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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5l1d | |||||||||
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タイトル | Structure of rabbit RyR2 in complex with FKBP12.6 in a closed state (conformation C1) | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN/ISOMERASE / Calcium Release Channel / Ryanodine Receptor / TRANSPORT PROTEIN-ISOMERASE complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of sequestering of calcium ion / cyclic nucleotide binding / negative regulation of calcium-mediated signaling / negative regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / negative regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / neuronal action potential propagation / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / response to redox state / protein maturation by protein folding / 'de novo' protein folding ...positive regulation of sequestering of calcium ion / cyclic nucleotide binding / negative regulation of calcium-mediated signaling / negative regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / negative regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / neuronal action potential propagation / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / response to redox state / protein maturation by protein folding / 'de novo' protein folding / negative regulation of heart rate / FK506 binding / positive regulation of axon regeneration / channel regulator activity / smooth muscle contraction / response to vitamin E / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / calcium channel inhibitor activity / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / T cell proliferation / release of sequestered calcium ion into cytosol / Ion homeostasis / regulation of cytosolic calcium ion concentration / sarcoplasmic reticulum membrane / calcium channel complex / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / calcium-mediated signaling / response to hydrogen peroxide / Stimuli-sensing channels / Z disc / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / protein refolding / transmembrane transporter binding / signaling receptor binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11 Å | |||||||||
データ登録者 | Dhindwal, S. / Lobo, J.J. / Samso, M. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Sci Signal / 年: 2017 タイトル: A cryo-EM-based model of phosphorylation- and FKBP12.6-mediated allosterism of the cardiac ryanodine receptor. 著者: Sonali Dhindwal / Joshua Lobo / Vanessa Cabra / Demetrio J Santiago / Ashok R Nayak / Kelly Dryden / Montserrat Samsó / 要旨: Type 2 ryanodine receptors (RyR2s) are calcium channels that play a vital role in triggering cardiac muscle contraction by releasing calcium from the sarcoplasmic reticulum into the cytoplasm. ...Type 2 ryanodine receptors (RyR2s) are calcium channels that play a vital role in triggering cardiac muscle contraction by releasing calcium from the sarcoplasmic reticulum into the cytoplasm. Several cardiomyopathies are associated with the abnormal functioning of RyR2. We determined the three-dimensional structure of rabbit RyR2 in complex with the regulatory protein FKBP12.6 in the closed state at 11.8 Å resolution using cryo-electron microscopy and built an atomic model of RyR2. The heterogeneity in the data set revealed two RyR2 conformations that we proposed to be related to the extent of phosphorylation of the P2 domain. Because the more flexible conformation may correspond to RyR2 with a phosphorylated P2 domain, we suggest that phosphorylation may set RyR2 in a conformation that needs less energy to transition to the open state. Comparison of RyR2 from cardiac muscle and RyR1 from skeletal muscle showed substantial structural differences between the two, especially in the helical domain 2 (HD2) structure forming the Clamp domain, which participates in quaternary interactions with the dihydropyridine receptor and neighboring RyRs in RyR1 but not in RyR2. Rigidity of the HD2 domain of RyR2 was enhanced by binding of FKBP12.6, a ligand that stabilizes RyR2 in the closed state. These results help to decipher the molecular basis of the different mechanisms of activation and oligomerization of the RyR isoforms and could be extended to RyR complexes in other tissues. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5l1d.cif.gz | 2.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5l1d.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 5l1d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5l1d_validation.pdf.gz | 914.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5l1d_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5l1d_validation.xml.gz | 301.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5l1d_validation.cif.gz | 504.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l1/5l1d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l1/5l1d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 487120.906 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) #2: タンパク質 | 分子量: 17645.984 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP1B, FKBP12.6, FKBP1L, FKBP9, OTK4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P68106, peptidylprolyl isomerase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Ryanodine Receptor - FKBP12.6 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES | ||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 2.26 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 1x Protease Inhibitor cocktail | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 295.15 K 詳細: Blot for 2 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV). |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 59000 X / 倍率(補正後): 62000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 6000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1.2 sec. / 電子線照射量: 20 e/Å2 / 検出モード: OTHER フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 858 |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 15 µm / 横: 4096 / 縦: 4096 / 動画フレーム数/画像: 7 / 利用したフレーム数/画像: 1-7 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0135 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 13600 詳細: Used Relion 1.3 to auto-pick the particles. Inspected each micrograph for false positives. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C4 (4回回転対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 13158 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 詳細: FREALIGN half maps were used to calculate FSC. / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: RECIPROCAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 11→11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / SU B: 505.233 / SU ML: 2.74 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 461.311 Å2
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拘束条件 |
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