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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5u31 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of AacC2c1-sgRNA-8mer substrate DNA ternary complex | |||||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/DNA / Type V CRISPR-Cas endonculease: C2c1: Structure: Binary complex with sgRNA: Ternary complex with added DNA: RuvC catalytic pocket: Sequence-specific PAM recognition: Genome editing tool / HYDROLASE-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Alicyclobacillus acidoterrestris (バクテリア) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.89 Å | |||||||||
データ登録者 | Yang, H. / Gao, P. / Rajashankar, K.R. / Patel, D.J. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2016 タイトル: PAM-Dependent Target DNA Recognition and Cleavage by C2c1 CRISPR-Cas Endonuclease. 著者: Yang, H. / Gao, P. / Rajashankar, K.R. / Patel, D.J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5u31.cif.gz | 606.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5u31.ent.gz | 507.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5u31.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/5u31 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/5u31 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 131747.031 Da / 分子数: 1 / 断片: CRISPR-associated endonuclease AacC2c1 / 変異: D570A/E848A/D977A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Alicyclobacillus acidoterrestris (バクテリア) 株: ATCC 49025 / DSM 3922 / CIP 106132 / NCIMB 13137 / GD3B 遺伝子: c2c1, N007_06525 / プラスミド: pRSFDuet-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: T0D7A2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 | ||
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#2: RNA鎖 | 分子量: 36183.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Alicyclobacillus acidoterrestris (バクテリア) | ||
#3: DNA鎖 | 分子量: 8532.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) | ||
#4: DNA鎖 | 分子量: 2448.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) #5: 化合物 | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.52 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.2 詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES (pH 7.5), and 25% PEG3350 (v/v) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月22日 / 詳細: LR-Design detector positioner |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.89→50 Å / Num. obs: 52212 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.3 % / Biso Wilson estimate: 59.26 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 11.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.89→2.98 Å / 冗長度: 11.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / CC1/2: 0.48 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.89→49.295 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.74 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.89→49.295 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 145.0204 Å / Origin y: 207.3176 Å / Origin z: 284.3392 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |