+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5l71 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of mouse phospholipid hydroperoxide glutathione peroxidase 4 (GPx4) | ||||||
要素 | Phospholipid hydroperoxide glutathione peroxidase, mitochondrial | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / phospholipid hydroperoxide glutathione peroxidase 4 (GPx4) / selenocysteine (セレノシステイン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Synthesis of 12-eicosatetraenoic acid derivatives / Biosynthesis of D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(S)-resolvins / Biosynthesis of aspirin-triggered D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(R)-resolvins / リン脂質-ヒドロペルオキシドグルタチオンペルオキシダーゼ / phospholipid-hydroperoxide glutathione peroxidase activity / negative regulation of ferroptosis / selenium binding / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives ...Synthesis of 12-eicosatetraenoic acid derivatives / Biosynthesis of D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(S)-resolvins / Biosynthesis of aspirin-triggered D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(R)-resolvins / リン脂質-ヒドロペルオキシドグルタチオンペルオキシダーゼ / phospholipid-hydroperoxide glutathione peroxidase activity / negative regulation of ferroptosis / selenium binding / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / lipoxygenase pathway / : / arachidonic acid metabolic process / multicellular organism development / glutathione peroxidase activity / protein polymerization / glutathione metabolic process / peroxidase activity / response to estradiol / 核膜 / chromatin organization / regulation of inflammatory response / 精子形成 / ミトコンドリア内膜 / response to oxidative stress / protein-containing complex / ミトコンドリア / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Janowski, R. / Scanu, S. / Madl, T. / Niessing, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2016 タイトル: Crystal and solution structural studies of mouse phospholipid hydroperoxide glutathione peroxidase 4. 著者: Janowski, R. / Scanu, S. / Niessing, D. / Madl, T. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5l71.cif.gz | 86.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5l71.ent.gz | 64.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5l71.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/5l71 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/5l71 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 2obiS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19559.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gpx4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O70325, リン脂質-ヒドロペルオキシドグルタチオンペルオキシダーゼ | ||
---|---|---|---|
#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.03 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 292 K / 手法: small tubes / pH: 6.5 / 詳細: 100 mM MES, 5 mM TCEP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99999 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99999 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→100 Å / Num. obs: 23549 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 21.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 4.09 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2OBI 解像度: 1.8→53.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 4.985 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.093 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.24 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.8→53.05 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|