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基本情報

エントリ情報
データベース: PDB / ID: 5q0a
タイトルHuman liver fructose-1,6-bisphosphatase 1 (fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase, E.C.3.1.3.11) complexed with the allosteric inhibitor 1-(5-cyanopyrazin-2-yl)-3-[3-(difluoromethoxy)phenyl]sulfonylurea
構成要素Fructose-1,6-bisphosphatase 1フルクトース-1,6-ビスホスファターゼ
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / D3R docking / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex
機能・相同性Fructose-1,6-bisphosphatase class 1 / Fructose-1,6-bisphosphatase, active site / フルクトース-1,6-ビスホスファターゼ / Fructose-1-6-bisphosphatase class I, N-terminal / Fructose-1-6-bisphosphatase, N-terminal domain / Fructose-1-6-bisphosphatase active site. / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / carbohydrate metabolic process / Fructose-1,6-bisphosphatase 1
機能・相同性情報
試料の由来Homo sapiens (ヒト)
実験手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 2.3 Å 分解能
Model detailsFor D3R project
データ登録者Ruf, A. / Joseph, C. / Alker, A. / Banner, D. / Tetaz, T. / Benz, J. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G. / Yang, H. / Shao, C. / Burley, S.K.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Human liver fructose-1,6-bisphosphatase 1 (fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase, E.C.3.1.3.11) complexed with the allosteric inhibitor 1-(5-cyanopyrazin-2-yl)-3-[3-(difluoromethoxy)phenyl]sulfonylurea
著者: Ruf, A. / Joseph, C. / Alker, A. / Banner, D. / Tetaz, T. / Benz, J. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2017年4月11日 / 公開: 2019年1月9日
改定日付Data content typeGroupCategoryItemProviderタイプ
1.02019年1月9日Structure modelrepositoryInitial release
1.12019年1月16日Structure modelData collectiondiffrn_radiation_diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol
1.22019年2月6日Structure modelData collection / Database references / Structure summaryaudit_author / citation_author_audit_author.name / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fructose-1,6-bisphosphatase 1
B: Fructose-1,6-bisphosphatase 1
C: Fructose-1,6-bisphosphatase 1
D: Fructose-1,6-bisphosphatase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,9158
ポリマ-147,4384
非ポリマ-1,4774
6,269348
1


タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area (Å2)15650
ΔGint (kcal/M)-80
Surface area (Å2)45160
実験手法PISA
単位格子
γ
α
β
Length a, b, c (Å)68.611, 84.335, 279.525
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP 21 21 21

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構成要素

#1: タンパク質・ペプチド
Fructose-1,6-bisphosphatase 1 / フルクトース-1,6-ビスホスファターゼ / Growth-inhibiting protein 17 / cDNA FLJ75786 / highly similar to Homo sapiens fructose-1 / 6-bisphosphatase 1 (FBP1) / mRNA


分子量: 36859.418 Da / 分子数: 4 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FBP1, hCG_1640493 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2TU34, fructose-bisphosphatase
#2: 化合物
ChemComp-96D / N-[(5-cyanopyrazin-2-yl)carbamoyl]-3-(difluoromethoxy)benzene-1-sulfonamide


分子量: 369.303 Da / 分子数: 4 / : C13H9F2N5O4S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / : H2O /

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実験情報

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実験

実験実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶Density Matthews: 2.83 / Density percent sol: 56.58 %
結晶化温度: 300 K
実験手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
pH: 7
詳細: 0.1M HEPES pH 7.0, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 12% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 kelvins
線源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.987 Å
ディテクタタイプ: MAR CCD 165 mm / ディテクタ: CCD / Collection date: 2007年12月21日
放射Diffraction protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic or laue m l: M / Scattering type: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射D resolution high: 2.3 Å / D resolution low: 29.145 Å / Number obs: 73055 / Percent possible obs: 99.94

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位相決定

位相決定実験手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類Contact authorContact author email日付言語Locationタイプ
PHENIX1.11.1_2575refinement
PDB_EXTRACT3.23data extractionPDBdeposit[at]deposit.rcsb.orgDec. 13, 2016C++http://sw-tools.pdb.org/apps/PDB_EXTRACT/package
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 詳細: INHIBITOR CF2-GROUP COULD HAVE 2 CONFORMATIONS / Overall SU ML: 0.33 / Cross valid method: THROUGHOUT / Sigma F: 1.36 / Overall phase error: 24.12 / Stereochemistry target values: ML
溶媒の処理Solvent shrinkage radii: 0.9 Å / Solvent vdw probe radii: 1.11 Å / Solvent model details: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータB iso max: 131.31 Å2 / B iso mean: 45.9424 Å2 / B iso min: 11.97 Å2
最小二乗法精密化のプロセスR factor R free: 0.236 / R factor R work: 0.1859 / R factor obs: 0.1884 / 最高分解能: 2.3 Å / 最低分解能: 29.145 Å / Number reflection R free: 3608 / Number reflection R work: 69447 / Number reflection obs: 73055 / Percent reflection R free: 4.94 / Percent reflection obs: 99.94
精密化 #final最高分解能: 2.3 Å / 最低分解能: 29.145 Å / B iso mean ligand: 54.5 / B iso mean solvent: 46.13 / Number residues total: 1271
置いた原子数 #finalタンパク質: 9729 / 核酸: 0 / リガンド: 100 / 溶媒: 348 / 合計: 10177
精密化中の拘束条件
Refine IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00710005
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00613516
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0591528
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061723
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3796066
Refine LS restraints ncs

Ens ID: 1 / Number: 6105 / Refine ID: X-RAY DIFFRACTION / Rms: 7.911 / Type: TORSIONAL

Dom IDAuth asym ID
1A
2B
3C
4D
Refine LS shell

Refine ID: X-RAY DIFFRACTION / R factor R free error: 0 / Total number of bins used: 26

最高分解能R factor R freeR factor R work最低分解能Number reflection R freeNumber reflection R workNumber reflection allPercent reflection obs
2.30000.40030.34532.330313226172749100.0000
2.33030.37670.28942.362215026602810100.0000
2.36220.31100.26732.395911426282742100.0000
2.39590.31530.26562.431614726032750100.0000
2.43160.34680.26062.469613926432782100.0000
2.46960.27060.24592.510112526182743100.0000
2.51010.31760.24522.553314226752817100.0000
2.55330.32250.23892.599814626062752100.0000
2.59980.31330.23962.649714426782822100.0000
2.64970.25920.22052.703813426112745100.0000
2.70380.28650.21472.762512126612782100.0000
2.76250.23440.20292.826713026722802100.0000
2.82670.25240.20252.897416026192779100.0000
2.89740.26220.20332.975613526672802100.0000
2.97560.25860.20293.063113326372770100.0000
3.06310.28150.19333.161813726912828100.0000
3.16180.23510.18193.274712526922817100.0000
3.27470.22160.17603.405616326422805100.0000
3.40560.24090.18103.560415026332783100.0000
3.56040.26420.19743.747713827072845100.0000
3.74770.19190.15893.982013626732809100.0000
3.98200.18960.14914.288514427182862100.0000
4.28850.17470.12724.718514727032850100.0000
4.71850.15960.14055.397514227162858100.0000
5.39750.23450.17736.786114727742921100.0000
6.78610.20080.164429.14711272903303099.0000
Refine TLS

実験手法: refined / Refine ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11L12L13L22L23L33S11S12S13S21S22S23S31S32S33T11T12T13T22T23T33Origin xOrigin yOrigin z
10.41810.11190.38460.08560.22410.3754-0.08860.07610.00660.04030.10030.0956-0.15620.06710.00000.27330.01480.07820.2801-0.03360.206516.660442.810620.3269
20.15460.1976-0.03000.24310.01860.1869-0.06090.3523-0.3375-0.0183-0.13390.26350.00240.2111-0.00160.30890.01460.03200.4079-0.02710.286115.925242.20317.7097
30.3326-0.34500.34770.2453-0.06020.1570-0.04680.13290.2093-0.03030.0152-0.0758-0.17120.1429-0.00010.2892-0.07990.03240.36990.02220.306234.169845.437910.2418
40.2180-0.1942-0.15670.2578-0.09680.15000.16920.2569-0.0327-0.1331-0.1062-0.0558-0.05150.25380.00000.3465-0.06120.05420.44550.03420.300936.352646.31922.0383
50.02710.04440.15890.0514-0.22140.08500.0048-0.0726-0.07750.05010.0396-0.0264-0.07570.0333-0.00000.2304-0.00120.01820.2251-0.05600.300836.694520.382937.3439
60.81080.13000.04630.57760.16910.23970.06900.1740-0.07270.01430.05870.00710.03560.16300.03960.19130.01390.01900.3281-0.10650.269041.564219.441118.9507
7-0.0666-0.0149-0.05140.0393-0.01370.10540.06820.1755-0.12930.0311-0.0409-0.0674-0.02690.41090.00010.23290.01870.01000.4887-0.11090.322349.682517.269116.3531
8-0.0978-0.0291-0.08900.43760.26170.1310-0.0066-0.0135-0.03890.00030.0011-0.0106-0.1496-0.02730.00010.28960.02300.05490.1688-0.01430.206416.186751.464840.5324
90.63250.1022-0.18660.5660-0.00910.20020.0330-0.00090.03450.0568-0.00960.1193-0.1056-0.16420.02450.22150.04840.03740.1452-0.01260.1620-2.523147.527150.1031
100.04190.0634-0.20540.52460.10870.15430.00450.1617-0.12350.02400.0705-0.02570.0703-0.01050.04480.18900.01690.00020.1406-0.01680.262011.807513.592637.1502
110.3835-0.0742-0.57040.38990.32540.75630.0667-0.0994-0.12260.0685-0.03140.0600-0.02640.01280.00160.22620.01670.02320.20240.03600.22082.411318.112455.8161
Refine TLS group

Refine ID: X-RAY DIFFRACTION

IDBeg auth asym IDBeg auth seq IDEnd auth asym IDEnd auth seq IDRefine TLS IDSelection details
1A9A881chain 'A' and (resid 9 through 88 )
2A89A1312chain 'A' and (resid 89 through 131 )
3A132A2473chain 'A' and (resid 132 through 247 )
4A248A3354chain 'A' and (resid 248 through 335 )
5B9B1225chain 'B' and (resid 9 through 122 )
6B123B2476chain 'B' and (resid 123 through 247 )
7B248B3357chain 'B' and (resid 248 through 335 )
8C9C1228chain 'C' and (resid 9 through 122 )
9C123C3359chain 'C' and (resid 123 through 335 )
10D9D12210chain 'D' and (resid 9 through 122 )
11D123D33511chain 'D' and (resid 123 through 335 )

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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