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- PDB-5vbu: Crystal Structure of Human Cytochrome P450 21A2 Hydroxyprogestero... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vbu
タイトルCrystal Structure of Human Cytochrome P450 21A2 Hydroxyprogesterone Complex
要素Cytochrome P450 21-hydroxylase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / STEROID HYDROXYLATION / MONOOXYGENASES / ADRENAL STEROIDOGENESIS / CONGENITAL ADRENAL HYPERPLASIA (先天性副腎過形成症) / ADDISON'S DISEASE / KINETIC ISOTOPE EFFECTS / Hydroxyprogesterone
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I / シトクロムP450 / シトクロムP450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / シトクロムP450 / Cytochrome P450 superfamily / シトクロムP450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(9beta)-17-hydroxypregn-4-ene-3,20-dione / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450 21-hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.31 Å
データ登録者Pallan, P.S. / Egli, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103937 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Functional analysis of human cytochrome P450 21A2 variants involved in congenital adrenal hyperplasia.
著者: Wang, C. / Pallan, P.S. / Zhang, W. / Lei, L. / Yoshimoto, F.K. / Waterman, M.R. / Egli, M. / Guengerich, F.P.
履歴
登録2017年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月7日Group: Database references
改定 1.22017年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42022年3月23日Group: Advisory / Author supporting evidence / Database references
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 21-hydroxylase
B: Cytochrome P450 21-hydroxylase
C: Cytochrome P450 21-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,9729
ポリマ－161,1313
非ポリマー2,8416
水905
1
A: Cytochrome P450 21-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6573
ポリマ－53,7101
非ポリマー9472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cytochrome P450 21-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6573
ポリマ－53,7101
非ポリマー9472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Cytochrome P450 21-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6573
ポリマ－53,7101
非ポリマー9472
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7100 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area54860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.431, 88.385, 111.417
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.37, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450 21-hydroxylase / Cytochrome P450 / family 21 / subfamily A / polypeptide 2 / isoform CRA_b / DJ34F7.3 (Cytochrome ...Cytochrome P450 / family 21 / subfamily A / polypeptide 2 / isoform CRA_b / DJ34F7.3 (Cytochrome P450 / subfamily XXIA (Steroid 21-hydroxylase / congenital adrenal hyperplasia) / polypeptide 2 (CYP21 / P450c21B)) / Steroid 21-hydroxylase / cDNA / FLJ95495 / Homo sapiens cytochrome P450 / polypeptide 2(CYP21A2) / mRNA


分子量: 53710.293 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: P450-CYP21B, CYP21A2, CYP21B, hCG_1999926 / プラスミド: PET17B / Cell (発現宿主): BL21-GOLD DE(3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16874
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-3QZ / (9beta)-17-hydroxypregn-4-ene-3,20-dione / 17α-ヒドロキシプロゲステロン / 17-ヒドロキシプロゲステロン


分子量: 330.461 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30O3 / コメント: ホルモン*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.93 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7
詳細: 0.2M Ammonium citrate tribasic pH 7.0, 20% W/V PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年7月10日 / 詳細: Diamond (111)
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.31→108.83 Å / Num. obs: 19819 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 11.79
反射 シェル解像度: 3.31→3.42 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.866 / Mean I/σ(I) obs: 1.51 / Num. unique obs: 1982 / Rpim(I) all: 0.456 / % possible all: 93.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
MD2MD2 diffractometer with LS-CAT software extensionsデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 3.31→108.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 71.111 / SU ML: 0.495 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.65 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24106 1549 7.8 %RANDOM
Rwork0.19056 ---
obs0.1945 18270 91.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 95.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.5 Å2-0 Å21.54 Å2
2---1.98 Å2-0 Å2
3---3.47 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.31→108.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10589 0 201 5 10795
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.01911090
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1942.00815157
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.52651316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.76723.038474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.893151860
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8051590
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.21689
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0228366
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.8056.5655291
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.3439.8486598
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0986.8215799
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.42146648
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.313→3.398 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 115 -
Rwork0.309 1148 -
obs--78.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2996-0.43780.01830.6497-0.10160.05340.0731-0.06060.0810.1288-0.03670.1441-0.0469-0.0847-0.03640.2907-0.04150.00610.3083-0.00730.0798-36.8922-26.505426.6798
20.01220.00080.11760.0010.00651.16550.00080.0014-0.01210.00170.0070.011-0.0033-0.0014-0.00780.0070.00990.06190.04360.0291.3253-36.9237-26.510329.5725
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A29 - 485
2X-RAY DIFFRACTION1B29 - 484
3X-RAY DIFFRACTION1C29 - 485
4X-RAY DIFFRACTION2A501 - 502
5X-RAY DIFFRACTION2B501 - 502
6X-RAY DIFFRACTION2C501 - 502

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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