸イソメラーゼ / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル ...Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / トリオースリン酸イソメラーゼ / Triosephosphate isomerase superfamily / トリオースリン酸イソメラーゼ / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
トリオースリン酸イソメラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Lara-Gonzalez, S. / Rojas-Mendez, K. / Jimenez-Sandoval, P. / Estrella-Hernandez, P. / Brieba, L.G.
資金援助 メキシコ, 1件
組織認可番号国
CONACyT FRONTERAS DE LA CIENCIA To L.G. Brieba11 メキシコ
引用ジャーナル: Biochim. Biophys. Acta / 年: 2017
タイトル: A competent catalytic active site is necessary for substrate induced dimer assembly in triosephosphate isomerase.
著者: Jimenez-Sandoval, P. / Vique-Sanchez, J.L. / Hidalgo, M.L. / Velazquez-Juarez, G. / Diaz-Quezada, C. / Arroyo-Navarro, L.F. / Moran, G.M. / Fattori, J. / Jessica Diaz-Salazar, A. / Rudino- ...著者: Jimenez-Sandoval, P. / Vique-Sanchez, J.L. / Hidalgo, M.L. / Velazquez-Juarez, G. / Diaz-Quezada, C. / Arroyo-Navarro, L.F. / Moran, G.M. / Fattori, J. / Jessica Diaz-Salazar, A. / Rudino-Pinera, E. / Sotelo-Mundo, R. / Figueira, A.C.M. / Lara-Gonzalez, S. / Benitez-Cardoza, C.G. / Brieba, L.G.
履歴
登録2017年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8662
ポリマ－26,8431
非ポリマー231
水1,928107
1
A: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子

A: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7324
ポリマ－53,6862
非ポリマー462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_557x,-y,-z+21
Buried area1660 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area18540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.121, 57.030, 104.875
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Triosephosphate isomerase / トリオースリン酸イソメラーゼ


分子量: 26842.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
遺伝子: TVAG_096350 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A2FT29, トリオースリン酸イソメラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.14 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Calcium Acetate, 0.1 M Sodium Cacodylate pH 6.5, 18 % PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→52.44 Å / Num. obs: 29766 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 20.23 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.74-1.774.30.3510.9140.1880.399100
9.04-52.443.30.0260.9990.0160.0396.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.31 Å52.44 Å
Translation6.31 Å52.44 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
Aimless0.5.31データスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WJE

4wje


解像度: 1.74→38.601 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 20.41
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2234 2000 6.73 %
Rwork0.1931 --
obs0.1951 29716 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 55.21 Å2 / Biso mean: 21.0969 Å2 / Biso min: 9.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.74→38.601 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1693 0 1 107 1801
Biso mean--16.08 27.88 -
残基数----231
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081801
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.842457
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062283
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005321
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.0381075
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.74-1.78360.23791390.228619412080100
1.7836-1.83180.26141420.209219652107100
1.8318-1.88570.21231400.192519332073100
1.8857-1.94650.24711420.190319602102100
1.9465-2.01610.23031400.189819392079100
2.0161-2.09680.24321410.192119542095100
2.0968-2.19220.23751420.193619612103100
2.1922-2.30780.21991420.193219682110100
2.3078-2.45240.19281420.200319782120100
2.4524-2.64170.22731420.200619822124100
2.6417-2.90740.22521430.210619762119100
2.9074-3.3280.25111450.202920082153100
3.328-4.19210.20821460.176820312177100
4.1921-38.61010.21091540.18262120227499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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