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- PDB-5m10: Crystal structure of cyclohexanone monooxygenase from Thermocrisp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m10
タイトルCrystal structure of cyclohexanone monooxygenase from Thermocrispum municipale in the oxidised state with a bound nicotinamide.
要素Cyclohexanone Monooxygenase from Thermocrispum municipaleシクロヘキサノンモノオキシゲナーゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Cyclohexanone monooxygenase Baeyer-Villiger monooxygenases Flavoenzymes
機能・相同性
機能・相同性情報


シクロヘキサノンモノオキシゲナーゼ / cyclohexanone monooxygenase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
フラビンアデニンジヌクレオチド / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / ニコチンアミド / Cyclohexanone Monooxygenase from Thermocrispum municipale
類似検索 - 構成要素
生物種Thermocrispum municipale (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.22 Å
データ登録者Gomez-Castellanos, J.R. / Mattevi, A.
資金援助1件
組織認可番号国
EU Horizon 2020 Programme Research and Innovation actions H2020-LEIT BIO-2014-1635734
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2016
タイトル: Characterization and Crystal Structure of a Robust Cyclohexanone Monooxygenase.
著者: Romero, E. / Castellanos, J.R. / Mattevi, A. / Fraaije, M.W.
履歴
登録2016年10月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月21日Group: Database references
改定 1.22020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclohexanone Monooxygenase from Thermocrispum municipale
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,55111
ポリマ－60,1951
非ポリマー2,35610
水10,142563
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4560 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area20190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.840, 113.630, 155.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cyclohexanone Monooxygenase from Thermocrispum municipale / シクロヘキサノンモノオキシゲナーゼ


分子量: 60195.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermocrispum municipale (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): str. K-12 substr. DH10B
参照: UniProt: A0A1L1QK40*PLUS, シクロヘキサノンモノオキシゲナーゼ

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非ポリマー , 6種, 573分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 化合物 ChemComp-NCA / NICOTINAMIDE / ニコチンアミド / ニコチンアミド


分子量: 122.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6N2O / コメント: 薬剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 563 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.46 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 100 mM Tris-HCl, 30 % PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 273.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.22→38.93 Å / Num. obs: 168622 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 9.86 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 8.36
反射 シェル解像度: 1.22→1.26 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.551 / Mean I/σ(I) obs: 1.21 / CC1/2: 0.701 / % possible all: 87

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP11.4.03位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.22→38.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.984 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.976 / SU B: 1.804 / SU ML: 0.032 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.034 / ESU R Free: 0.037 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16504 5115 3 %RANDOM
Rwork0.13086 168273 --
obs0.1319 163445 93.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 15.472 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.52 Å2-0 Å20 Å2
2---0.14 Å2-0 Å2
3---0.66 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.22→38.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4154 0 156 563 4873
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0320.0194597
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024192
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.781.9826290
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.29139658
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6165578
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.47123.636220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.7615716
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0151538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2690.2673
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0180.0215299
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021108
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.791.2462209
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7741.2422206
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.081.882787
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0941.8812788
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3651.5742388
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.3621.5742388
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.9062.2483493
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.36316.3965536
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.16215.765400
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.88838788
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free26.2965338
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded12.53358888
LS精密化 シェル解像度: 1.22→1.252 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 298 -
Rwork0.282 15418 -
obs--86.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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