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- PDB-5vb8: Crystal structure of the NavAb voltage-gated sodium channel in an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vb8
タイトルCrystal structure of the NavAb voltage-gated sodium channel in an open state
要素Ion transport proteinIon transporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Voltage-gated sodium channel (ナトリウムチャネル)
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic cation channel activity / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated potassium channels. Chain C / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Helix Hairpins - #70 / Voltage-dependent channel domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Ion transport domain / Ion transport protein / Helix Hairpins / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Ion transport protein
類似検索 - 構成要素
生物種Arcobacter butzleri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Lenaeus, M.J. / Catterall, W.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01 NS15751 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structures of closed and open states of a voltage-gated sodium channel.
著者: Lenaeus, M.J. / Gamal El-Din, T.M. / Ing, C. / Ramanadane, K. / Pomes, R. / Zheng, N. / Catterall, W.A.
履歴
登録2017年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月19日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ion transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0377
ポリマ－28,2031
非ポリマー2,8356
水21612
1
A: Ion transport protein
ヘテロ分子

A: Ion transport protein
ヘテロ分子

A: Ion transport protein
ヘテロ分子

A: Ion transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,15028
ポリマ－112,8104
非ポリマー11,33924
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-x-1,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_455-y-1,x,z1
crystal symmetry operation4_545y,-x-1,z1
Buried area11450 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area40900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.302, 125.302, 192.424
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1301-

NA

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要素

#1: タンパク質 Ion transport protein / Ion transporter


分子量: 28202.602 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-226 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arcobacter butzleri (バクテリア)
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A8EVM5
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-PX4 / 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / ジミリストイルホスファチジルコリン / Dimyristoylphosphatidylcholine


分子量: 678.940 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H73NO8P / コメント: DMPC, リン脂質*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 81.63 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 1.8 M ammonium sulfate and 100 mM sodium acetate (pH 4.8). 1,2-dimyristoyl-sn-glycero-3-phosphatidylcholine (DMPC):CHAPSO bicelles (Anatrace)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→29.53 Å / Num. obs: 16684 / % possible obs: 91.13 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.85→2.9 Å / CC1/2: 0.51

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RVY

3rvy


解像度: 2.85→29.53 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.54
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2536 853 5.12 %
Rwork0.2282 --
obs0.2295 16657 91.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→29.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1663 0 115 12 1790
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0131817
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3772469
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1781025
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058295
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008285
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8502-3.02860.31211290.30372423X-RAY DIFFRACTION86
3.0286-3.26220.31871410.27462679X-RAY DIFFRACTION94
3.2622-3.590.23811420.22192656X-RAY DIFFRACTION93
3.59-4.10830.23421470.19592660X-RAY DIFFRACTION93
4.1083-5.17170.21871440.20622661X-RAY DIFFRACTION92
5.1717-29.78810.27321500.24232725X-RAY DIFFRACTION90
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3031-0.1462-0.06370.1427-0.04840.1553-0.68682.26220.9094-1.44850.60981.70010.71171.10480.00471.498-0.0826-0.33561.5818-0.16961.6391-23.1118-35.0751-52.5179
22.5511-0.07490.61512.91482.24481.4509-0.41150.21480.6002-0.0570.5414-0.5965-0.87151.2384-0.0011.0393-0.3268-0.16141.0038-0.27461.1714-33.6727-36.192-71.4969
32.59241.31520.6484.01440.63261.05040.2843-0.63610.07871.0383-0.1201-0.67430.1378-0.0472-0.00030.8496-0.0129-0.20980.9727-0.1290.858-39.9508-58.2269-68.5323
43.63090.4981-0.11512.063-0.78763.2887-0.02710.2567-0.3058-0.165-0.0991-0.23330.0410.23680.00010.65320.018-0.03510.5640.02940.6969-54.3347-74.3491-86.0176
5-0.26050.9193-0.59311.366-1.59652.0287-0.4045-0.5305-0.07031.55870.39860.5220.50580.9949-0.00610.9880.1298-0.08490.73120.04110.7562-57.183-72.9703-69.4222
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 999 through 1011 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1012 through 1070 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1071 through 1152 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1153 through 1193 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 1194 through 1219 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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