PDB-5q0a: Human liver fructose-1,6-bisphosphatase 1 (fructose 1,6-bisphosph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5q0a

タイトル

Human liver fructose-1,6-bisphosphatase 1 (fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase, E.C.3.1.3.11) complexed with the allosteric inhibitor 1-(5-cyanopyrazin-2-yl)-3-[3-(difluoromethoxy)phenyl]sulfonylurea

要素

Fructose-1,6-bisphosphatase 1

フルクトース-1,6-ビスホスファターゼ

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / D3R docking / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to raffinose / sucrose biosynthetic process / cellular hypotonic salinity response / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / negative regulation of Ras protein signal transduction / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / cellular response to magnesium ion / fructose 6-phosphate metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

Model details

For D3R project

データ登録者

Ruf, A. / Joseph, C. / Alker, A. / Banner, D. / Tetaz, T. / Benz, J. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G. / Yang, H. / Shao, C. / Burley, S.K.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Human liver fructose-1,6-bisphosphatase 1 (fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase, E.C.3.1.3.11) complexed with the allosteric inhibitor 1-(5-cyanopyrazin-2-yl)-3-[3-(difluoromethoxy)phenyl]sulfonylurea
著者: Ruf, A. / Joseph, C. / Alker, A. / Banner, D. / Tetaz, T. / Benz, J. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2017年4月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年1月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月16日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation / Item: _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol
改定 1.2	2019年2月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.3	2021年2月10日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5q0a.cif.gz	492.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5q0a.ent.gz	408.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5q0a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/5q0a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/5q0a	HTTPS FTP

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グループ登録

ID	G_1002030 (23エントリ) 5pzq 5pzr 5pzs 5pzt 5pzu 5pzv 5pzw 5pzx 5pzy 5pzz
タイトル	Human liver fructose-1,6-bisphosphatase 1 (fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase, E.C.3.1.3.11) complexed with allosteric inhibitors
タイプ	undefined
解説	Fructose-1,6-bisphosphatase 1 with inhibitors

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関連構造データ

類似構造データ	5q07-2 5q06-d 6lw2-d 2vt5-1 5q08-1 3a29-d 5q03-1 5q05-1 5pzu-d 5q0b-d 2fix-d 1frp-1 5pzy-1 5pzx-1 2fhy-d 5q07-1 2wbd-2 5q08-2 4mjo-1 2fie-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

B: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

C: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

D: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

ヘテロ分子

149 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.611, 84.335, 279.525
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 9 through 61 or resid 72 through 335))
2	1	chain B
3	1	(chain C and (resid 9 through 61 or resid 72 through 335))
4	1	chain D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	GLY	GLY	(chain A and (resid 9 through 61 or resid 72 through 335))	A	A	9 - 61	10 - 62
1	2	LYS	LYS	SER	SER	(chain A and (resid 9 through 61 or resid 72 through 335))	A	A	72 - 335	73 - 336
2	1	ASP	ASP	SER	SER	chain B	B	B	9 - 335	10 - 336
3	1	ASP	ASP	GLY	GLY	(chain C and (resid 9 through 61 or resid 72 through 335))	C	C	9 - 61	10 - 62
3	2	LYS	LYS	SER	SER	(chain C and (resid 9 through 61 or resid 72 through 335))	C	C	72 - 335	73 - 336
4	1	ASP	ASP	SER	SER	chain D	D	D	9 - 335	10 - 336

#1: タンパク質	Fructose-1,6-bisphosphatase 1 / フルクトース-1,6-ビスホスファターゼ / Growth-inhibiting protein 17 / cDNA FLJ75786 / highly similar to Homo sapiens fructose-1 / 6- ...Growth-inhibiting protein 17 / cDNA FLJ75786 / highly similar to Homo sapiens fructose-1 / 6-bisphosphatase 1 (FBP1) / mRNA 分子量: 36859.418 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FBP1, hCG_1640493 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q2TU34, UniProt: P09467*PLUS, fructose-bisphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-96D / N-[(5-cyanopyrazin-2-yl)carbamoyl]-3-(difluoromethoxy)benzene-1-sulfonamide 分子量: 369.303 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₉F₂N₅O₄S
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.58 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M HEPES pH 7.0, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 12% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→29.145 Å / Num. obs: 73055 / % possible obs: 99.94 %

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類	NB
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.23	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→29.145 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.12 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: INHIBITOR CF2-GROUP COULD HAVE 2 CONFORMATIONS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.236	3608	4.94 %
R_work	0.1859	69447	-
obs	0.1884	73055	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 131.31 Å² / B_iso mean: 45.9424 Å² / B_iso min: 11.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→29.145 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9729	0	100	348	10177
B_iso mean	-	-	54.5	46.13	-
残基数	-	-	-	-	1271

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	10005
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.006	13516
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	1528
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1723
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.379	6066

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	6105	X-RAY DIFFRACTION	7.911	TORSIONAL
1	2	B	6105	X-RAY DIFFRACTION	7.911	TORSIONAL
1	3	C	6105	X-RAY DIFFRACTION	7.911	TORSIONAL
1	4	D	6105	X-RAY DIFFRACTION	7.911	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3-2.3303	0.4003	132	0.3453	2617	2749	100
2.3303-2.3622	0.3767	150	0.2894	2660	2810	100
2.3622-2.3959	0.311	114	0.2673	2628	2742	100
2.3959-2.4316	0.3153	147	0.2656	2603	2750	100
2.4316-2.4696	0.3468	139	0.2606	2643	2782	100
2.4696-2.5101	0.2706	125	0.2459	2618	2743	100
2.5101-2.5533	0.3176	142	0.2452	2675	2817	100
2.5533-2.5998	0.3225	146	0.2389	2606	2752	100
2.5998-2.6497	0.3133	144	0.2396	2678	2822	100
2.6497-2.7038	0.2592	134	0.2205	2611	2745	100
2.7038-2.7625	0.2865	121	0.2147	2661	2782	100
2.7625-2.8267	0.2344	130	0.2029	2672	2802	100
2.8267-2.8974	0.2524	160	0.2025	2619	2779	100
2.8974-2.9756	0.2622	135	0.2033	2667	2802	100
2.9756-3.0631	0.2586	133	0.2029	2637	2770	100
3.0631-3.1618	0.2815	137	0.1933	2691	2828	100
3.1618-3.2747	0.2351	125	0.1819	2692	2817	100
3.2747-3.4056	0.2216	163	0.176	2642	2805	100
3.4056-3.5604	0.2409	150	0.181	2633	2783	100
3.5604-3.7477	0.2642	138	0.1974	2707	2845	100
3.7477-3.982	0.1919	136	0.1589	2673	2809	100
3.982-4.2885	0.1896	144	0.1491	2718	2862	100
4.2885-4.7185	0.1747	147	0.1272	2703	2850	100
4.7185-5.3975	0.1596	142	0.1405	2716	2858	100
5.3975-6.7861	0.2345	147	0.1773	2774	2921	100
6.7861-29.1471	0.2008	127	0.1644	2903	3030	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4181	0.1119	0.3846	0.0856	0.2241	0.3754	-0.0886	0.0761	0.0066	0.0403	0.1003	0.0956	-0.1562	0.0671	0	0.2733	0.0148	0.0782	0.2801	-0.0336	0.2065	16.6604	42.8106	20.3269
2	0.1546	0.1976	-0.03	0.2431	0.0186	0.1869	-0.0609	0.3523	-0.3375	-0.0183	-0.1339	0.2635	0.0024	0.2111	-0.0016	0.3089	0.0146	0.032	0.4079	-0.0271	0.2861	15.9252	42.2031	7.7097
3	0.3326	-0.345	0.3477	0.2453	-0.0602	0.157	-0.0468	0.1329	0.2093	-0.0303	0.0152	-0.0758	-0.1712	0.1429	-0.0001	0.2892	-0.0799	0.0324	0.3699	0.0222	0.3062	34.1698	45.4379	10.2418
4	0.218	-0.1942	-0.1567	0.2578	-0.0968	0.15	0.1692	0.2569	-0.0327	-0.1331	-0.1062	-0.0558	-0.0515	0.2538	0	0.3465	-0.0612	0.0542	0.4455	0.0342	0.3009	36.3526	46.3192	2.0383
5	0.0271	0.0444	0.1589	0.0514	-0.2214	0.085	0.0048	-0.0726	-0.0775	0.0501	0.0396	-0.0264	-0.0757	0.0333	-0	0.2304	-0.0012	0.0182	0.2251	-0.056	0.3008	36.6945	20.3829	37.3439
6	0.8108	0.13	0.0463	0.5776	0.1691	0.2397	0.069	0.174	-0.0727	0.0143	0.0587	0.0071	0.0356	0.163	0.0396	0.1913	0.0139	0.019	0.3281	-0.1065	0.269	41.5642	19.4411	18.9507
7	-0.0666	-0.0149	-0.0514	0.0393	-0.0137	0.1054	0.0682	0.1755	-0.1293	0.0311	-0.0409	-0.0674	-0.0269	0.4109	0.0001	0.2329	0.0187	0.01	0.4887	-0.1109	0.3223	49.6825	17.2691	16.3531
8	-0.0978	-0.0291	-0.089	0.4376	0.2617	0.131	-0.0066	-0.0135	-0.0389	0.0003	0.0011	-0.0106	-0.1496	-0.0273	0.0001	0.2896	0.023	0.0549	0.1688	-0.0143	0.2064	16.1867	51.4648	40.5324
9	0.6325	0.1022	-0.1866	0.566	-0.0091	0.2002	0.033	-0.0009	0.0345	0.0568	-0.0096	0.1193	-0.1056	-0.1642	0.0245	0.2215	0.0484	0.0374	0.1452	-0.0126	0.162	-2.5231	47.5271	50.1031
10	0.0419	0.0634	-0.2054	0.5246	0.1087	0.1543	0.0045	0.1617	-0.1235	0.024	0.0705	-0.0257	0.0703	-0.0105	0.0448	0.189	0.0169	0.0002	0.1406	-0.0168	0.262	11.8075	13.5926	37.1502
11	0.3835	-0.0742	-0.5704	0.3899	0.3254	0.7563	0.0667	-0.0994	-0.1226	0.0685	-0.0314	0.06	-0.0264	0.0128	0.0016	0.2262	0.0167	0.0232	0.2024	0.036	0.2208	2.4113	18.1124	55.8161

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 88 )	A	9 - 88
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 89 through 131 )	A	89 - 131
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 132 through 247 )	A	132 - 247
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 248 through 335 )	A	248 - 335
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 9 through 122 )	B	9 - 122
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 123 through 247 )	B	123 - 247
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 248 through 335 )	B	248 - 335
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 9 through 122 )	C	9 - 122
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 123 through 335 )	C	123 - 335
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 9 through 122 )	D	9 - 122
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 123 through 335 )	D	123 - 335

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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