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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5l6w | ||||||
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タイトル | Structure Of the LIMK1-ATPgammaS-CFL1 Complex | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / kinase complex (キナーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 actin filament fragmentation / positive regulation of embryonic development / establishment of spindle localization / positive regulation of actin filament bundle assembly / actin filament severing / regulation of dendritic spine morphogenesis / negative regulation of ubiquitin-protein transferase activity / positive regulation by host of viral process / actin filament depolymerization / RHO GTPases Activate ROCKs ...actin filament fragmentation / positive regulation of embryonic development / establishment of spindle localization / positive regulation of actin filament bundle assembly / actin filament severing / regulation of dendritic spine morphogenesis / negative regulation of ubiquitin-protein transferase activity / positive regulation by host of viral process / actin filament depolymerization / RHO GTPases Activate ROCKs / axon extension / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / regulation of cell morphogenesis / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / stress fiber assembly / RHO GTPases activate PAKs / lamellipodium membrane / mitotic cytokinesis / Rho protein signal transduction / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / positive regulation of axon extension / positive regulation of stress fiber assembly / cytoskeleton organization / EPHB-mediated forward signaling / heat shock protein binding / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / male germ cell nucleus / response to virus / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / ruffle membrane / nuclear matrix / actin filament binding / マイクロフィラメント / Platelet degranulation / lamellipodium / nervous system development / 成長円錐 / actin cytoskeleton organization / vesicle / 細胞骨格 / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / neuron projection / nuclear speck / protein phosphorylation / focal adhesion / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of apoptotic process / シグナル伝達 / extracellular space / extracellular exosome / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.53 Å | ||||||
データ登録者 | Salah, E. / Mathea, S. / Oerum, S. / Newman, J.A. / Tallant, C. / Adamson, R. / Canning, P. / Beltrami, A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. ...Salah, E. / Mathea, S. / Oerum, S. / Newman, J.A. / Tallant, C. / Adamson, R. / Canning, P. / Beltrami, A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Knapp, S. / Bullock, A.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure Of the LIMK1-ATPgammaS-CFL1 Complex 著者: Salah, E. / Bullock, A.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5l6w.cif.gz | 103 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5l6w.ent.gz | 75.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5l6w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/5l6w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/5l6w | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35994.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LIMK1, LIMK 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P53667, non-specific serine/threonine protein kinase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 18635.674 Da / 分子数: 1 / Mutation: S3C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFL1, CFL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23528 |
#3: 化合物 | ChemComp-AGS / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.9 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 35% pentaerythritol propoxylate 5/4, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M potassium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.53→34.94 Å / Num. obs: 30888 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.2 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 19.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1Q8G, 3S95 解像度: 2.53→34.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 12.737 / SU ML: 0.254 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.27 / ESU R Free: 0.249 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 88.725 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.53→34.94 Å
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拘束条件 |
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