PDB-5l6h: Uba1 in complex with Ub-ABPA3 covalent adduct

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5l6h

タイトル

Uba1 in complex with Ub-ABPA3 covalent adduct

要素

Ubiquitin-40S ribosomal protein S31
Ubiquitin-activating enzyme E1 1

キーワード

LIGASE (リガーゼ) /

E1 enzyme (ユビキチン活性化酵素) / ubiquitin activation / Uba1 inhibitor / adenosyl sulfamate

機能・相同性

機能・相同性情報

ユビキチン活性化酵素 /

Neddylation / ubiquitin activating enzyme activity / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / modification-dependent protein catabolic process /

protein tag activity /

ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit /

リボソーム生合成 / cytoplasmic translation ...
類似検索 - 分子機能

Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 2 / Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, UFD domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, conserved site / Ubiquitin-activating enzyme signature 1. / Ubiquitin-activating enzyme E1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain ...Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 2 / Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, UFD domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, conserved site / Ubiquitin-activating enzyme signature 1. / Ubiquitin-activating enzyme E1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal domain superfamily / Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain superfamily / Ubiquitin fold domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme e1 C-terminal domain /

Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain /

Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain / Ubiquitin/SUMO-activating enzyme E1-like / Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, Cys active site / Ubiquitin-activating enzyme active site. / ThiF/MoeB/HesA family /

ユビキチン活性化酵素 / THIF-type NAD/FAD binding fold /

ThiF family / Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A / S27a-like superfamily /

Ribosomal protein S27a /

Ribosomal protein S27a / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / FAD/NAD(P)-binding domain / Ubiquitin conserved site /

Ubiquitin domain / 3-Layer(bba) Sandwich / Ubiquitin domain signature. /

Ubiquitin family / Ubiquitin homologues /

ユビキチン様タンパク質 / Ubiquitin domain profile. / Zinc-binding ribosomal protein / Arc Repressor Mutant, subunit A / Ubiquitin-like domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Roll /

Βバレル /

ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Misra, M. / Schindelin, H.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Dissecting the Specificity of Adenosyl Sulfamate Inhibitors Targeting the Ubiquitin-Activating Enzyme.
著者: Misra, M. / Kuhn, M. / Lobel, M. / An, H. / Statsyuk, A.V. / Sotriffer, C. / Schindelin, H.

履歴

登録	2016年5月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2017年6月14日	ID: 3CMM, 4NNJ
改定 1.0	2017年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年7月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5l6h.cif.gz	927.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5l6h.ent.gz	764.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5l6h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/5l6h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/5l6h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5l6iC 5l6jC 4nnjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7k7y-2 5ali-1 3i1y-1 4y2s-1 5l6i-1 1zd5-1 5aki-1 5akz-1 5alg-1 5ak3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (5) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (5) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Ubiquitin-activating enzyme E1 1

B: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31

C: Ubiquitin-activating enzyme E1 1

D: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31

E: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31

ヘテロ分子

257 kDa, 5 ポリマー
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1

A: Ubiquitin-activating enzyme E1 1

B: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
124 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Ubiquitin-activating enzyme E1 1

D: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31

E: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
133 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.048, 194.098, 230.172
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
1	2	B
2	2	D
1	3	B
2	3	E
1	4	D
2	4	E

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	HIS	HIS	A	A	11 - 1023	11 - 1023
2	1	ALA	ALA	HIS	HIS	C	C	11 - 1023	11 - 1023
1	2	MET	MET	GLY	GLY	B	B	1 - 76	1 - 76
2	2	MET	MET	GLY	GLY	D	D	1 - 76	1 - 76
1	3	MET	MET	LEU	LEU	B	B	1 - 71	1 - 71
2	3	MET	MET	LEU	LEU	E	E	1 - 71	1 - 71
1	4	MET	MET	LEU	LEU	D	D	1 - 71	1 - 71
2	4	MET	MET	LEU	LEU	E	E	1 - 71	1 - 71

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

-
タンパク質 , 2種, 5分子 ACBDE

#1: タンパク質	Ubiquitin-activating enzyme E1 1 分子量: 114409.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: UBA1, YKL210W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22515, ユビキチン活性化酵素
#2: タンパク質	Ubiquitin-40S ribosomal protein S31 分子量: 8568.769 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RPS31, RPS37, UBI3, YLR167W, L9470.14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05759

-
非ポリマー , 7種, 1016分子

#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-6O2 / [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[6-[(3-ethynylphenyl)amino]purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl sulfamate / ABPA3 分子量: 446.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₈N₆O₆S
#7: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#9: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 991 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.1 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.2M lithium sulfate, 0.1M bis-tris, 15% peg 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9686 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 143279 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.5 % / R_sym value: 0.107 / Net I/σ(I): 13.3
反射シェル	最高解像度: 2.3 Å / R_sym value: 1.866

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4NNJ

4nnj

解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 14.453 / SU ML: 0.169 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.228 / ESU R Free: 0.191 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21837	7006	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1725	-	-	-
obs	0.17475	135949	99.23 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.126 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.32 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.3→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17654	0	151	991	18796

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.019	18369
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.02	17550
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.216	1.978	24881
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.533	3	40619
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.81	5	2296
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.816	25.388	876
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.331	15	3290
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.828	15	84
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.128	0.2	2795
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	20786
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	4036
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.722	2.621	9016
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.715	2.621	9014
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.695	3.926	11276
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.695	3.926	11277
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.505	2.907	9353
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.504	2.908	9354
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.964	4.24	13576
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.968	21.331	20760
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.957	20.895	20431
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	127604	0.07
1	2	C	127604	0.07
2	1	B	9518	0.09
2	2	D	9518	0.09
3	1	B	8730	0.13
3	2	E	8730	0.13
4	1	D	8554	0.14
4	2	E	8554	0.14

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.304	525	-
R_work	0.309	9850	-
obs	-	-	99.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6462	0.3707	0.0268	1.297	-0.0347	0.6037	-0.0124	0.006	0.0436	-0.1307	-0.034	0.4411	0.0425	-0.1575	0.0464	0.2612	0.019	-0.0581	0.2581	-0.0013	0.1653	-20.5989	27.9951	-42.3596
2	5.0642	2.3983	1.4603	5.2265	1.0775	2.6068	-0.0714	0.1373	0.0705	-0.1186	0.0177	-0.3006	-0.149	0.3239	0.0537	0.1826	0.0153	0.0254	0.253	0.0622	0.0661	3.2098	57.0429	-42.0816
3	0.618	-0.2083	0.0959	1.3755	0.4777	0.935	0.0029	-0.0459	-0.1822	0.0564	0.0279	0.051	0.1297	0.0155	-0.0309	0.1856	0.0152	0.0001	0.2321	0.0415	0.0572	-8.0317	18.2852	-31.6048
4	1.7667	0.5543	-1.4601	3.7606	-1.4213	4.1003	-0.0737	-0.6298	0.1423	0.4398	-0.0854	-0.3877	-0.2797	0.4544	0.1592	0.3756	0.0544	-0.0286	0.3959	-0.045	0.0829	-10.5299	61.9742	-4.9713
5	0.3399	-0.4088	0.147	0.9844	0.2956	0.6581	-0.0173	-0.0527	-0.0736	0.1203	0.0111	0.1021	0.0215	-0.049	0.0062	0.218	0.0182	0.0287	0.2405	0.0338	0.0274	-5.2654	32.9453	-22.3732
6	2.8949	0.6326	1.5337	1.8368	0.0704	4.9404	0.0429	-0.3028	0.3052	0.279	0.1075	0.1482	-0.3273	-0.437	-0.1504	0.4254	0.1196	-0.0243	0.2804	0.0183	0.1343	17.906	15.2414	3.0067
7	5.1837	0.5289	0.5212	6.8195	0.3677	2.406	0.0092	0.2409	0.1107	-0.301	0.0423	-0.8025	-0.0017	0.3101	-0.0516	0.2054	0.0371	0.0171	0.2844	0.0422	0.2149	15.2899	31.6651	-37.5667
8	5.8325	2.1634	-1.8458	1.2998	-1.6263	2.3945	-0.0212	-0.1257	0.2234	-0.0432	-0.1173	-0.0493	0.0856	0.2117	0.1385	0.2473	0.0796	-0.0166	0.1849	-0.018	0.1104	3.3782	30.8378	-31.1192
9	2.4051	0.1429	-0.1275	1.0873	0.1418	1.8602	-0.092	-0.2471	-0.0499	0.2351	0.0776	0.2778	0.1147	-0.0625	0.0144	0.201	0.0415	0.0472	0.2252	0.0635	0.0828	-35.9957	64.5221	-39.8007
10	3.57	-1.6516	-1.9878	4.4019	1.5031	4.0626	0.0612	0.2348	-0.1166	-0.5298	0.0326	-0.5703	0.2154	0.5344	-0.0938	0.2853	0.0304	0.0489	0.3755	0.0178	0.1643	-2.9255	52.1313	-60.2511
11	1.3232	-0.5018	0.3918	1.6449	-0.0905	1.5306	-0.059	-0.0179	0.1782	0.0607	0.0532	0.0599	-0.2938	-0.0074	0.0058	0.1988	0.0212	0.0293	0.2104	0.0557	0.0536	-36.0311	79.3003	-51.1092
12	0.1193	-0.2785	0.1561	2.7309	-0.0885	0.2669	0.1356	0.1752	0.0414	-0.8494	-0.1321	-0.4132	0.1071	0.209	-0.0035	0.4395	0.0609	0.0904	0.4466	0.0704	0.0819	-28.3122	64.374	-75.0021
13	3.9298	-1.1312	1.6714	2.6067	-0.0277	2.5333	0.1654	0.7763	-0.1025	-0.644	-0.0791	-0.0953	0.3994	0.2121	-0.0863	0.5907	0.0679	-0.0934	0.4223	-0.0507	0.0891	-29.0465	34.2307	-83.0707
14	0.3634	0.1001	0.1322	0.2271	-0.0288	1.4747	0.0149	0.1185	0.0074	-0.0065	-0.0198	-0.0346	-0.1573	0.1328	0.0049	0.1669	0.0006	0.0057	0.2641	0.0501	0.0191	-27.6989	72.8947	-65.2646
15	3.62	0.6875	-0.5336	1.9897	-0.2568	4.9842	0.0665	0.1521	-0.2506	-0.133	0.015	0.2161	0.2621	-0.4266	-0.0815	0.3007	0.027	0.0043	0.2702	0.0686	0.0959	-38.2963	88.0888	-98.2918
16	4.4351	-2.614	-0.861	6.7598	-1.1781	4.3486	0.1057	0.0005	0.5551	-0.277	-0.0264	-0.8948	-0.3563	0.4073	-0.0794	0.2603	-0.0482	0.0881	0.385	0.0693	0.2874	-8.8415	77.7541	-66.8707
17	12.2661	2.9804	3.1343	1.2369	-0.0353	2.0732	0.0366	-0.091	-0.592	-0.1167	-0.0477	-0.2875	0.1304	0.0253	0.0111	0.3132	0.0204	0.0876	0.2372	0.0074	0.2312	-20.6879	71.209	-65.4698
18	0.3716	-1.2524	0.1273	7.1526	-1.1821	0.2429	-0.1974	0.302	-0.3073	-0.5532	0.1464	0.1875	0.2026	-0.2683	0.051	1.4289	-0.0743	0.1387	1.5565	-0.1762	1.437	8.8464	59.4716	-81.7522

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	10 - 197
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	198 - 264
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	265 - 624
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	625 - 810
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	811 - 925
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	926 - 1024
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1 - 65
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	66 - 76
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	11 - 166
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	167 - 264
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	265 - 545
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	546 - 624
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	625 - 844
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	845 - 925
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	926 - 1024
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	1 - 65
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	66 - 76
18	X-RAY DIFFRACTION	18	E	1 - 72

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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