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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5qb7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Endothiapepsin-FRG075 complex | ||||||
要素 | Endothiapepsinエンドチアペプシン | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Cryphonectria parasitica (クリ胴枯病) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Huschmann, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of Endothiapepsin 著者: Huschmann, F.U. / Weiss, M.S. / Mueller, U. / Haustedt, L.O. / Klebe, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5qb7.cif.gz | 148.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5qb7.ent.gz | 122.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5qb7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/5qb7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/5qb7 | HTTPS FTP |
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-グループ登録
ID | G_1002039 (25エントリ) |
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タイトル | Crystal structures of Endothiapepsin complexes |
タイプ | undefined |
解説 | Crystal structures of Endothiapepsin complexes |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (クリ胴枯病) / 参照: UniProt: P11838, エンドチアペプシン | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-D6A / ( | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.19 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000; crystals obtained by streak-seeding |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月18日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.918 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.5→42.703 Å / Num. obs: 50671 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rrim(I) all: 0.108 / Χ2: 0.894 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 191704 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→42.703 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.01 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 68.15 Å2 / Biso mean: 18.72 Å2 / Biso min: 8.14 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.5→42.703 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7
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