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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5t6r | ||||||||||||
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タイトル | Nmd3 is a structural mimic of eIF5A, and activates the cpGTPase Lsg1 during 60S ribosome biogenesis: 60S-Nmd3 Complex | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / Ribosome Biogenesis / 60S / Nmd3 / Lsg1 / Tif6 / cryo-em | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pre-mRNA 5'-splice site binding / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / response to cycloheximide / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / ribosomal large subunit binding / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome ...pre-mRNA 5'-splice site binding / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / response to cycloheximide / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / ribosomal large subunit binding / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / preribosome, large subunit precursor / translational elongation / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / ribosomal large subunit export from nucleus / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / protein-RNA complex assembly / regulation of translational fidelity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / translational termination / maturation of LSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / translational initiation / macroautophagy / maintenance of translational fidelity / modification-dependent protein catabolic process / rRNA processing / protein tag activity / protein transport / ribosome biogenesis / protein-macromolecule adaptor activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Malyutin, A.G. / Musalgaonkar, S. / Patchett, S. / Frank, J. / Johnson, A.W. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2017 タイトル: Nmd3 is a structural mimic of eIF5A, and activates the cpGTPase Lsg1 during 60S ribosome biogenesis. 著者: Andrey G Malyutin / Sharmishtha Musalgaonkar / Stephanie Patchett / Joachim Frank / Arlen W Johnson / 要旨: During ribosome biogenesis in eukaryotes, nascent subunits are exported to the cytoplasm in a functionally inactive state. 60S subunits are activated through a series of cytoplasmic maturation events. ...During ribosome biogenesis in eukaryotes, nascent subunits are exported to the cytoplasm in a functionally inactive state. 60S subunits are activated through a series of cytoplasmic maturation events. The last known events in the cytoplasm are the release of Tif6 by Efl1 and Sdo1 and the release of the export adapter, Nmd3, by the GTPase Lsg1. Here, we have used cryo-electron microscopy to determine the structure of the 60S subunit bound by Nmd3, Lsg1, and Tif6. We find that a central domain of Nmd3 mimics the translation elongation factor eIF5A, inserting into the E site of the ribosome and pulling the L1 stalk into a closed position. Additional domains occupy the P site and extend toward the sarcin-ricin loop to interact with Tif6. Nmd3 and Lsg1 together embrace helix 69 of the B2a intersubunit bridge, inducing base flipping that we suggest may activate the GTPase activity of Lsg1. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5t6r.cif.gz | 3.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5t6r.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 5t6r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5t6r_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5t6r_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5t6r_validation.xml.gz | 205.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5t6r_validation.cif.gz | 355.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t6/5t6r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t6/5t6r | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 ABC
#1: RNA鎖 | 分子量: 1097493.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 834774822 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 38951.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1039024045 |
#3: RNA鎖 | 分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1060743159 |
+60S ribosomal protein ... , 39種, 39分子 DEFGHIJKLMNOabcdefghijklmnopqr...
-タンパク質 , 3種, 3分子 zSV
#41: タンパク質 | 分子量: 14583.077 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CH08 |
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#44: タンパク質 | 分子量: 17889.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c |
#45: タンパク質 | 分子量: 103321.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: MBP-TEV-NMD3 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: A0A0F8NYV9, UniProt: P38861 |
-非ポリマー , 3種, 101分子
#46: 化合物 | ChemComp-MG / #47: 化合物 | #48: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: 60S in complex with Nmd3 / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#45 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 単位: MEGADALTONS / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: 10W / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Made in lab |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F30 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 27000 X / 倍率(補正後): 31000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 4000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 2.26 mm / C2レンズ絞り径: 30 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: OTHER |
撮影 | 平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0088 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 65650 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 4.2→4.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.875 / SU B: 80.56 / SU ML: 0.983 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 110.461 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 合計: 126651 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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