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- PDB-5uv6: Crystal structure of human Opioid Binding Protein/Cell Adhesion M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uv6
タイトルCrystal structure of human Opioid Binding Protein/Cell Adhesion Molecule Like (OPCML)
要素Opioid-binding protein/cell adhesion molecule
キーワードCELL ADHESION (細胞接着) / GPI-anchored Ig domain Cell adhesion molecule
機能・相同性
機能・相同性情報


neuron recognition / : / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / 細胞接着 / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Opioid-binding protein/cell adhesion molecule
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.65001977608 Å
データ登録者Birtley, J.R. / Stern, L.J. / Gabra, H. / Zanini, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)NIH-AI038996 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Inactivating mutations and X-ray crystal structure of the tumor suppressor OPCML reveal cancer-associated functions.
著者: Birtley, J.R. / Alomary, M. / Zanini, E. / Antony, J. / Maben, Z. / Weaver, G.C. / Von Arx, C. / Mura, M. / Marinho, A.T. / Lu, H. / Morecroft, E.V.N. / Karali, E. / Chayen, N.E. / Tate, E.W. ...著者: Birtley, J.R. / Alomary, M. / Zanini, E. / Antony, J. / Maben, Z. / Weaver, G.C. / Von Arx, C. / Mura, M. / Marinho, A.T. / Lu, H. / Morecroft, E.V.N. / Karali, E. / Chayen, N.E. / Tate, E.W. / Jurewicz, M. / Stern, L.J. / Recchi, C. / Gabra, H.
履歴
登録2017年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Opioid-binding protein/cell adhesion molecule
B: Opioid-binding protein/cell adhesion molecule
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,3098
ポリマ－63,2512
非ポリマー2,0586
水72140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4570 Å2
ΔGint23 kcal/mol
Surface area30860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.564, 93.564, 262.158
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain 'A' and (resid 43 through 61 or resid 63...A43 - 61
121(chain 'A' and (resid 43 through 61 or resid 63...A63 - 119
131(chain 'A' and (resid 43 through 61 or resid 63...A121 - 126
141(chain 'A' and (resid 43 through 61 or resid 63...A128 - 173
151(chain 'A' and (resid 43 through 61 or resid 63...A179 - 213
161(chain 'A' and (resid 43 through 61 or resid 63...A215 - 236
171(chain 'A' and (resid 43 through 61 or resid 63...A239 - 261
181(chain 'A' and (resid 43 through 61 or resid 63...A263 - 270
191(chain 'A' and (resid 43 through 61 or resid 63...A272
1101(chain 'A' and (resid 43 through 61 or resid 63...A274
1111(chain 'A' and (resid 43 through 61 or resid 63...A276 - 288
1121(chain 'A' and (resid 43 through 61 or resid 63...A290 - 319
211(chain 'B' and (resid 43 through 61 or resid 63...B43 - 61
221(chain 'B' and (resid 43 through 61 or resid 63...B63 - 119
231(chain 'B' and (resid 43 through 61 or resid 63...B121 - 126
241(chain 'B' and (resid 43 through 61 or resid 63...B128 - 173
251(chain 'B' and (resid 43 through 61 or resid 63...B179 - 213
261(chain 'B' and (resid 43 through 61 or resid 63...B215 - 236
271(chain 'B' and (resid 43 through 61 or resid 63...B239 - 261
281(chain 'B' and (resid 43 through 61 or resid 63...B263 - 270
291(chain 'B' and (resid 43 through 61 or resid 63...B272
2101(chain 'B' and (resid 43 through 61 or resid 63...B274
2111(chain 'B' and (resid 43 through 61 or resid 63...B276 - 288
2121(chain 'B' and (resid 43 through 61 or resid 63...B290 - 319

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要素

#1: タンパク質 Opioid-binding protein/cell adhesion molecule / Opioid-binding cell adhesion molecule / IgLON family member 1


分子量: 31625.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OPCML, IGLON1, OBCAM / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q14982
#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.62 % / 解説: Rectangular bipyramids.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: A 50/50 (v/v) mix of 1.6 M MgSO4, 0.1 M MES pH 6.5 with 20% PEG 8000, 100 mM HEPES pH 7.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→18.5 Å / Num. obs: 34665 / % possible obs: 95.81 % / 冗長度: 14.4 % / Biso Wilson estimate: 62.8618429607 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Rpim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 9.71
反射 シェル解像度: 2.65→2.744 Å / 冗長度: 14.5 % / Rmerge(I) obs: 2.74 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 3401 / CC1/2: 0.685 / Rpim(I) all: 0.74 / % possible all: 88.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PHENIX1.11.1_2575精密化
iMOSFLM7.2.1データ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.65001977608→18.4427015654 Å / SU ML: 0.530901192322 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3269332535 / 位相誤差: 39.1522431261
Rfactor反射数%反射
Rfree0.300280125102 1713 5.13304566703 %
Rwork0.284083141182 --
obs0.284949700167 33372 96.2006341885 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 84.6421742087 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65001977608→18.4427015654 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4176 0 134 40 4350
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005810784819754400
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8817336711186001
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0538547637936732
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00472003162303753
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.41878607432585
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.65-2.72780.578843903951080.5061945047792323X-RAY DIFFRACTION86.728505173
2.7278-2.81550.4588534136021370.4210448719052674X-RAY DIFFRACTION98.4243697479
2.8155-2.91580.416546892441660.4179340602762640X-RAY DIFFRACTION99.2571630704
2.9158-3.0320.4213421187631500.3779369887282676X-RAY DIFFRACTION99.2972593113
3.032-3.16940.3582509149291390.3643483225762675X-RAY DIFFRACTION98.8061797753
3.1694-3.33550.3797387226431450.3406903275682676X-RAY DIFFRACTION98.6363636364
3.3355-3.54310.3051496466951380.3148101239192594X-RAY DIFFRACTION95.4577218728
3.5431-3.81450.3673384908141410.2901565079262621X-RAY DIFFRACTION96.0361613352
3.8145-4.19420.2611129061081430.2585972930882602X-RAY DIFFRACTION94.5573544609
4.1942-4.79180.2105677920251550.2231632841522639X-RAY DIFFRACTION95.8490566038
4.7918-6.00240.2590971744041490.2189384015462692X-RAY DIFFRACTION95.5279085407
6.0024-18.44310.2691684111491420.2479180632232847X-RAY DIFFRACTION95.8319974351
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.27443693812.86135507484-0.6424182281584.77632898947-0.7528565912645.07488599537-0.5480626931130.592041016956-0.331153184248-0.8949892027060.163029655854-0.3346682069740.09566966501170.0693063032330.3113125682580.6848452036330.05299817713490.05519174266950.3467098360890.07776351459780.39284625665533.402342662627.0495556607296.183911639
26.88913403285-4.01274580863-7.254105214224.158035116472.978616148266.78403424609-0.447060141393-0.26442639217-0.1765936315310.857006143328-0.03870184274670.3177020807670.37080717119-0.3159900825750.528314811990.990455942937-0.1390882864960.2857095644770.948552160186-0.03071617618370.63910187884261.971399220912.3552217894259.511792058
31.577636392412.47884361961-1.18730182097.988685207981.439152495891.10706497302-0.463134499497-0.807162399197-1.80907059150.832030421873-0.323379299712-1.622254368770.7497492378370.6515699774590.562928787750.7232294659250.08656467028490.1213772102540.662966008890.3382675933171.0623757432788.6877442928-1.27601173233242.389681728
49.592132771594.3216702561-1.818469005687.255789766850.509569755166.59073465124-0.9696455431651.132210336190.249732957609-1.083902060320.4723915915730.3478651908320.149590833302-0.3753834254730.317678003110.658745960796-0.0181832937441-0.06963802484130.493098473226-0.09848774697670.42894865286212.544022841720.2693944131296.066317872
53.78179964282-2.503775808413.672801052883.2746059392-0.1884966149865.67654519123-0.430569767079-0.4338621194970.3091367600470.660162490595-0.0583910560872-0.813977650617-0.283355788720.6278250821110.4320867673981.0098715401-0.171927374235-0.4483442743481.341665932560.1029749496730.815011138714-10.228620608434.0188005854263.151626486
65.336115978310.9783583717453.118501916963.3254824549-0.4609483616112.69501646041-0.503096882715-0.8245920055221.324499554580.402603014691-0.2350399584270.486065352027-0.841841872884-0.4601104492770.5511489503630.7460520486230.0460176553276-0.1820881510480.602629513711-0.2153019072470.712552541971-42.820121492947.4399564884241.448527827
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 43 through 133 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 134 through 241 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 242 through 319 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 43 through 133 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 134 through 221 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 222 through 319 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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