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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5oo3 | |||||||||
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タイトル | Cdk2(F80C, C177A) with covalent ligand at F80C | |||||||||
要素 | Cyclin-dependent kinase 2サイクリン依存性キナーゼ2 | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Covalent inhibitor / Cysteine modification / Kinase (キナーゼ) / Allosteric inhibitor | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / G2期 / cyclin-dependent protein kinase activity / Y染色体 / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / positive regulation of heterochromatin formation ...cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / G2期 / cyclin-dependent protein kinase activity / Y染色体 / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / positive regulation of heterochromatin formation / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / X染色体 / PTK6 Regulates Cell Cycle / regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / centriole replication / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / centrosome duplication / Telomere Extension By Telomerase / G0 and Early G1 / Activation of the pre-replicative complex / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / cellular response to nitric oxide / サイクリン依存性キナーゼ / カハール体 / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / Activation of ATR in response to replication stress / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / condensed chromosome / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / regulation of mitotic cell cycle / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / cyclin binding / post-translational protein modification / meiotic cell cycle / positive regulation of DNA replication / response to organic substance / male germ cell nucleus / G1/S transition of mitotic cell cycle / potassium ion transport / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / 遺伝的組換え / Orc1 removal from chromatin / Transcriptional regulation of granulopoiesis / Cyclin D associated events in G1 / G2/M transition of mitotic cell cycle / 細胞老化 / Regulation of TP53 Degradation / 核膜 / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Processing of DNA double-strand break ends / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / 遺伝子発現の調節 / peptidyl-serine phosphorylation / Ras protein signal transduction / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / transcription regulator complex / DNA複製 / chromosome, telomeric region / エンドソーム / クロマチンリモデリング / 細胞分裂 / protein domain specific binding / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / DNA修復 / protein serine/threonine kinase activity / 中心体 / DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / シグナル伝達 / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å | |||||||||
データ登録者 | Craven, G. / Morgan, R.M.L. / Mann, D.J. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: High-throughput kinetic analysis for target-directed covalent ligand discovery 著者: Craven, G. / Affron, D.P. / Allen, C.E. / Greener, J.G. / Morgan, R.M.L. / Matthies, S. / Armstrong, A. / Mann, D.J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5oo3.cif.gz | 80 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5oo3.ent.gz | 57.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5oo3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/5oo3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/5oo3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34311.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK2, CDKN2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P24941, サイクリン依存性キナーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-9ZB / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.16 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 9 - 15% w/v, 50 mM HEPES, 50 mM sodium/potassium phosphate PH範囲: 7.5 - 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.73→36.67 Å / Num. obs: 29150 / % possible obs: 99.71 % / 冗長度: 7.19 % / CC1/2: 0.9993 / Rmerge(I) obs: 0.0853 / Net I/σ(I): 13.82 |
反射 シェル | 解像度: 1.73→1.76 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 1.6585 / Mean I/σ(I) obs: 1.07 / Num. unique obs: 1424 / CC1/2: 0.5609 / % possible all: 99.86 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4EK3 解像度: 1.73→36.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 4.077 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.134
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.251 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.73→36.67 Å
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拘束条件 |
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