PDB-5m7a: Blood group synthase AAGlyB in complex with UMP and cryoprotected...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5m7a

タイトル

Blood group synthase AAGlyB in complex with UMP and cryoprotected with PEG 3350

要素

Histo-blood group ABO system transferase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / blood group synthase /

glycosyltransferase (グリコシルトランスフェラーゼ) / dual-specificity / cis-AB mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

フコシルガラクトシド 3-α-ガラクトシルトランスフェラーゼ / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase activity /

fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase activity / ABO blood group biosynthesis / lipid glycosylation / Golgi cisterna membrane / protein glycosylation /

antigen binding / manganese ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.304 Å

データ登録者

Rocha, J. / Royant, A.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Blood group synthase AAGlyB in complex with UMP and cryoprotected with PEG 3350
著者: Rocha, J. / Batot, G.O. / Palcic, M.M. / Breton, C. / Royant, A.

履歴

登録	2016年10月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年11月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2024年1月17日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5m7a.cif.gz	201.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5m7a.ent.gz	161.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5m7a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/5m7a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/5m7a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zggS 3zgf 5m79 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4kc2-1 3ioj-d 3u0y-d 2rit-2 5c3a-1 5c8r-1 5c47-1 1vkh-d 5c4c-1 4frb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (7) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (2) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histo-blood group ABO system transferase

ヘテロ分子

35.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Histo-blood group ABO system transferase

ヘテロ分子

A: Histo-blood group ABO system transferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
70.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.853, 149.684, 79.835
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-772- HOH

#1: タンパク質	Histo-blood group ABO system transferase / Fucosylglycoprotein 3-alpha-galactosyltransferase / Fucosylglycoprotein alpha-N- ...Fucosylglycoprotein 3-alpha-galactosyltransferase / Fucosylglycoprotein alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / Glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / Glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-galactosyltransferase / Histo-blood group A transferase / A transferase / Histo-blood group B transferase / B transferase / NAGAT 分子量: 34654.008 Da / 分子数: 1 / 変異: L266G, G268A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P16442, glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase, フコシルガラクトシド 3-α-ガラクトシルトランスフェラーゼ
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-U5P / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / UMP / ウリジル酸分子量: 324.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₉P
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.01 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: MOPS buffer, manganese chloride, ammonium sulfate, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.304→42.28 Å / Num. obs: 76234 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 12.5
反射シェル	解像度: 1.3→1.37 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.773 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ZGG

3zgg

解像度: 1.304→37.421 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1811	3820	5.04 %
R_work	0.1451	-	-
obs	0.1469	75815	97.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.304→37.421 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2334	0	27	327	2688

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.018	2601
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.448	3556
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	25.982	972
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.398	378
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	459

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.304-1.3205	0.293	148	0.2553	2657	X-RAY DIFFRACTION	98
1.3205-1.3379	0.2651	124	0.2205	2677	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3379-1.3562	0.303	138	0.2233	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3562-1.3756	0.3716	112	0.2865	2527	X-RAY DIFFRACTION	94
1.3756-1.3961	0.2668	155	0.1993	2671	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3961-1.4179	0.2211	161	0.1758	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4179-1.4412	0.2762	148	0.2307	2643	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4412-1.466	0.2989	144	0.2489	2588	X-RAY DIFFRACTION	96
1.466-1.4927	0.2658	122	0.2291	2556	X-RAY DIFFRACTION	94
1.4927-1.5214	0.218	146	0.1937	2622	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5214-1.5525	0.2361	143	0.1683	2613	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5525-1.5862	0.1773	138	0.1204	2711	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5862-1.6231	0.1565	141	0.117	2664	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6231-1.6637	0.1565	144	0.1115	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6637-1.7087	0.1543	138	0.1149	2713	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7087-1.759	0.1653	151	0.1147	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
1.759-1.8158	0.1669	128	0.121	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8158-1.8806	0.166	147	0.129	2669	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8806-1.9559	0.1886	119	0.1552	2510	X-RAY DIFFRACTION	92
1.9559-2.045	0.1431	136	0.1288	2720	X-RAY DIFFRACTION	99
2.045-2.1528	0.1696	154	0.1281	2578	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1528-2.2876	0.1721	140	0.1216	2645	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2876-2.4642	0.1409	139	0.1235	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4642-2.7121	0.1596	169	0.1289	2687	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7121-3.1044	0.1818	156	0.1454	2725	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1044-3.9106	0.1689	147	0.1382	2749	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9106-37.4364	0.1694	132	0.1437	2900	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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