PDB-5v40: Crystal Structure of Mtb Pks13 Thioesterase domain in complex wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5v40

タイトル

Crystal Structure of Mtb Pks13 Thioesterase domain in complex with inhibitor TAM6

要素

Polyketide synthase Pks13 (Termination polyketide synthase)

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR /

Thioesterase domain (チオエステル加水分解酵素) / TAM6 complex / Pks13 /

Mycobacterium (マイコバクテリウム属) /

polyketide synthase (ポリケチド合成酵素) / mycolic acid condensation / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC /

alpha/beta hydrolase /

thioesterase (チオエステル加水分解酵素) / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

DIM/DIP cell wall layer assembly /

fatty acid synthase activity / hydrolase activity, acting on ester bonds / biosynthetic process /

phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity /

転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの /

nucleotidyltransferase activity / fatty acid biosynthetic process /

転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.991 Å

データ登録者

Aggarwal, A. / Sacchettini, J.C.

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Development of a Novel Lead that Targets M. tuberculosis Polyketide Synthase 13.
著者: Aggarwal, A. / Parai, M.K. / Shetty, N. / Wallis, D. / Woolhiser, L. / Hastings, C. / Dutta, N.K. / Galaviz, S. / Dhakal, R.C. / Shrestha, R. / Wakabayashi, S. / Walpole, C. / Matthews, D. / ...

履歴

登録	2017年3月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年7月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2017年7月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5v40.cif.gz	232.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5v40.ent.gz	184.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5v40.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/5v40 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/5v40	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5v3wSC 5v3xC 5v3yC 5v3zC 5v41C 5v42C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5v3z-2 5v3y-1 3m57-d 2xvx-d 5ub4-1 5ub3-1 5v3x-1 5olw-2 5ub6-1 5wnn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (13) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Polyketide synthase Pks13 (Termination polyketide synthase)

B: Polyketide synthase Pks13 (Termination polyketide synthase)

ヘテロ分子

64.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Polyketide synthase Pks13 (Termination polyketide synthase)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
32.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Polyketide synthase Pks13 (Termination polyketide synthase)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.017, 109.364, 57.029
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1

Dom-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	ILE	ILE	THR	THR	chain A	A	A	1452 - 1727	5 - 280
2	GLN	GLN	ARG	ARG	chain B	B	B	1451 - 1726	4 - 279

#1: タンパク質	Polyketide synthase Pks13 (Termination polyketide synthase) 分子量: 31777.742 Da / 分子数: 2 / 断片: thioesterase domain (UNP residues 113-395) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: pks, ERS027654_02263 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0T9CRX1, UniProt: I6X8D2*PLUS, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-JS1 / ethyl 4-[(dimethylamino)methyl]-5-hydroxy-2-phenyl-1-benzofuran-3-carboxylate / 2-フェニル-4-[(ジメチルアミノ)メチル]-5-ヒドロキシ-3-ベンゾフランカルボン酸エチル分子量: 339.385 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₁NO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.04 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris-HCl, 2.0-1.8 M ammonium sulfate, 2%-5% v/v PPG P400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月10日

放射

モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0332 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.99→50 Å / Num. obs: 38140 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 26.51 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / R_pim(I) all: 0.065 / R_rim(I) all: 0.13 / Χ²: 1.111 / Net I/σ(I): 5.8 / Num. measured all: 162797

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	Χ²	% possible all	R_merge(I) obs	R_rim(I) all
1.99-2.02	4	1722	0.578	0.534	0.905	90.7
2.02-2.06	4.2	1814	0.627	0.455	0.969	96.7	0.895
2.06-2.1	4.2	1883	0.689	0.397	0.953	98.6	0.777	0.877
2.1-2.14	4.3	1869	0.772	0.339	0.962	99.3	0.658	0.744
2.14-2.19	4.3	1913	0.852	0.287	0.993	99.8	0.556	0.629
2.19-2.24	4.3	1873	0.841	0.262	0.999	100	0.505	0.572
2.24-2.3	4.3	1922	0.891	0.232	1.039	99.9	0.448	0.507
2.3-2.36	4.3	1896	0.912	0.188	1.038	100	0.363	0.411
2.36-2.43	4.3	1904	0.894	0.188	1.031	100	0.36	0.409
2.43-2.51	4.3	1919	0.93	0.155	1.024	100	0.298	0.338
2.51-2.6	4.3	1909	0.936	0.147	1.052	99.9	0.283	0.32
2.6-2.7	4.3	1914	0.949	0.119	1.157	100	0.229	0.26
2.7-2.82	4.3	1919	0.966	0.102	1.127	100	0.195	0.222
2.82-2.97	4.3	1915	0.98	0.078	1.218	99.9	0.151	0.171
2.97-3.16	4.3	1933	0.988	0.056	1.166	99.8	0.107	0.122
3.16-3.4	4.3	1915	0.994	0.039	1.199	99.7	0.074	0.084
3.4-3.74	4.3	1948	0.994	0.036	1.61	99.7	0.07	0.079
3.74-4.29	4.3	1944	0.996	0.028	1.631	99.3	0.055	0.062
4.29-5.4	4.3	1972	0.998	0.02	1.133	98.8	0.039	0.044
5.4-50	4.1	2056	0.999	0.018	0.944	97.4	0.032	0.037

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
HKL-2000		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
DENZO		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 5V3W

5v3w

解像度: 1.991→46.448 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.59 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.217	1909	5.01 %	Random selection
R_work	0.1848	36172	-	-
obs	0.1865	38081	98.99 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 90.78 Å² / B_iso mean: 33.746 Å² / B_iso min: 14 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.991→46.448 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4188	0	50	398	4636
B_iso mean	-	-	28.72	38.4	-
残基数	-	-	-	-	548

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4335
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.863	5898
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	632
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	784
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.886	2554

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2504	X-RAY DIFFRACTION	7.716	TORSIONAL
1	2	B	2504	X-RAY DIFFRACTION	7.716	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9909-2.0407	0.3043	127	0.2883	2370	2497	93
2.0407-2.0959	0.3255	147	0.259	2527	2674	98
2.0959-2.1576	0.2666	123	0.2416	2535	2658	99
2.1576-2.2272	0.3033	137	0.2253	2584	2721	100
2.2272-2.3068	0.2508	142	0.2092	2552	2694	100
2.3068-2.3992	0.2655	132	0.2004	2588	2720	100
2.3992-2.5084	0.2628	132	0.1963	2610	2742	100
2.5084-2.6406	0.2589	137	0.199	2568	2705	100
2.6406-2.806	0.2536	148	0.2064	2598	2746	100
2.806-3.0226	0.2814	129	0.1941	2616	2745	100
3.0226-3.3267	0.177	155	0.1777	2596	2751	100
3.3267-3.8079	0.1899	137	0.154	2625	2762	99
3.8079-4.7968	0.1622	126	0.1392	2662	2788	99
4.7968-46.4606	0.1602	137	0.1763	2741	2878	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3995	-0.0233	0.1881	1.3761	0.075	2.1432	0.0995	-0.1382	-0.1329	0.2995	-0.0172	0.0049	0.2067	-0.0427	-0.0696	0.1998	-0.0169	-0.0295	0.143	0.0159	0.1049	19.0602	28.8118	24.3889
2	2.4008	0.2188	0.7174	0.6923	0.06	0.9063	0.039	0.0398	-0.1176	0.0254	-0.0296	0.184	0.0499	-0.0963	-0.0018	0.137	0.0148	0.0209	0.1515	-0.0115	0.1649	1.9538	30.0309	11.421
3	2.176	-0.254	0.0964	1.4741	-0.8819	0.544	-0.0001	0.1311	0.1595	0.0835	-0.0159	-0.2849	-0.1259	0.176	0.0594	0.1893	-0.0053	-0.0038	0.2027	0.0123	0.2015	25.4518	38.4352	13.7747
4	1.8256	-0.2298	-0.8205	2.5249	-0.1683	1.9927	-0.0437	-0.0301	0.1569	0.0115	0.1282	-0.3139	0.0405	0.1425	-0.0623	0.1378	0.0172	-0.0288	0.1441	-0.0019	0.2031	27.0896	66.9803	5.3223
5	1.0996	0.9771	0.4281	1.428	-0.5627	1.5514	0.0587	-0.1083	-0.1465	0.2589	0.4475	0.2191	-0.063	-0.5	-0.1582	0.5231	-0.1087	-0.1147	0.5016	0.0955	0.4082	3.0365	63.1396	-14.5764
6	1.0666	0.0517	0.2468	1.4574	0.1112	1.5011	-0.0155	0.1533	-0.0105	-0.3478	0.1768	0.3813	0.1986	-0.3301	-0.1343	0.2643	-0.0971	-0.0941	0.2815	0.05	0.2939	8.0618	72.4283	-14.2321
7	1.1018	0.0088	-0.2326	2.3613	-0.3523	1.9296	-0.0485	0.0398	-0.1114	0.0576	0.0981	0.0882	0.3797	0.0096	-0.0285	0.2341	0.0158	0.0009	0.1628	0.0126	0.188	17.9693	56.3268	7.19

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1452 through 1548 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1549 through 1689 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1690 through 1727 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1451 through 1571 )	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1572 through 1588 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1589 through 1644 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1645 through 1726 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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