PDB-5t8q: Crystal structure of murine NF-kappaB inducing kinase (NIK) bound...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5t8q

タイトル

Crystal structure of murine NF-kappaB inducing kinase (NIK) bound to aryl pyrrole fragment 17

要素

Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / protein serine/threonine kinase /

NF-kappaB (NF-κB) /

MAP3K14

機能・相同性

機能・相同性情報

CD28 dependent PI3K/Akt signaling / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway /

MAPキナーゼキナーゼキナーゼ / non-canonical NF-kappaB signal transduction /

MAP kinase kinase kinase activity / canonical NF-kappaB signal transduction /

核小体 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.63 Å

データ登録者

Smith, M.A. / McEwan, P.A. / Hymowitz, S.G.

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structure-Based Design of Tricyclic NF-kappa B Inducing Kinase (NIK) Inhibitors That Have High Selectivity over Phosphoinositide-3-kinase (PI3K).
著者: Castanedo, G.M. / Blaquiere, N. / Beresini, M. / Bravo, B. / Brightbill, H. / Chen, J. / Cui, H.F. / Eigenbrot, C. / Everett, C. / Feng, J. / Godemann, R. / Gogol, E. / Hymowitz, S. / ...

履歴

登録	2016年9月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年1月25日	Group: Database references
改定 1.2	2017年2月8日	Group: Database references
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5t8q.cif.gz	270.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5t8q.ent.gz	219.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5t8q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/5t8q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/5t8q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5t8fC 5t8oC 5t8pC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5t8p-2 6g4y-1 6g4y-2 3dy0-d 6yed-1 3zwz-d 6yed-2 5t8o-1 4g3c-1 6myn-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14

B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14

ヘテロ分子

78.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	143.969, 143.969, 46.455
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

#1: タンパク質	Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14 / NF-kappa-beta-inducing kinase / Serine/threonine-protein kinase NIK 分子量: 38543.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Map3k14, Nik / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9WUL6, MAPキナーゼキナーゼキナーゼ
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-76Y / 1-[(2-chlorophenyl)methyl]pyrrole-2-carboxamide 分子量: 234.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₁ClN₂O
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.05 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 0.3-0.9M ammonium sulphate, 0.05-0.1M sodium citrate, 0.7-1.0M Lithium sulphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年2月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.63→28.79 Å / Num. obs: 28412 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 5.9 % / R_sym value: 0.074 / Net I/σ(I): 16.6
反射シェル	解像度: 2.63→2.76 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / R_sym value: 0.66 / % possible all: 89.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.63→28.79 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 20.781 / SU ML: 0.212 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.576 / ESU R Free: 0.31 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25024	2953	10.4 %	RANDOM
R_work	0.19796	-	-	-
obs	0.20325	25565	98.81 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.944 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.07 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.07 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.63→28.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5060	0	87	71	5218

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	5273
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	5134
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.601	1.991	7138
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.999	3.004	11723
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.831	5	650
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.644	23.379	219
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.946	15	907
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.353	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	769
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	5834
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1160
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.334	3.545	2603
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.328	3.543	2602
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.24	5.311	3246
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.24	5.313	3247
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.51	3.784	2670
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.51	3.784	2671
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.389	5.615	3891
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.002	28.077	5678
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.001	28.08	5679
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.631→2.699 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.392	190	-
R_work	0.308	1606	-
obs	-	-	85.04 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3247	-0.4944	0.1759	5.5868	-0.8515	2.9261	-0.0018	0.0512	-0.0528	-0.0446	-0.053	0.1247	0.1312	-0.1197	0.0548	0.0558	-0.0047	0.0521	0.0883	-0.0699	0.1074	28.4033	27.7455	-0.7572
2	1.079	-0.5798	0.5281	5.7196	0.0459	0.5248	-0.0584	-0.0105	0.0158	-0.0669	0.0946	-0.0648	-0.1189	0.1455	-0.0362	0.1369	-0.0362	0.0878	0.1136	-0.0351	0.0751	21.9084	44.7762	1.6083
3	3.8202	1.1747	0.8831	4.8633	0.5602	5.5018	-0.3528	0.2782	0.2585	-0.4827	0.1549	0.2251	-0.2138	-0.2062	0.198	0.2095	-0.0265	0.0719	0.0357	0.0117	0.1866	16.3476	62.3654	-5.1852
4	3.552	-0.5588	-0.63	5.5754	-0.152	4.5827	0.0777	0.1369	0.0615	-0.1178	-0.0296	0.1098	0.0542	-0.0293	-0.0482	0.0049	0.0085	-0.0058	0.0943	-0.07	0.0626	40.0311	-0.3996	5.0915
5	3.5197	1.9404	0.0849	3.7325	-0.4619	0.8861	0.0736	0.0376	0.1333	-0.0703	-0.0436	-0.1032	-0.0722	0.3202	-0.0301	0.0792	0.0026	0.0445	0.2051	-0.0627	0.0871	47.8813	16.3927	5.9395
6	4.3313	-0.2687	-0.5227	3.711	0.2444	6.1008	0.0973	0.0329	0.6892	0.034	-0.1801	0.0329	-0.6178	0.0515	0.0828	0.143	-0.0546	0.1292	0.1279	-0.0774	0.327	55.1887	33.3636	1.1019

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	334 - 410
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	411 - 543
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	544 - 675
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	334 - 410
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	411 - 554
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	555 - 674

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)