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万見
- PDB-5m1p: Crystal structure of the large terminase nuclease from thermophil... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m1p
タイトルCrystal structure of the large terminase nuclease from thermophilic phage G20c with bound Calcium
要素Terminase large subunit
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / large terminase / nuclease domain (ヌクレアーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


viral terminase, large subunit / viral DNA genome packaging / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / chromosome organization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / endonuclease activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nucleotidyltransferase; domain 5 - #240 / Terminase, large subunit, gp17-like / Terminase, large subunit gp17-like, C-terminal / Terminase RNaseH-like domain / Terminase large subunit, T4likevirus-type, N-terminal / Nucleotidyltransferase; domain 5 / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Terminase, large subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus phage G20c (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Xu, R.G. / Jenkins, H.T. / Chechik, M. / Blagova, E.V. / Greive, S.J. / Antson, A.A.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust098230 英国
Wellcome Trust101528 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: Viral genome packaging terminase cleaves DNA using the canonical RuvC-like two-metal catalysis mechanism.
著者: Xu, R.G. / Jenkins, H.T. / Chechik, M. / Blagova, E.V. / Lopatina, A. / Klimuk, E. / Minakhin, L. / Severinov, K. / Greive, S.J. / Antson, A.A.
履歴
登録2016年10月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月18日Group: Atomic model
改定 1.22017年2月1日Group: Database references
改定 1.32017年5月3日Group: Database references
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Terminase large subunit
B: Terminase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4304
ポリマ－42,3502
非ポリマー802
水7,566420
1
A: Terminase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2152
ポリマ－21,1751
非ポリマー401
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Terminase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2152
ポリマ－21,1751
非ポリマー401
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.453, 53.597, 69.852
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.800, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Terminase large subunit


分子量: 21174.803 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: scientific_name: 'Thermus phage G20c' ncbi_taxonomy_id: 1406341 The same as entry.id 4XVN
由来: (組換発現) Thermus phage G20c (ファージ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1L4BKS3*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium Tartrate, 0.1 M Bis-tris pH 5.5-6.5, 20% PEG 3350
PH範囲: 5.5-6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→43.43 Å / Num. obs: 129065 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 6.5 / Num. measured all: 409240
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.1-1.1230.970.401199.4
6.02-43.433.40.0460.994199.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.27データスケーリング
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.1→43.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 0.946 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.044 / ESU R Free: 0.043 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2348 6288 4.9 %RANDOM
Rwork0.2222 ---
obs0.2229 122752 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 41.46 Å2 / Biso mean: 12.938 Å2 / Biso min: 7.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.84 Å20 Å2-0.15 Å2
2---0.21 Å20 Å2
3----0.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.1→43.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2910 0 2 428 3340
Biso mean--12.63 21.77 -
残基数----376
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0192965
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022765
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.241.9594026
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86436325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.895374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.41324140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.73315477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.1151521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2450
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023423
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02690
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5651.1731502
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5621.1731501
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9271.761874
LS精密化 シェル解像度: 1.1→1.129 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 469 -
Rwork0.334 9069 -
all-9538 -
obs--99.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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