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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5vtv | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the A/Hong Kong/1/1968 (H3N2) influenza virus hemagglutinin G225M/L226T/S228A mutant in complex with 3'-SLN | |||||||||
要素 | (Hemagglutinin ...ヘマグルチニン) x 2 | |||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) / hemagglutinin (ヘマグルチニン) / mutant (ミュータント (人類)) / receptor binding (受容体) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å | |||||||||
データ登録者 | Wu, N.C. / Wilson, I.A. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2017 タイトル: Diversity of Functionally Permissive Sequences in the Receptor-Binding Site of Influenza Hemagglutinin. 著者: Wu, N.C. / Xie, J. / Zheng, T. / Nycholat, C.M. / Grande, G. / Paulson, J.C. / Lerner, R.A. / Wilson, I.A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5vtv.cif.gz | 605.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5vtv.ent.gz | 503.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5vtv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/5vtv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/5vtv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 0 / Refine code: 0
NCSアンサンブル:
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-要素
-Hemagglutinin ... , 2種, 6分子 ACEBDF
#1: タンパク質 | 分子量: 35553.035 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (strain A/Hong Kong/1/1968 H3N2) (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Hong Kong/1/1968 H3N2 / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q91MA7 #2: タンパク質 | 分子量: 20041.131 Da / 分子数: 3 / Mutation: G225M/L226T/S228A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (strain A/Hong Kong/1/1968 H3N2) (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Hong Kong/1/1968 H3N2 / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q91MA7 |
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-糖 , 5種, 14分子
#3: 多糖 | #4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #5: 多糖 | #6: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #7: 糖 | |
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-非ポリマー , 2種, 443分子
#8: 化合物 | ChemComp-TAM / |
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#9: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.48 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 5% PEG 8000, and 38% 2-methyl-2,4-pentanediol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0331 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0331 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 92558 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.05 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 22 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.32 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 8215 / CC1/2: 0.67 / Rpim(I) all: 0.38 / Rsym value: 0.75 / % possible all: 97.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4FNK 解像度: 2.25→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 12.246 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.239 / ESU R Free: 0.182 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 59.986 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.25→50 Å
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拘束条件 |
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