+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5qt2 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | PanDDA analysis group deposition -- Partial occupancy interpretation of PanDDA event map: SETDB1 in complex with FMOPL000074a | ||||||
要素 | Histone-lysine N-methyltransferase SETDB1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / SGC - Diamond I04-1 fragment screening / PanDDA / XChemExplorer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 [histone H3]-N6,N6-dimethyl-lysine9 N-methyltransferase / histone H3K9 trimethyltransferase activity / histone H3K9 monomethyltransferase activity / positive regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / heterochromatin organization / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / promoter-specific chromatin binding / PKMTs methylate histone lysines ...[histone H3]-N6,N6-dimethyl-lysine9 N-methyltransferase / histone H3K9 trimethyltransferase activity / histone H3K9 monomethyltransferase activity / positive regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / heterochromatin organization / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / promoter-specific chromatin binding / PKMTs methylate histone lysines / 染色体 / メチル化 / negative regulation of gene expression / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å | ||||||
データ登録者 | Harding, R.J. / Tempel, W. / DOUANGAMATH, A. / BRANDAO-NETO, J. / Collins, P.M. / Krojer, T. / Mader, P. / Schapira, M. / von Delft, F. / Bountra, C. ...Harding, R.J. / Tempel, W. / DOUANGAMATH, A. / BRANDAO-NETO, J. / Collins, P.M. / Krojer, T. / Mader, P. / Schapira, M. / von Delft, F. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Santhakumar, V. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: PanDDA analysis group deposition 著者: Harding, R.J. / Tempel, W. / DOUANGAMATH, A. / BRANDAO-NETO, J. / Collins, P.M. / Krojer, T. / Mader, P. / Schapira, M. / von Delft, F. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Santhakumar, V. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5qt2.cif.gz | 65.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5qt2.ent.gz | 47.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5qt2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/5qt2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/5qt2 | HTTPS FTP |
---|
-グループ登録
ID | G_1002089 (2エントリ) |
---|---|
タイトル | PanDDA analysis group deposition |
タイプ | changed state |
解説 | XDomainX of XOrganismX None screened against the XXX Fragment Library by X-ray Crystallography at the XChem facility of Diamond Light Source beamline I04-1 |
-関連構造データ
関連構造データ | 3dlmS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: 10.18430/m3.irrmc.3953 / データの種類: diffraction image data |
実験データセット #2 | データ参照: 10.18430/m3.irrmc.c.1 / データの種類: diffraction image data |
実験データセット #3 | データ参照: 10.18430/m3.irrmc.4136 / データの種類: diffraction image data |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 26337.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SETDB1, ESET, KIAA0067, KMT1E / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q15047, ヒストンメチルトランスフェラーゼ |
---|
-非ポリマー , 6種, 144分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-UNX / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.37 % / Mosaicity: 0 ° |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 25% PEG-3350, 0.2M lithium sulfate, 0.1M Bis-tris |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月11日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.92819 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.59→47.36 Å / Num. obs: 34541 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 13 / Num. measured all: 226203 / Scaling rejects: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
---|
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 3DLM 解像度: 1.59→47.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 2.189 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 66.82 Å2 / Biso mean: 23.549 Å2 / Biso min: 13.1 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.59→47.36 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.59→1.631 Å / Total num. of bins used: 20
|