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万見
- PDB-5vf3: Bacteriophage T4 isometric capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vf3
タイトルBacteriophage T4 isometric capsid
要素
  • (Highly immunogenic outer capsid protein) x 2
  • Capsid vertex protein gp24
  • Major capsid protein
  • Small outer capsid protein
キーワードVIRUS (ウイルス) / Bacteriophage T4 (T4ファージ) / isometric head / virus capsid assembly / triangulation numbers / size-determining mutations / capsid stabilization / capsid decoration proteins
機能・相同性
機能・相同性情報


viral capsid, decoration / T=13 icosahedral viral capsid / カプシド
類似検索 - 分子機能
Small outer capsid protein Soc / Highly immunogenic outer capsid protein / Small outer capsid protein / Small outer capsid protein superfamily / Small outer capsid protein / Capsid vertex protein / Major capsid protein, Myoviridae / Major capsid protein Gp23 / Capsid protein, T4-like bacteriophage-like / PKD domain ...Small outer capsid protein Soc / Highly immunogenic outer capsid protein / Small outer capsid protein / Small outer capsid protein superfamily / Small outer capsid protein / Capsid vertex protein / Major capsid protein, Myoviridae / Major capsid protein Gp23 / Capsid protein, T4-like bacteriophage-like / PKD domain / PKD domain / PKD domain superfamily / PKD/Chitinase domain / Repeats in polycystic kidney disease 1 (PKD1) and other proteins / Outer Surface Protein A; domain 3 / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Small outer capsid protein / Major capsid protein / Highly immunogenic outer capsid protein / Capsid vertex protein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Chen, Z. / Sun, L. / Zhang, Z. / Fokine, A. / Padilla-Sanchez, V. / Hanein, D. / Jiang, W. / Rossmann, M.G. / Rao, V.B.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI081726 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10 OD012372 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P01 GM098412-S1 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2017
タイトル: Cryo-EM structure of the bacteriophage T4 isometric head at 3.3-Å resolution and its relevance to the assembly of icosahedral viruses.
著者: Zhenguo Chen / Lei Sun / Zhihong Zhang / Andrei Fokine / Victor Padilla-Sanchez / Dorit Hanein / Wen Jiang / Michael G Rossmann / Venigalla B Rao /
要旨: The 3.3-Å cryo-EM structure of the 860-Å-diameter isometric mutant bacteriophage T4 capsid has been determined. WT T4 has a prolate capsid characterized by triangulation numbers (T numbers) T = 13 ...The 3.3-Å cryo-EM structure of the 860-Å-diameter isometric mutant bacteriophage T4 capsid has been determined. WT T4 has a prolate capsid characterized by triangulation numbers (T numbers) T = 13 for end caps and T = 20 for midsection. A mutation in the major capsid protein, gp23, produced T=13 icosahedral capsids. The capsid is stabilized by 660 copies of the outer capsid protein, Soc, which clamp adjacent gp23 hexamers. The occupancies of Soc molecules are proportional to the size of the angle between the planes of adjacent hexameric capsomers. The angle between adjacent hexameric capsomers is greatest around the fivefold vertices, where there is the largest deviation from a planar hexagonal array. Thus, the Soc molecules reinforce the structure where there is the greatest strain in the gp23 hexagonal lattice. Mutations that change the angles between adjacent capsomers affect the positions of the pentameric vertices, resulting in different triangulation numbers in bacteriophage T4. The analysis of the T4 mutant head assembly gives guidance to how other icosahedral viruses reproducibly assemble into capsids with a predetermined T number, although the influence of scaffolding proteins is also important.
履歴
登録2017年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22017年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.name
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-8661
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8661
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
a: Capsid vertex protein gp24
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
H: Major capsid protein
I: Major capsid protein
J: Major capsid protein
K: Major capsid protein
L: Major capsid protein
O: Small outer capsid protein
P: Small outer capsid protein
Q: Small outer capsid protein
R: Small outer capsid protein
S: Small outer capsid protein
T: Small outer capsid protein
U: Small outer capsid protein
V: Small outer capsid protein
W: Small outer capsid protein
X: Small outer capsid protein
Y: Small outer capsid protein
Z: Highly immunogenic outer capsid protein
z: Highly immunogenic outer capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)772,23226
ポリマ－772,23226
非ポリマー00
水0
1
a: Capsid vertex protein gp24
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
H: Major capsid protein
I: Major capsid protein
J: Major capsid protein
K: Major capsid protein
L: Major capsid protein
O: Small outer capsid protein
P: Small outer capsid protein
Q: Small outer capsid protein
R: Small outer capsid protein
S: Small outer capsid protein
T: Small outer capsid protein
U: Small outer capsid protein
V: Small outer capsid protein
W: Small outer capsid protein
X: Small outer capsid protein
Y: Small outer capsid protein
Z: Highly immunogenic outer capsid protein
z: Highly immunogenic outer capsid protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,333,9271560
ポリマ－46,333,9271560
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
a: Capsid vertex protein gp24
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
H: Major capsid protein
I: Major capsid protein
J: Major capsid protein
K: Major capsid protein
L: Major capsid protein
O: Small outer capsid protein
P: Small outer capsid protein
Q: Small outer capsid protein
R: Small outer capsid protein
S: Small outer capsid protein
T: Small outer capsid protein
U: Small outer capsid protein
V: Small outer capsid protein
W: Small outer capsid protein
X: Small outer capsid protein
Y: Small outer capsid protein
Z: Highly immunogenic outer capsid protein
z: Highly immunogenic outer capsid protein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 3.86 MDa, 130 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,861,161130
ポリマ－3,861,161130
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
a: Capsid vertex protein gp24
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
H: Major capsid protein
I: Major capsid protein
J: Major capsid protein
K: Major capsid protein
L: Major capsid protein
O: Small outer capsid protein
P: Small outer capsid protein
Q: Small outer capsid protein
R: Small outer capsid protein
S: Small outer capsid protein
T: Small outer capsid protein
U: Small outer capsid protein
V: Small outer capsid protein
W: Small outer capsid protein
X: Small outer capsid protein
Y: Small outer capsid protein
Z: Highly immunogenic outer capsid protein
z: Highly immunogenic outer capsid protein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 4.63 MDa, 156 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,633,393156
ポリマ－4,633,393156
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 Capsid vertex protein gp24 / Gene product 24 / gp24 / gp24*


分子量: 45838.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage T4 (ファージ) / 参照: UniProt: P19896
#2: タンパク質
Major capsid protein / Gene product 23 / gp23 / Major head protein / gp23*


分子量: 48728.863 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage T4 (ファージ) / 参照: UniProt: P04535
#3: タンパク質
Small outer capsid protein / Soc


分子量: 9085.095 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage T4 (ファージ) / 参照: UniProt: P03715
#4: タンパク質 Highly immunogenic outer capsid protein / Hoc


分子量: 40416.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage T4 (ファージ) / 参照: UniProt: P18056
#5: タンパク質・ペプチド Highly immunogenic outer capsid protein / Hoc


分子量: 1294.587 Da / 分子数: 1 / Fragment: unidentified segment / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage T4 (ファージ)

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: 2D ARRAY / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Enterobacteria phage T4 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T4 (ファージ)
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Escherichia coli
ウイルス殻名称: gp23*-gp24*-Soc-Hoc / 直径: 860 nm / 三角数 (T数): 13
緩衝液pH: 7
詳細: 50 mM sodium phosphate, pH 7.0, 75 mM sodium chloride, 1 mM magnesium chloride
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: High-purity sample, volume = 50 uL, 10^12 particles
試料支持詳細: glow discharge for 60 seconds with 30 mA current / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Ted Pella
急速凍結装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 % / 凍結前の試料温度: 298 K / 詳細: Blot for 8 seconds before plunging.

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 詳細: Data collection by Leginon
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 18000 X / 倍率（補正後）: 18000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: -3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1000 nm / Calibrated defocus min: -800 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: -3500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: OTHER / 最高温度: 100 K / 最低温度: 90 K / Residual tilt: 0.5 mradians
撮影平均露光時間: 9 sec. / 電子線照射量: 26 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3000
詳細: Images were collected in super-resolution mode at 40 frames per second.
画像スキャンサンプリングサイズ: 2 µm / 横: 3710 / 縦: 3838 / 動画フレーム数/画像: 75 / 利用したフレーム数/画像: 3-22

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
11EMAN, JSPR最終オイラー角割当
12RELION分類
画像処理詳細: The selected images were gain-normalized.
CTF補正詳細: CTF amplitude correction was performed during 3D reconstruction.
タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 19000
詳細: Approximately 1000 manually-picked particles were used for 2D classification. Templates were then generated from these 2D classes and used for automated particle picking.
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 18000 / アルゴリズム: FOURIER SPACE
詳細: Independent refinement of even/odd map, gold standard
クラス平均像の数: 60 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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