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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5urj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human BRR2 in complex with T-3905516 | ||||||
要素 | U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase | ||||||
キーワード | Hydrolase/Hydrolase Inhibitor / BRR2 Inhibitor / RNA helicase (ヘリカーゼ) / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cis assembly of pre-catalytic spliceosome / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U2-type catalytic step 1 spliceosome / U2-type precatalytic spliceosome / mRNA Splicing - Minor Pathway / U5 snRNP / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / helicase activity ...cis assembly of pre-catalytic spliceosome / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U2-type catalytic step 1 spliceosome / U2-type precatalytic spliceosome / mRNA Splicing - Minor Pathway / U5 snRNP / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / helicase activity / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / osteoblast differentiation / RNA helicase activity / ヘリカーゼ / ATP hydrolysis activity / RNA binding / 核質 / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å | ||||||
データ登録者 | Klein, M.G. / Tjhen, R. / Qin, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017 タイトル: Discovery of Allosteric Inhibitors Targeting the Spliceosomal RNA Helicase Brr2. 著者: Iwatani-Yoshihara, M. / Ito, M. / Klein, M.G. / Yamamoto, T. / Yonemori, K. / Tanaka, T. / Miwa, M. / Morishita, D. / Endo, S. / Tjhen, R. / Qin, L. / Nakanishi, A. / Maezaki, H. / Kawamoto, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5urj.cif.gz | 357.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5urj.ent.gz | 282.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5urj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/5urj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/5urj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 198582.562 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 395-2129 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRNP200, ASCC3L1, HELIC2, KIAA0788 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O75643, ヘリカーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#3: 化合物 | ChemComp-8LS / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.33 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 1.25-1.5M sodium malonate, 100mM sodium citrate pH 5.0-5.3, 10mg/ml BRR2 PH範囲: 5.0-5.3 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.033 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.75→48.5 Å / Num. obs: 69425 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.4 % / Net I/σ(I): 15.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.75→48.458 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.27
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.75→48.458 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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