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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5m38 | ||||||
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タイトル | Structure of the TagL peptidoglycan binding domain from EAEC T6SS | ||||||
要素 | OmpA family protein | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / T6SS TagL Peptidoglycan binding domain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Cambillau, C. / Nguyen, V.S. / Spinelli, S. / Cascales, E. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of the TagL peptidoglycan binding domain from EAEC T6SS 著者: Cambillau, C. / Nguyen, V.S. / Cascales, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5m38.cif.gz | 141.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5m38.ent.gz | 113.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5m38.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/5m38 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/5m38 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3td5S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15093.977 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ACU81_04615 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0P7P0J8, UniProt: D3GUV9*PLUS #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.76 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: mixing protein solution (5 mg/ml) with 0.1 M imidazole pH 6.5, 1.2 M NaAc PH範囲: 6.0 - 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8729 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8729 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→45.1 Å / Num. obs: 25065 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 97.22 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 18.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.71 Å / 冗長度: 9.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / CC1/2: 0.53 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3TD5 解像度: 2.6→45.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9333 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9347 / SU R Cruickshank DPI: 0.247 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.259 / SU Rfree Blow DPI: 0.202 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.199
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原子変位パラメータ | Biso mean: 85.38 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.434 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.6→45.1 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.71 Å / Total num. of bins used: 13
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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