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万見
- PDB-5udp: High resolution x-ray crystal structure of synthetic insulin lispro -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5udp
タイトルHigh resolution x-ray crystal structure of synthetic insulin lispro
要素(Insulin Lispro ...) x 2
キーワードHORMONE (ホルモン) / insulin lispro / chemical protein synthesis (化学物質) / Fmoc chemistry
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / negative regulation of glycogen catabolic process / regulation of cellular amino acid metabolic process / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / negative regulation of fatty acid metabolic process / Insulin processing / negative regulation of feeding behavior / regulation of protein secretion ...negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / negative regulation of glycogen catabolic process / regulation of cellular amino acid metabolic process / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / negative regulation of fatty acid metabolic process / Insulin processing / negative regulation of feeding behavior / regulation of protein secretion / positive regulation of peptide hormone secretion / Regulation of gene expression in beta cells / positive regulation of respiratory burst / positive regulation of dendritic spine maintenance / alpha-beta T cell activation / negative regulation of acute inflammatory response / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / negative regulation of protein secretion / fatty acid homeostasis / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / positive regulation of glycogen biosynthetic process / positive regulation of lipid biosynthetic process / Signal attenuation / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / negative regulation of gluconeogenesis / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / regulation of protein localization to plasma membrane / COPI-mediated anterograde transport / negative regulation of lipid catabolic process / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / 小胞 / positive regulation of protein autophosphorylation / Insulin receptor recycling / insulin-like growth factor receptor binding / NPAS4 regulates expression of target genes / positive regulation of protein metabolic process / neuron projection maintenance / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of brown fat cell differentiation / activation of protein kinase B activity / positive regulation of glycolytic process / Insulin receptor signalling cascade / positive regulation of mitotic nuclear division / Regulation of insulin secretion / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / positive regulation of long-term synaptic potentiation / endosome lumen / positive regulation of cytokine production / acute-phase response / positive regulation of protein secretion / regulation of transmembrane transporter activity / positive regulation of cell differentiation / positive regulation of glucose import / negative regulation of proteolysis / regulation of synaptic plasticity / wound healing / insulin receptor binding / negative regulation of protein catabolic process / positive regulation of neuron projection development / hormone activity / 認識 / Golgi lumen / vasodilation / positive regulation of protein localization to nucleus / glucose metabolic process / regulation of protein localization / glucose homeostasis / cell-cell signaling / insulin receptor signaling pathway / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of cell growth / secretory granule lumen / protease binding / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / Amyloid fiber formation / 小胞体 / ゴルジ体 / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
インスリン / Insulin family / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
フェノール / インスリン
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.348 Å
データ登録者Mandal, K. / Dhayalan, B. / Kent, S.B.H.
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2017
タイトル: Scope and Limitations of Fmoc Chemistry SPPS-Based Approaches to the Total Synthesis of Insulin Lispro via Ester Insulin.
著者: Dhayalan, B. / Mandal, K. / Rege, N. / Weiss, M.A. / Eitel, S.H. / Meier, T. / Schoenleber, R.O. / Kent, S.B.
履歴
登録2016年12月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月25日Group: Database references
改定 1.22017年2月15日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Insulin Lispro A chain
B: Insulin Lispro B chain
C: Insulin Lispro A chain
D: Insulin Lispro B chain
E: Insulin Lispro A chain
F: Insulin Lispro B chain
G: Insulin Lispro A chain
H: Insulin Lispro B chain
I: Insulin Lispro A chain
J: Insulin Lispro B chain
K: Insulin Lispro A chain
L: Insulin Lispro B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,69523
ポリマ－34,90612
非ポリマー78911
水3,639202
1
A: Insulin Lispro A chain
D: Insulin Lispro B chain
F: Insulin Lispro B chain
G: Insulin Lispro A chain
I: Insulin Lispro A chain
L: Insulin Lispro B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,83611
ポリマ－17,4536
非ポリマー3835
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2330 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area13450 Å2
手法PISA
2
B: Insulin Lispro B chain
C: Insulin Lispro A chain
E: Insulin Lispro A chain
H: Insulin Lispro B chain
J: Insulin Lispro B chain
K: Insulin Lispro A chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,85912
ポリマ－17,4536
非ポリマー4066
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2340 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area13280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.644, 61.470, 59.148
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.600, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Insulin Lispro ... , 2種, 12分子 ACEGIKBDFHJL

#1: タンパク質・ペプチド
Insulin Lispro A chain


分子量: 2383.698 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemical Synthesis / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01308
#2: タンパク質・ペプチド
Insulin Lispro B chain


分子量: 3433.953 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemical Synthesis / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01308

-
非ポリマー , 5種, 213分子

#3: 化合物
ChemComp-IPH / PHENOL / フェノ-ル / フェノール


分子量: 94.111 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6O
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.85 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 0.3 M TRIS, 0.5 M sodium sulfate, 0.6 mM Zinc acetate, 0.06% phenol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.348→50 Å / Num. obs: 67860 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 21.93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2% possible all
1.348-1.373.50.77731160.77290
1.37-1.44.10.7060.7195.1
1.4-1.434.60.6260.75597.9
1.43-1.4550.5950.80998.8
1.45-1.496.20.5160.86699.5
1.49-1.526.50.3940.92799.6
1.52-1.566.60.3280.94299.3
1.56-1.66.70.2730.95299.3
1.6-1.656.50.2330.96498.5
1.65-1.760.1870.97198.3
1.7-1.766.80.1650.98299.4
1.76-1.8370.1370.98899.5
1.83-1.926.80.1240.98899.2
1.92-2.026.70.0990.99298.9
2.02-2.146.20.0790.99397.6
2.14-2.3170.0650.99799.7
2.31-2.5470.0540.99899.7
2.54-2.916.80.0470.99898.8
2.91-3.666.70.050.99798.2
3.666.60.0730.99398.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIXdev_2283精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
PHASER位相決定
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ZS2

3zs2


解像度: 1.348→25.718 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.36
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1943 1969 2.9 %
Rwork0.1604 --
obs0.1613 67807 98.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 92.66 Å2 / Biso mean: 37.8803 Å2 / Biso min: 17.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.348→25.718 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2291 0 47 202 2540
Biso mean--25.6 46.7 -
残基数----291
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052609
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7653555
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069375
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003466
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.949952
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.3476-1.38130.35431210.31444350447190
1.3813-1.41870.30371410.24844601474297
1.4187-1.46040.21591430.20844689483299
1.4604-1.50750.21551510.168247484899100
1.5075-1.56140.17471300.14264734486499
1.5614-1.62390.18161430.14474710485399
1.6239-1.69780.17321450.13484710485598
1.6978-1.78730.15611360.137947494885100
1.7873-1.89920.18421510.14284746489799
1.8992-2.04580.19451380.15414724486299
2.0458-2.25160.16841420.1534723486599
2.2516-2.57710.17121450.15847964941100
2.5771-3.24590.21641430.1724715485898
3.2459-25.72240.19851400.1584843498399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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