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- PDB-5lzi: Porcine heat-labile enterotoxin R13H in complex with inhibitor MM146 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lzi
タイトルPorcine heat-labile enterotoxin R13H in complex with inhibitor MM146
要素Heat-labile enterotoxin B chain
キーワードTOXIN (毒素) / heat-labile enterotoxin / inhibitor (酵素阻害剤) / cholera (コレラ)
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / killing of cells of another organism / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Heat-labile enterotoxin, B chain / Heat-labile enterotoxin beta chain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / エンテロトキシン / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7BQ / Chem-7DB / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / リン酸塩 / Heat-labile enterotoxin B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Heggelund, J.E. / Mackenzie, A. / Krengel, U.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Towards new cholera prophylactics and treatment: Crystal structures of bacterial enterotoxins in complex with GM1 mimics.
著者: Heggelund, J.E. / Mackenzie, A. / Martinsen, T. / Benjamin Heim, J. / Cheshev, P. / Bernardi, A. / Krengel, U.
履歴
登録2016年9月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月7日Group: Database references
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heat-labile enterotoxin B chain
B: Heat-labile enterotoxin B chain
C: Heat-labile enterotoxin B chain
D: Heat-labile enterotoxin B chain
E: Heat-labile enterotoxin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,37817
ポリマ－58,9425
非ポリマー4,43512
水14,592810
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14750 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area22400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.170, 75.870, 125.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
Heat-labile enterotoxin B chain / LT-B / porcine / LTP-B


分子量: 11788.492 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: eltB, ltpB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P32890

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非ポリマー , 6種, 822分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-7BQ / (2~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-5-acetamido-2-[4-[(2~{R})-3-[2-[(2~{S},3~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]ethylamino]-3-oxidanylidene-2-(2-phenylethanoylamino)propyl]-1,2,3-triazol-1-yl]-4-oxidanyl-6-[(1~{R},2~{R})-1,2,3-tris(oxidanyl)propyl]oxane-2-carboxylic acid


分子量: 754.739 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H46N6O15
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3
#5: 化合物
ChemComp-7DB / (2~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-5-acetamido-2-[4-[(2~{S})-3-[2-[(2~{S},3~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]ethylamino]-3-oxidanylidene-2-(2-phenylethanoylamino)propyl]-1,2,3-triazol-1-yl]-4-oxidanyl-6-[(1~{R},2~{R})-1,2,3-tris(oxidanyl)propyl]oxane-2-carboxylic acid


分子量: 754.739 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H46N6O15
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 810 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: Sodium cacodylate, PEG

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→29.2 Å / Num. obs: 74271 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 2.9 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.219 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / CC1/2: 0.902 / % possible all: 61.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0155精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EFI

1efi


解像度: 1.6→29.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1758 3766 5.1 %RANDOM
Rwork0.147 70449 --
obs0.1485 74215 92.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 67.76 Å2 / Biso mean: 17.9038 Å2 / Biso min: 5.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.26 Å20 Å20 Å2
2--0.19 Å20 Å2
3----0.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→29.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4115 0 307 810 5232
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.024736
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.024509
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2362.0376436
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.5893.02310512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0845552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.53325.879182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.46715881
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg29.2531515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.2769
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0215067
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0250.02956
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1271.0342166
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1261.0342166
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6311.5382720
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 186 -
Rwork0.216 3482 -
all-3668 -
obs--62.66 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.29480.4042-0.24960.8112-0.34430.95710.0081-0.0505-0.01150.04590.0112-0.1145-0.01570.1137-0.01930.00280.0018-0.00730.0193-0.01310.023297.25183.63935.386
20.9650.25050.18140.64140.19611.8787-0.04440.1334-0.0318-0.1270.0554-0.0543-0.06120.1515-0.01090.0281-0.01620.01570.0362-0.00950.026199.19582.39813.491
31.50610.16170.37970.47540.12041.41370.03210.0471-0.0283-0.023-0.00920.0339-0.0417-0.0375-0.0230.02890.00540.0030.0134-0.00220.005179.84575.8525.362
41.1909-0.1081-0.6380.65970.40411.638-0.0069-0.0126-0.07120.0329-0.02470.06410.0761-0.16660.03160.0091-0.0128-0.00580.0419-0.0010.029165.85173.18422.145
51.14820.27860.16620.56390.3781.6638-0.018-0.0685-0.0240.0706-0.00340.0050.0506-0.03420.02130.01370.00750.00510.01470.00780.005476.6277840.77
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 103
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 103
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 103
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 103
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 103

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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