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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5knp | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis hypoxanthine guanine phosphoribosyltransferase in complex with [3S,4R]-(4-(Hypoxanthin-9-yl)pyrrolidin-3-yl)-oxymethanephosphonic acid | ||||||
要素 | Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferaseヒポキサンチン-グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/INHIBITOR / inhibitor (酵素阻害剤) / complex / phosphoribosyltransferase / nucleoside phosphonates / TRANSFERASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 IMP biosynthetic process / guanine salvage / purine-containing compound salvage / hypoxanthine metabolic process / ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ / GMP salvage / guanine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / IMP salvage / GMP biosynthetic process ...IMP biosynthetic process / guanine salvage / purine-containing compound salvage / hypoxanthine metabolic process / ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ / GMP salvage / guanine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / IMP salvage / GMP biosynthetic process / purine ribonucleoside salvage / nucleotide binding / magnesium ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å | ||||||
データ登録者 | Eng, W.S. / Rejman, D. / Keough, D.T. / Guddat, L.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis hypoxanthine guanine phosphoribosyltransferase in complex with pyrrolidine nucleoside phosphonate 著者: Eng, W.S. / Rejman, D. / Keough, D.T. / Guddat, L.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5knp.cif.gz | 302.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5knp.ent.gz | 244.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5knp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/5knp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/5knp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22969.801 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: hpt, hprT, Rv3624c, MTCY15C10.28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P9WHQ9, ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ #2: 化合物 | ChemComp-6W7 / [( #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-POP / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.24 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: The well solution: 20% PEG8000, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5 and 0.2 M MgCl2. The drop consisted of an equal volume of well solution and protein inhibitor complex |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9791 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→46.44 Å / Num. obs: 27104 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4RHT 解像度: 2.45→46.44 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.31
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 130.31 Å2 / Biso mean: 45.4514 Å2 / Biso min: 4.52 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.45→46.44 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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