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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5o6e | ||||||
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タイトル | Structure of ScPif1 in complex with TTTGGGTT and ADP-AlF4 | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Helicase SF1 ssDNA ATP analog | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 telomerase inhibitor activity / G-quadruplex DNA unwinding / G-quadruplex DNA binding / telomere maintenance via recombination / mitochondrial genome maintenance / replication fork reversal / 5'-3' DNA helicase activity / double-strand break repair via break-induced replication / DNA duplex unwinding / DNA unwinding involved in DNA replication ...telomerase inhibitor activity / G-quadruplex DNA unwinding / G-quadruplex DNA binding / telomere maintenance via recombination / mitochondrial genome maintenance / replication fork reversal / 5'-3' DNA helicase activity / double-strand break repair via break-induced replication / DNA duplex unwinding / DNA unwinding involved in DNA replication / nuclear replication fork / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / chromosome organization / DNA helicase activity / telomere maintenance / DNA複製 / ミトコンドリア / single-stranded DNA binding / ヘリカーゼ / DNA recombination / ミトコンドリア内膜 / DNA複製 / 核小体 / ATP hydrolysis activity / ミトコンドリア / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.345 Å | ||||||
データ登録者 | Lu, K.Y. / Chen, W.F. / Rety, S. / Liu, N.N. / Xu, X.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018 タイトル: Insights into the structural and mechanistic basis of multifunctional S. cerevisiae Pif1p helicase. 著者: Lu, K.Y. / Chen, W.F. / Rety, S. / Liu, N.N. / Wu, W.Q. / Dai, Y.X. / Li, D. / Ma, H.Y. / Dou, S.X. / Xi, X.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5o6e.cif.gz | 442.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5o6e.ent.gz | 364.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5o6e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/5o6e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/5o6e | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 61645.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: PIF1, TST1, YML061C, YM9958.01C / プラスミド: PET15b-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C2566H / 参照: UniProt: P07271, ヘリカーゼ #2: DNA鎖 | 分子量: 2134.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
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-非ポリマー , 4種, 7分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-CL / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.7 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M Tris-HCl 0.2M Na2SO4 15% PEG5000-MME |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.34→65.214 Å / Num. obs: 25042 / % possible obs: 92.65 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.2 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 17.23 |
反射 シェル | 解像度: 3.34→3.46 Å / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2.49 / Num. unique obs: 2024 / CC1/2: 0.86 / % possible all: 78.99 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5O6B 解像度: 3.345→65.214 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.99 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.345→65.214 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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