PDB-5mng: Cationic trypsin in complex with benzamidine (deuterated sample a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mng

タイトル

Cationic trypsin in complex with benzamidine (deuterated sample at 100 K)

要素

Cationic trypsin

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

hydrogen bonding (水素結合) /

protonation (プロトン化) / protein-ligand interaction

機能・相同性

機能・相同性情報

トリプシン /

serpin family protein binding /

serine protease inhibitor complex /

消化 /

endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity /

タンパク質分解 /

extracellular space /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.86 Å

データ登録者

Schiebel, J. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Intriguing role of water in protein-ligand binding studied by neutron crystallography on trypsin complexes.
著者: Schiebel, J. / Gaspari, R. / Wulsdorf, T. / Ngo, K. / Sohn, C. / Schrader, T.E. / Cavalli, A. / Ostermann, A. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2016年12月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年9月12日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.0	2021年8月4日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / struct_site Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _entity.formula_weight / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id
改定 2.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mng.cif.gz	148.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mng.ent.gz	117 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mng.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/5mng ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/5mng	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mneC 5mnfC 5mnhC 5mnnC 5mnoC 5mnqC 5mnzC 5mo0C 5mo2C 5mopC 5moqC 5mosC 4i8hS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qfh-2 6qhb-2 5yjk-d 6qh9-1 6skb-3 2bdi-14 5f6m-d 1h4w-d 4k5z-d 1o3i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (2) #53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (2) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cationic trypsin

ヘテロ分子

23.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.486, 58.177, 66.833
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cationic trypsin / Beta-trypsin 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, トリプシン
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン / ベンザミジン分子量: 120.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈N₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.83 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5, 17.5% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.7069 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.7069 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.86→43.881 Å / Num. obs: 179771 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.426 % / R_merge(I) obs: 0.031 / Net I/σ(I): 26.56
反射シェル	解像度: 0.86→0.91 Å / 冗長度: 6.316 % / R_merge(I) obs: 0.572 / Mean I/σ(I) obs: 3.22 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1-2155)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4I8H

4i8h

解像度: 0.86→24.672 Å / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 7.79

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1094	8986	5 %	Random selection
R_work	0.0991	-	-	-
obs	0.0997	179654	99.77 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.86→24.672 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1623	0	30	320	1973

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2071
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.168	2869
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.441	781
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1	304
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	399

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
0.8599-0.8697	0.193	289	0.188	5498	X-RAY DIFFRACTION	97
0.8697-0.8799	0.1823	297	0.1645	5658	X-RAY DIFFRACTION	100
0.8799-0.8906	0.1609	295	0.1497	5604	X-RAY DIFFRACTION	100
0.8906-0.9019	0.1492	297	0.1417	5629	X-RAY DIFFRACTION	100
0.9019-0.9138	0.1452	298	0.1334	5664	X-RAY DIFFRACTION	100
0.9138-0.9263	0.1304	298	0.1237	5656	X-RAY DIFFRACTION	100
0.9263-0.9395	0.1251	297	0.1137	5657	X-RAY DIFFRACTION	100
0.9395-0.9535	0.1089	298	0.103	5660	X-RAY DIFFRACTION	100
0.9535-0.9684	0.1102	297	0.0982	5639	X-RAY DIFFRACTION	100
0.9684-0.9843	0.101	299	0.0901	5676	X-RAY DIFFRACTION	100
0.9843-1.0013	0.095	296	0.0856	5623	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0013-1.0195	0.0946	299	0.0818	5669	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0195-1.0391	0.0882	299	0.0778	5681	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0391-1.0603	0.0951	296	0.0717	5629	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0603-1.0834	0.0805	300	0.0695	5697	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0834-1.1086	0.0753	298	0.0675	5652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1086-1.1363	0.0778	298	0.0648	5694	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1363-1.167	0.0726	299	0.0666	5671	X-RAY DIFFRACTION	100
1.167-1.2014	0.078	298	0.0703	5670	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2014-1.2401	0.0849	301	0.0747	5704	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2401-1.2845	0.0933	299	0.0789	5684	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2845-1.3359	0.0937	300	0.0824	5693	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3359-1.3967	0.1048	300	0.0874	5702	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3967-1.4703	0.0966	301	0.0854	5719	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4703-1.5624	0.0961	302	0.0851	5737	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5624-1.683	0.1024	302	0.0907	5718	X-RAY DIFFRACTION	100
1.683-1.8523	0.1028	304	0.0986	5772	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8523-2.1203	0.1088	303	0.1032	5771	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1203-2.6708	0.1132	309	0.1099	5846	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6708-24.682	0.1415	317	0.1257	5995	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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