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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5m1x | ||||||
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タイトル | Crystal structure of S. cerevisiae Rfa1 N-OB domain mutant (K45E) | ||||||
要素 | Replication factor A protein 1 | ||||||
キーワード | REPLICATION (DNA複製) / OB fold | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 heteroduplex formation / 胞子 / DNA replication factor A complex / telomere maintenance via telomere lengthening / mitotic recombination / telomere maintenance via recombination / reciprocal meiotic recombination / DNA unwinding involved in DNA replication / DNA topological change / telomere maintenance via telomerase ...heteroduplex formation / 胞子 / DNA replication factor A complex / telomere maintenance via telomere lengthening / mitotic recombination / telomere maintenance via recombination / reciprocal meiotic recombination / DNA unwinding involved in DNA replication / DNA topological change / telomere maintenance via telomerase / telomere maintenance / condensed nuclear chromosome / nucleotide-excision repair / double-strand break repair via homologous recombination / establishment of protein localization / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / DNA複製 / chromosome, telomeric region / protein ubiquitination / mRNA binding / DNA修復 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Seeber, A. / Hegnauer, A.M. / Hustedt, N. / Deshpande, I. / Poli, J. / Eglinger, J. / Pasero, P. / Gut, H. / Shinohara, M. / Hopfner, K.P. ...Seeber, A. / Hegnauer, A.M. / Hustedt, N. / Deshpande, I. / Poli, J. / Eglinger, J. / Pasero, P. / Gut, H. / Shinohara, M. / Hopfner, K.P. / Shimada, K. / Gasser, S.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2016 タイトル: RPA Mediates Recruitment of MRX to Forks and Double-Strand Breaks to Hold Sister Chromatids Together. 著者: Seeber, A. / Hegnauer, A.M. / Hustedt, N. / Deshpande, I. / Poli, J. / Eglinger, J. / Pasero, P. / Gut, H. / Shinohara, M. / Hopfner, K.P. / Shimada, K. / Gasser, S.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5m1x.cif.gz | 226.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5m1x.ent.gz | 192 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5m1x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/5m1x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/5m1x | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15616.754 Da / 分子数: 4 / 変異: K45E / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 遺伝子: RFA1, BUF2, RPA1, YAR007C, FUN3 / プラスミド: pOPINF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P22336 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.11 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 200 mM ammonium fluoride 20 % (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月5日 / 詳細: Mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→44.26 Å / Num. obs: 80762 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 23.08 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 8.02 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 1.74 / CC1/2: 0.68 / % possible all: 86.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→44.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9467 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9243 / SU R Cruickshank DPI: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.135 / SU Rfree Blow DPI: 0.129 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.129 詳細: Experimental details report unique reflections for unmerged Friedel pairs. Refinement was carried out on the same data with merged Friedel pairs. Automatic form factor correction at 0.97941 A ...詳細: Experimental details report unique reflections for unmerged Friedel pairs. Refinement was carried out on the same data with merged Friedel pairs. Automatic form factor correction at 0.97941 A was used for Se atoms in Buster.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 31.72 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.209 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.8→44.26 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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