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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5oe9 | |||||||||
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タイトル | Structure of large terminase from the thermophilic bacteriophage D6E in complex with sulfate (Crystal form 2) | |||||||||
要素 | Large subunit terminase | |||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / large terminase | |||||||||
機能・相同性 | Bacteriophage terminase, large subunit / Terminase large subunit, T4likevirus-type, N-terminal / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Large subunit terminase 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Deep-sea thermophilic phage D6E (ファージ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Xu, R.G. / Jenkins, H.T. / Greive, S.J. / Antson, A.A. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017 タイトル: Structure of the large terminase from a hyperthermophilic virus reveals a unique mechanism for oligomerization and ATP hydrolysis. 著者: Xu, R.G. / Jenkins, H.T. / Antson, A.A. / Greive, S.J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5oe9.cif.gz | 255 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5oe9.ent.gz | 211.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5oe9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/5oe9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/5oe9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50166.492 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Deep-sea thermophilic phage D6E (ファージ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E5DV50 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.24 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 8.0 / PH範囲: 6.5-8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å | |||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月28日 | |||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9282 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.38→46.65 Å / Num. obs: 64217 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 13.5 / Num. measured all: 268569 / Scaling rejects: 5 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.4→46.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 10.911 / SU ML: 0.229 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.336 / ESU R Free: 0.233 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 162.52 Å2 / Biso mean: 69.991 Å2 / Biso min: 30 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.4→46.65 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.462 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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