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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5syw | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Burkhoderia pseudomallei KatG variant Q233E | |||||||||
要素 | Catalase-peroxidase | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / catalase-peroxidase / KatG / Q233E variant | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 catalase-peroxidase / catalase activity / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | |||||||||
データ登録者 | Loewen, P.C. | |||||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017 タイトル: The Catalase Activity of Catalase-Peroxidases Is Modulated by Changes in the pKa of the Distal Histidine. 著者: Machuqueiro, M. / Victor, B. / Switala, J. / Villanueva, J. / Rovira, C. / Fita, I. / Loewen, P.C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5syw.cif.gz | 572.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5syw.ent.gz | 462.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5syw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/5syw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/5syw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5kq0C 5kq2C 5kq3C 5kq6C 5kqhC 5kqiC 5kqkC 5ksfC 5kskC 5syuC 5syvC 5txqC 5v4oC 5v53C 1mwv S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 0 / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 0
NCSアンサンブル:
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 79569.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (strain 1710b) (類鼻疽菌) 株: 1710b / 遺伝子: katG, BURPS1710b_3366 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3JNW6, catalase-peroxidase |
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-非ポリマー , 7種, 1473分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-MPD / ( #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.14 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 16-20% PEG 4000, 20% MPD, 0.1 M sodium citrate pH 5.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→95.58 Å / Num. obs: 170117 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 11.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.503 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. measured all: 91004 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1MWV 1mwv 解像度: 1.85→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 4.759 / SU ML: 0.073 / SU R Cruickshank DPI: 0.0955 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.096 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 111.56 Å2 / Biso mean: 26.058 Å2 / Biso min: 14.18 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.85→20 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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