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万見
- PDB-5u34: Crystal structure of AacC2c1-sgRNA binary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u34
タイトルCrystal structure of AacC2c1-sgRNA binary complex
要素
  • CRISPR-associated endonuclease C2c1
  • sgRNASubgenomic mRNA
キーワードHYDROLASE/RNA / Type V CRISPR-Cas endonculease: C2c1: Structure: Binary complex with sgRNA: Ternary complex with added DNA: RuvC catalytic pocket: Sequence-specific PAM recognition: Genome editing tool / HYDROLASE-RNA complex
機能・相同性endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / CRISPR-associated endonuclease Cas12b
機能・相同性情報
生物種Alicyclobacillus acidoterrestris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.255 Å
データ登録者Yang, H. / Gao, P. / Rajashankar, K.R. / Patel, D.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM104962 米国
Memorial Sloan-Kettering Cancer Center Core GrantP30 CA008748 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2016
タイトル: PAM-Dependent Target DNA Recognition and Cleavage by C2c1 CRISPR-Cas Endonuclease.
著者: Yang, H. / Gao, P. / Rajashankar, K.R. / Patel, D.J.
履歴
登録2016年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated endonuclease C2c1
B: sgRNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,0192
ポリマ－168,0192
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8210 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area59310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.471, 128.198, 155.788
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CRISPR-associated endonuclease C2c1 / AacC2c1


分子量: 131835.047 Da / 分子数: 1 / 断片: CRISPR-associated endonuclease AacC2c1 / 変異: E848A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alicyclobacillus acidoterrestris (バクテリア)
株: ATCC 49025 / DSM 3922 / CIP 106132 / NCIMB 13137 / GD3B
遺伝子: c2c1, N007_06525 / プラスミド: pRSFDuet-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: T0D7A2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: RNA鎖 sgRNA / Subgenomic mRNA


分子量: 36183.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Alicyclobacillus acidoterrestris (バクテリア)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.2
詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M HEPES (pH 7.5), and 25% PEG3350 (v/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月25日 / 詳細: LR-Design detector positioner
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→50 Å / Num. obs: 26140 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 106.74 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 3.25→3.48 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / CC1/2: 0.318 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5U31

5u31


解像度: 3.255→48.33 Å / SU ML: 0.63 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 38.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3235 1278 4.89 %
Rwork0.2695 --
obs0.2719 26140 97.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.255→48.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7882 1680 0 0 9562
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0019927
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.40113762
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.6525792
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0331524
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031492
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2545-3.38480.45141120.38742088X-RAY DIFFRACTION75
3.3848-3.53880.4791300.35532819X-RAY DIFFRACTION100
3.5388-3.72530.35661440.30422776X-RAY DIFFRACTION100
3.7253-3.95860.33231440.28342825X-RAY DIFFRACTION100
3.9586-4.26410.32971410.26292797X-RAY DIFFRACTION100
4.2641-4.69290.29811510.23332839X-RAY DIFFRACTION100
4.6929-5.37120.27361460.24172838X-RAY DIFFRACTION100
5.3712-6.76420.33441540.28622886X-RAY DIFFRACTION100
6.7642-48.33560.30641560.25512994X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.8668 Å / Origin y: -23.3861 Å / Origin z: -26.9779 Å
111213212223313233
T0.5314 Å20.1194 Å2-0.1081 Å2-0.6559 Å20.0328 Å2--0.5894 Å2
L1.1238 °20.5996 °20.0223 °2-2.4582 °2-0.0375 °2--1.3643 °2
S-0.0396 Å °-0.0407 Å °-0.0028 Å °-0.0611 Å °-0.1119 Å °-0.1159 Å °0.0772 Å °0.367 Å °0.1534 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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