PDB-5oj6: Crystal structure of the chicken MDGA1 ectodomain in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5oj6

タイトル

Crystal structure of the chicken MDGA1 ectodomain in complex with the human neuroligin 1 (NL1(-A-B)) cholinesterase domain.

要素

MAM domain-containing glycosylphosphatidylinositol anchor protein 1
Neuroligin-1

キーワード

CELL ADHESION / neuroligin-neurexin / synapse formation / austism spectrum disorders (ASDs) / synaptic transmission

機能・相同性

機能・相同性情報

neurexin clustering involved in presynaptic membrane assembly / asymmetric, glutamatergic, excitatory synapse / cytoskeletal matrix organization at active zone / cell-cell adhesion involved in synapse maturation / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, wakefulness / protein complex involved in cell-cell adhesion / positive regulation of neuromuscular synaptic transmission / terminal button organization / neuron to neuron synapse / positive regulation of synaptic vesicle exocytosis ...neurexin clustering involved in presynaptic membrane assembly / asymmetric, glutamatergic, excitatory synapse / cytoskeletal matrix organization at active zone / cell-cell adhesion involved in synapse maturation / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, wakefulness / protein complex involved in cell-cell adhesion / positive regulation of neuromuscular synaptic transmission / terminal button organization / neuron to neuron synapse / positive regulation of synaptic vesicle exocytosis / neuronal signal transduction / excitatory synapse assembly / postsynaptic density protein 95 clustering / negative regulation of dendritic spine morphogenesis / postsynaptic membrane assembly / presynaptic membrane assembly / synapse maturation / maintenance of synapse structure / inhibitory synapse / synaptic vesicle clustering / synaptic vesicle targeting / neuron cell-cell adhesion / neurexin family protein binding / presynapse assembly / filopodium tip / receptor localization to synapse / protein localization to synapse / NMDA glutamate receptor clustering / neuron projection arborization / positive regulation of synaptic vesicle endocytosis / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / AMPA glutamate receptor clustering / regulation of AMPA receptor activity / Neurexins and neuroligins / positive regulation of synapse assembly / positive regulation of ruffle assembly / regulation of NMDA receptor activity / postsynaptic specialization membrane / positive regulation of intracellular signal transduction / positive regulation of filopodium assembly / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / regulation of neuron differentiation / positive regulation of dendritic spine development / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / synaptic vesicle endocytosis / excitatory synapse / GABA-ergic synapse / protein targeting / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / neuron projection morphogenesis / synaptic cleft / cell adhesion molecule binding / synapse assembly / cellular response to calcium ion / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / PDZ domain binding / neuron migration / modulation of chemical synaptic transmission / establishment of protein localization / neuromuscular junction / positive regulation of neuron projection development / rhythmic process / neuron projection development / presynapse / signaling receptor activity / nervous system development / amyloid-beta binding / scaffold protein binding / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / postsynapse / receptor complex / dendritic spine / postsynaptic density / glutamatergic synapse / synapse / dendrite / cell surface / Golgi apparatus / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Elegheert, J. / Clayton, A.J. / Aricescu, A.R.

資金援助

英国,

カナダ,

米国, 13件

組織	認可番号	国
Medical Research Council (United Kingdom)	G0700232	英国
Medical Research Council (United Kingdom)	L009609	英国
Medical Research Council (United Kingdom)	MC_UP_1201/15	英国
CIHR	FDN- 143206	カナダ
CIHR	NDD-144222	カナダ
National Institutes of Health	R00 DC013805	米国
European Molecular Biology Organization	ALTF 1116-2012	英国
Marie Curie	FP7-328531	英国
Cancer Research UK	C375/A10976	英国
National Institutes of Health	MH085926	米国
National Institutes of Health	GM105730	米国
National Institutes of Health	F32NS093753	米国
Wellcome Trust	090532/Z/09/Z	英国

引用

ジャーナル: Neuron / 年: 2017
タイトル: Structural Mechanism for Modulation of Synaptic Neuroligin-Neurexin Signaling by MDGA Proteins.
著者: Elegheert, J. / Cvetkovska, V. / Clayton, A.J. / Heroven, C. / Vennekens, K.M. / Smukowski, S.N. / Regan, M.C. / Jia, W. / Smith, A.C. / Furukawa, H. / Savas, J.N. / de Wit, J. / Begbie, J. / ...

履歴

登録	2017年7月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年8月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5oj6.cif.gz	269.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5oj6.ent.gz	208.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5oj6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5oj6_validation.pdf.gz	723.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5oj6_full_validation.pdf.gz	738.4 KB	表示
XML形式データ	5oj6_validation.xml.gz	42.9 KB	表示
CIF形式データ	5oj6_validation.cif.gz	58.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/5oj6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/5oj6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5oj2SC 5ojkC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7k8w-d 22535 7jzl-d 7k8y-d 7k8u-d 7808 7byr-d 7k8x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (4) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Neuroligin-1

B: MAM domain-containing glycosylphosphatidylinositol anchor protein 1

ヘテロ分子

169 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Neuroligin-1

B: MAM domain-containing glycosylphosphatidylinositol anchor protein 1

ヘテロ分子

A: Neuroligin-1

B: MAM domain-containing glycosylphosphatidylinositol anchor protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
338 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.420, 184.140, 96.470
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質

Neuroligin-1

分子量: 64397.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NLGN1, KIAA1070 / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI-/- / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N2Q7

#2: タンパク質

MAM domain-containing glycosylphosphatidylinositol anchor protein 1

分子量: 102143.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: MDGA1 / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI-/- / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q0WYX8

#3: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.84 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Na.HEPES pH 7.0, 7.5% w/v PEG8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→92.07 Å / Num. obs: 29576 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.5 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.6
反射シェル	解像度: 3.3→3.39 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 2080 / CC_1/2: 0.638 / R_rim(I) all: 1.063 / % possible all: 95.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2044:)	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5OJ2

5oj2

解像度: 3.3→72.362 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.59

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2771	1474	4.98 %
R_work	0.2269	-	-
obs	0.2294	29572	98.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.3→72.362 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9659	0	151	0	9810

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	10061
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.939	13737
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.487	6051
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	1569
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1774

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.3001-3.4066	0.3838	118	0.3181	2473	X-RAY DIFFRACTION	96
3.4066-3.5284	0.3657	138	0.2906	2527	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5284-3.6696	0.3426	135	0.2663	2535	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6696-3.8366	0.2906	147	0.2546	2519	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8366-4.0389	0.3015	151	0.2241	2534	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0389-4.2919	0.2616	121	0.1994	2545	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2919-4.6233	0.2084	119	0.189	2515	X-RAY DIFFRACTION	97
4.6233-5.0884	0.2546	130	0.1837	2557	X-RAY DIFFRACTION	98
5.0884-5.8244	0.2972	142	0.2035	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8244-7.3371	0.2579	142	0.2448	2620	X-RAY DIFFRACTION	99
7.3371-72.3795	0.2621	131	0.2352	2678	X-RAY DIFFRACTION	97

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関連情報:EMDBヘッダ

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